[日本語] English
万見
- PDB-4idg: Crystal structure of a short-chain dehydrogenase/reductase superf... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4idg
タイトルCrystal structure of a short-chain dehydrogenase/reductase superfamily protein from agrobacterium tumefaciens (TARGET EFI-506441) with bound NAD, monoclinic form 2
要素SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 - #60 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / UDP-glucose 4-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium fabrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Groninger-Poe, F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a short-chain dehydrogenase/reductase superfamily protein from agrobacterium tumefaciens (TARGET EFI-506441) with bound NAD, monoclinic form 2
著者: Vetting, M.W. / Groninger-Poe, F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2012年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE
B: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,84911
ポリマ－76,1682
非ポリマー1,6819
水8,287460
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area28360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.388, 57.703, 95.418
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.680, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE


分子量: 38083.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum (バクテリア)
株: str. C58 / 遺伝子: galE, Atu5463 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9CL58
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffusion / pH: 6.5
詳細: Protein (10mM Tris pH 7.9, 5 mM NAD, 5 mM UDP-GAL; Reservoir (0.1 M Bis-Tris:HCl pH 6.5 20% (w/v) PEG MME 5000); Cryoprotection (Reservoir + 20% ethylene glycol, 5 mM NAD, 5 mM UDP-GAL), ...詳細: Protein (10mM Tris pH 7.9, 5 mM NAD, 5 mM UDP-GAL; Reservoir (0.1 M Bis-Tris:HCl pH 6.5 20% (w/v) PEG MME 5000); Cryoprotection (Reservoir + 20% ethylene glycol, 5 mM NAD, 5 mM UDP-GAL), sitting drop vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月8日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→90.391 Å / Num. all: 61811 / Num. obs: 61811 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.9-23.20.5821.42875089290.58297.7
2-2.123.40.2872.82922485640.28798.9
2.12-2.273.60.19642898281100.19699.4
2.27-2.453.70.1415.62763375360.14199.7
2.45-2.693.70.1017.62580569830.10199.5
2.69-33.70.0710.62314362990.0798.9
3-3.473.60.04813.51963254530.04897.4
3.47-4.253.50.03716.71593944960.03794.3
4.25-6.013.60.028221304536030.02896.9
6.01-90.3913.40.02426.2627818380.02488

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MOSFLMデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ID9

4id9


解像度: 1.9→35.746 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.09 / FOM work R set: 0.7894 / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 27.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2156 3127 5.07 %RANDOM
Rwork0.1767 ---
all0.1787 ---
obs0.1787 61676 97.67 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112 Å2 / Biso mean: 26.2121 Å2 / Biso min: 1.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.746 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5072 0 107 460 5639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065334
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0487240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071788
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005968
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2961978
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.92970.29931400.28222659279997
1.9297-1.96140.30531520.26862577272997
1.9614-1.99520.32631460.25172685283197
1.9952-2.03150.29821450.23582621276698
2.0315-2.07050.28621620.21422647280998
2.0705-2.11280.23761430.20782675281899
2.1128-2.15870.24771490.19542661281099
2.1587-2.20890.22751560.18072698285499
2.2089-2.26420.2221350.17182683281899
2.2642-2.32540.2211470.17882691283899
2.3254-2.39380.22171240.17922720284499
2.3938-2.4710.22741350.17782704283999
2.471-2.55930.2561310.16942690282199
2.5593-2.66180.23081520.1812715286799
2.6618-2.78280.22191310.17722711284299
2.7828-2.92950.23581300.18322689281998
2.9295-3.11290.21661490.19152662281198
3.1129-3.35310.2021400.16312651279197
3.3531-3.69030.17741270.1652609273695
3.6903-4.22350.18911340.15252587272194
4.2235-5.31840.16121620.14272655281796
5.3184-35.75210.22861370.17982559269690
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0988-0.09130.27241.02460.15321.4937-0.0731-0.06720.380.027-0.05180.3462-0.2447-0.19720.05450.14740.0274-0.02760.1005-0.03520.2245.105315.140137.9049
20.5483-0.02190.18761.0187-0.11140.94030.00240.00450.0016-0.1357-0.01240.08750.04060.02130.01410.065-0.0026-0.0270.0677-0.00270.079310.6749-0.721931.2249
30.44440.0613-0.09590.5416-0.09220.81050.1229-0.13430.010.5011-0.11110.07620.0995-0.14970.03330.2346-0.07040.06130.1707-0.03470.09034.5198-4.738452.4888
40.5877-0.08290.20490.8790.32591.04580.0161-0.04250.0597-0.1954-0.00770.0789-0.02370.0263-0.00730.0699-0.0266-0.04750.06370.00470.08785.6626-8.959111.8996
50.62750.027-0.06290.30210.17170.66340.26740.1241-0.1432-0.25390.2251-0.2254-0.360.40080.29620.3587-0.10590.26130.221-0.13340.056922.2517-6.6249-1.3274
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 71 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 72 through 149 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 150 through 327 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 149 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 150 through 327 )B0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る