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Yorodumi- PDB-4idd: Structure of the Fragaria x ananassa enone oxidoreductase in comp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4idd | ||||||
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Title | Structure of the Fragaria x ananassa enone oxidoreductase in complex with NADPH and EHMF | ||||||
Components | Ripening-induced protein | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / medium chain dehydrogenase/reductase family / zinc-independent / Rossmann fold / Enone oxidoreductase / furaneol / hydride transfer / NADPH / NADH / EHMF / 2-ethyl-4-hydroxy-5-methyl-3(2H)-furanone / homofuraneol | ||||||
Function / homology | Function and homology information 2-methylene-furan-3-one reductase / furaneol oxidoreductase activity / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Fragaria vesca (wild strawberry) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Schiefner, A. / Skerra, A. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2013 Title: Structural basis for the enzymatic formation of the key strawberry flavor compound 4-hydroxy-2,5-dimethyl-3(2H)-furanone Authors: Schiefner, A. / Sinz, Q. / Neumaier, I. / Schwab, W. / Skerra, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4idd.cif.gz | 148.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4idd.ent.gz | 114.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4idd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4idd_validation.pdf.gz | 762.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4idd_full_validation.pdf.gz | 764.4 KB | Display | |
Data in XML | 4idd_validation.xml.gz | 19.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4idd_validation.cif.gz | 29.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/4idd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/4idd | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4idaC 4idbC 4idcSC 4ideC 4idfC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 35377.387 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 17-336 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Fragaria vesca (wild strawberry) / Gene: gene28406 / Plasmid: pASK-IBA5plus / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): JM83 / References: UniProt: O23939 |
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-Non-polymers , 5 types, 459 molecules
#2: Chemical | ChemComp-NDP / | ||
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#3: Chemical | ChemComp-2XX / ( | ||
#4: Chemical | ChemComp-SO4 / | ||
#5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Sequence details | NATURAL VARIANT AT THIS POSITION |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.03 Å3/Da / Density % sol: 59.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 21-16% (w/v) PEG 3350, 0.2M Li2SO4, 0.1M Tris/HCl pH 7.0-8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.91841 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Jul 28, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→30 Å / Num. all: 70634 / Num. obs: 70634 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 8.07 % / Biso Wilson estimate: 24.223 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 26.41 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4IDC Resolution: 1.5→29.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / WRfactor Rfree: 0.1623 / WRfactor Rwork: 0.1352 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9142 / SU B: 1.667 / SU ML: 0.034 / SU R Cruickshank DPI: 0.0507 / SU Rfree: 0.0539 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.054 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 77.64 Å2 / Biso mean: 21.9749 Å2 / Biso min: 9.54 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→29.53 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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