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- PDB-4idx: hexameric crystal structure of Schmallenberg virus nucleoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4idx
タイトルhexameric crystal structure of Schmallenberg virus nucleoprotein
要素Nucleocapsid protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / nucleoprotein / Protects genomic RNA / RNA replication and transcription / SBV nucleoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Bunyavirus nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain / Poly(ADP-ribose) Polymerase; domain 1 - #20 / Bunyavirus nucleocapsid (N) protein / Bunyavirus nucleocapsid (N) , C-terminal domain / Bunyavirus nucleocapsid (N) , N-terminal domain / Bunyavirus nucleocapsid (N) protein / Poly(ADP-ribose) Polymerase; domain 1 / Cyclin A; domain 1 / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Schmallenberg virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Dong, H. / Dong, C.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structure of Schmallenberg orthobunyavirus nucleoprotein suggests a novel mechanism of genome encapsidation
著者: Dong, H. / Li, P. / Elliott, R.M. / Dong, C.
履歴
登録2012年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22019年12月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Nucleocapsid protein
A: Nucleocapsid protein
C: Nucleocapsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,6253
ポリマ－78,6253
非ポリマー00
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nucleocapsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2081
ポリマ－26,2081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: Nucleocapsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2081
ポリマ－26,2081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: Nucleocapsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2081
ポリマ－26,2081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.200, 159.200, 157.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12B
22C
13A
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRTHRTHRBA17 - 22417 - 224
21THRTHRTHRTHRAB17 - 22417 - 224
12THRTHRTHRTHRBA17 - 22417 - 224
22THRTHRTHRTHRCC17 - 22417 - 224
13ALAALAGLNGLNAB16 - 22716 - 227
23ALAALAGLNGLNCC16 - 22716 - 227

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Nucleocapsid protein


分子量: 26208.291 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Schmallenberg virus (ウイルス) / 遺伝子: N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rossetta / 参照: UniProt: H2AM13
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.075M Tris, 1.5M ammonium sulphate, 25% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月20日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.21→49.94 Å / Num. all: 16505 / Num. obs: 16400 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2.08 / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 60 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3.21→3.28 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.683 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1080 / Rsym value: 0.683 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EDNAデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IDU

4idu


解像度: 3.21→49.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.837 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.741 / SU B: 108.953 / SU ML: 0.735 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.37382 853 5 %RANDOM
Rwork0.32142 ---
obs0.32411 16050 99.78 %-
all-16500 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 92.028 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.56 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.56 Å2-0 Å2
3---9.12 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.03 Å0.02 Å
Luzzati d res low-4 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.21→49.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5055 0 0 17 5072
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.025188
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7071.9347024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.8175637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.19223.886229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.37315861
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3311522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2762
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213930
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11B1850.38
12A1850.38
21B1780.34
22C1780.34
31A1740.36
32C1740.36
LS精密化 シェル解像度: 3.21→3.291 Å / Rfactor Rfree error: 0.05 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 62 -
Rwork0.314 1143 -
obs-1080 97.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.49420.32-0.48151.1053-0.45050.5072-0.02660.0091-0.0253-0.06820.01280.120.05520.05170.01380.22880.0112-0.04190.2543-0.03860.1028-5.6135-51.8327-50.8674
20.25220.06280.24640.4918-0.23530.50330.0740.02430.0240.0010.04440.07280.10270.0159-0.11850.2576-0.0059-0.04950.18970.01140.13936.8115-27.5678-24.5824
31.28290.05620.3010.7413-0.39640.3341-0.0882-0.0509-0.0638-0.08730.09280.02850.1108-0.019-0.00460.28440.10380.00060.1682-0.03560.122727.2448-52.2387-7.223
40.63430.15560.25350.09760.02550.1528-0.05330.00380.07120.03660.0195-0.00280.0355-0.03850.03380.2894-0.0328-0.03320.1618-0.07020.04596.3845-53.6694-30.5814
554.446289.7286-37.8408157.8069-61.933926.3184-0.333-0.81710.5278-1.68480.8931-1.39370.1140.6672-0.56010.2735-0.28260.21950.7257-0.3720.764422.5125-4.5703-3.3631
60.005-0.11490.23953.2521-6.812114.5007-0.0314-0.0110.0205-0.3286-0.2907-0.310.63260.33020.32210.1549-0.11620.14880.58830.05790.4339-23.4265-72.7405-71.4159
70.06370.8372-0.76111.5295-10.47189.5114-0.06170.03270.0722-0.65070.85480.87650.5942-0.7676-0.79310.13860.1092-0.10430.4320.08980.27016.9491-73.7672-25.2086
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 219
2X-RAY DIFFRACTION2B17 - 224
3X-RAY DIFFRACTION3C16 - 223
4X-RAY DIFFRACTION4A301 - 307
5X-RAY DIFFRACTION4B301 - 303
6X-RAY DIFFRACTION4C301 - 307
7X-RAY DIFFRACTION5B225
8X-RAY DIFFRACTION6A220 - 228
9X-RAY DIFFRACTION7C224 - 228

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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