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- PDB-4ien: Crystal Structure of Acyl-CoA Hydrolase from Neisseria meningitid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ien
タイトルCrystal Structure of Acyl-CoA Hydrolase from Neisseria meningitidis FAM18
要素Putative acyl-CoA hydrolase
キーワードHYDROLASE / Hot Dog Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


thiolester hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Hotdog acyl-CoA thioesterase (ACOT)-type domain / Hotdog acyl-CoA thioesterase (ACOT)-type domain profile. / Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Putative acyl-CoA hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Khandokar, Y.B. / Forwood, J.K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Expression, purification and crystallization of acetyl-CoA hydrolase from Neisseria meningitidis.
著者: Khandokar, Y.B. / Londhe, A. / Patil, S. / Forwood, J.K.
履歴
登録2012年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative acyl-CoA hydrolase
B: Putative acyl-CoA hydrolase
C: Putative acyl-CoA hydrolase
D: Putative acyl-CoA hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,08916
ポリマ－73,1044
非ポリマー4,98512
水4,972276
1
A: Putative acyl-CoA hydrolase
B: Putative acyl-CoA hydrolase
ヘテロ分子

A: Putative acyl-CoA hydrolase
B: Putative acyl-CoA hydrolase
ヘテロ分子

A: Putative acyl-CoA hydrolase
B: Putative acyl-CoA hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,13324
ポリマ－109,6566
非ポリマー7,47718
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z+1/2,-x,y+1/21
crystal symmetry operation10_545-y,z-1/2,-x+1/21
Buried area33670 Å2
ΔGint-225 kcal/mol
Surface area35500 Å2
手法PISA
2
C: Putative acyl-CoA hydrolase
D: Putative acyl-CoA hydrolase
ヘテロ分子

C: Putative acyl-CoA hydrolase
D: Putative acyl-CoA hydrolase
ヘテロ分子

C: Putative acyl-CoA hydrolase
D: Putative acyl-CoA hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,13324
ポリマ－109,6566
非ポリマー7,47718
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation11_545y+1/2,-z-1/2,-x1
Buried area33410 Å2
ΔGint-229 kcal/mol
Surface area35840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.520, 152.520, 152.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 158 / Label seq-ID: 8 - 161

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Putative acyl-CoA hydrolase


分子量: 18275.957 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
株: FAM18 / 遺伝子: NMC1417 / プラスミド: pMCSG21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3Plyse / 参照: UniProt: A1KUS8, acyl-CoA hydrolase
#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.59 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM Tris pH8.5, 2M ammonium Phosphate, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月24日
放射モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35.95 Å / Num. all: 79721 / Num. obs: 79721 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.229 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Ice(McPhillipsデータ収集
CCP4モデル構築
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VPM

1vpm


解像度: 2→35.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 4.939 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19449 3995 5 %RANDOM
Rwork0.16651 ---
obs0.16791 75650 99.97 %-
all-75673 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4840 0 308 276 5424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0195248
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.024908
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.592.0447148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5983.00111296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8385612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.92523.273220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.97515888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.9271544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2796
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0215680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021168
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A88470.09
12B88470.09
21A88000.1
22C88000.1
31A87390.11
32D87390.11
41B88150.1
42C88150.1
51B87790.11
52D87790.11
61C87830.11
62D87830.11
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 297 -
Rwork0.205 5572 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2386-0.0828-0.02630.42020.18910.2541-0.03650.01320.05990.01080.0353-0.0145-0.00490.04470.00120.02280.00150.00740.01090.00980.03246.5612-18.041629.9249
20.3726-0.0458-0.12240.26230.17670.4992-0.01810.09150.0308-0.021-0.00740.0403-0.0121-0.02570.02550.01950.00360.00660.02680.01450.019232.7176-28.02517.7296
30.28190.175-0.00190.2347-0.14020.4924-0.0017-0.07740.02290.022-0.0363-0.0207-0.0431-0.01120.0380.0337-0.00240.01470.0233-0.01320.027138.6252-24.1188-19.4245
40.27970.17880.01990.4826-0.21040.3877-0.0435-0.02920.059-0.03740.03810.0418-0.0186-0.0820.00540.03150.00570.01570.0201-0.00760.040625.9058-18.4816-35.0623
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 158
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 158
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 158
4X-RAY DIFFRACTION4D5 - 158

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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