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万見
- PDB-4ieb: Crystal Structure of a Gly128Met mutant of the toxoplasma CDPK, T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ieb
タイトルCrystal Structure of a Gly128Met mutant of the toxoplasma CDPK, TGME49_101440
要素Calmodulin-domain protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / cdpks / toxoplasma / kinase / protist / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / ATP-binding / Nucleotide-binding / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...: / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Calmodulin-domain protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Artz, J.D. / El Bakkouri, M. / Schapira, M. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Hui, R. / Amani, M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Gly128Met mutant of the toxoplasma CDPK, TGME49_101440
著者: Wernimont, A.K. / Artz, J.D. / El Bakkouri, M. / Schapira, M. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Hui, R. / Amani, M.
履歴
登録2012年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin-domain protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1456
ポリマ－58,4781
非ポリマー6675
水5,783321
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.174, 96.684, 102.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin-domain protein kinase 1 / Calmodulin-domain protein kinase / putative


分子量: 58478.352 Da / 分子数: 1 / 変異: G128M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: CDPK1, TGGT1_059880, TGME49_101440, TGVEG_042030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9BJF5, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 14% PEG3350, 0.3 M MgAcetate, 0.1 M Glycine pH 9.5, 5 mM CaCl2, 2 mM MgCl2, 5 mM AMPPNP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 32213 / Num. obs: 31956 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 22.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.383 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.05-2.095.50.2556.5713651.20486.1
2.09-2.126.70.2269.2115581.12499.9
2.12-2.167.30.20115821.10699.9
2.16-2.217.30.1616021.069100
2.21-2.267.30.17415691.47599.6
2.26-2.317.30.14915801.261100
2.31-2.377.40.12216021.02100
2.37-2.437.30.10115961.0799.9
2.43-2.57.30.09115861.052100
2.5-2.587.40.08415941.055100
2.58-2.687.30.07415891.086100
2.68-2.787.30.06516111.099100
2.78-2.917.30.05815771.151100
2.91-3.067.30.0516131.18999.9
3.06-3.257.20.04716151.38799.9
3.25-3.517.10.04516231.63599.9
3.51-3.8670.04716332.15799.9
3.86-4.426.90.04916342.59299.9
4.42-5.566.80.04416742.12199.9
5.56-506.40.0417531.85598.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 36.57 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å48.34 Å
Translation2.5 Å48.34 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→48.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / WRfactor Rfree: 0.2151 / WRfactor Rwork: 0.1722 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8523 / SU B: 8.072 / SU ML: 0.114 / SU R Cruickshank DPI: 0.2011 / SU Rfree: 0.1679 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2169 1613 5.1 %RANDOM
Rwork0.1743 ---
obs0.1765 31878 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.9 Å2 / Biso mean: 27.759 Å2 / Biso min: 6.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4 Å20 Å2-0 Å2
2---0.6 Å20 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→48.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3726 0 35 321 4082
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193909
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4521.9845296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.525487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.73324.722180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.00815707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6541521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2593
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022886
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 126 -
Rwork0.199 2155 -
all-2281 -
obs--97.52 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.995 Å / Origin y: -0.9 Å / Origin z: -6.9889 Å
111213212223313233
T0.0145 Å20.0027 Å20.0082 Å2-0.0794 Å2-0.0002 Å2--0.0249 Å2
L0.2923 °2-0.3369 °20.1525 °2-1.1482 °2-0.5447 °2--0.6639 °2
S-0.0009 Å °0.0118 Å °-0.0014 Å °0.0026 Å °0.0032 Å °-0.041 Å °-0.0753 Å °-0.0014 Å °-0.0023 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A32 - 508
2X-RAY DIFFRACTION1A601 - 604

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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