PDB-4id9: Crystal structure of a short-chain dehydrogenase/reductase superf...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4id9

タイトル

Crystal structure of a short-chain dehydrogenase/reductase superfamily protein from agrobacterium tumefaciens (TARGET EFI-506441) with bound nad, monoclinic form 1

要素

SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / putative dehydrogenase / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium fabrum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Groninger-Poe, F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a short-chain dehydrogenase/reductase superfamily protein from agrobacterium tumefaciens (TARGET EFI-506441) with bound nad, monoclinic form 1
著者: Vetting, M.W. / Groninger-Poe, F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)

履歴

登録	2012年12月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4id9.cif.gz	281.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4id9.ent.gz	227.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4id9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/4id9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/4id9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3enkS 4idg S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3zy5-1 3b4n-d 6pd0-d 4idg-d 2ft3-3 2vbc-d 3w11-d 6b4e-d 6tz8-1 3zy4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-506441

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE

B: SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE

ヘテロ分子

77.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.356, 74.426, 95.341
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.100, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

biological unit is a dimer

#1: タンパク質	SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE 分子量: 38083.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum (バクテリア) 株: str. C58 / 遺伝子: galE, Atu5463 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9CL58
#2: 化合物	ChemComp-ALA / ALANINE / アラニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 827 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.17 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffusion / pH: 6.5 詳細: Protein (10mM Tris pH 7.9, 5 mM NAD, 5 mM UDP-GAL; Reservoir (0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M Bis-Tris:HCl pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3350); Cryoprotection (0.40 mM Ammonium Acetate, 0.20 mM Bis- ...詳細: Protein (10mM Tris pH 7.9, 5 mM NAD, 5 mM UDP-GAL; Reservoir (0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M Bis-Tris:HCl pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3350); Cryoprotection (0.40 mM Ammonium Acetate, 0.20 mM Bis-Tris:HCl pH 6.5, 40% (w/v) PEG 3350, 5 mM NAD, 5 mM UDP-GAL), sitting drop vapor diffusion, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.17 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffusion / pH: 6.5
詳細: Protein (10mM Tris pH 7.9, 5 mM NAD, 5 mM UDP-GAL; Reservoir (0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M Bis-Tris:HCl pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3350); Cryoprotection (0.40 mM Ammonium Acetate, 0.20 mM Bis- ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月8日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→94.61 Å / Num. obs: 94951 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 4695 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	0.1.27	データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MOSFLM		データ削減
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ENK

3enk

解像度: 1.6→29.248 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / FOM work R set: 0.8457 / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 22.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2128	4747	5.01 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
all	0.1825	94727	-	-
obs	0.1825	94727	98.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 100.23 Å² / B_iso mean: 21.805 Å² / B_iso min: 6.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.248 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5007	0	95	827	5929

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5347
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.078	7276
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	789
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	979
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.988	1990

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.6182	0.2915	179	0.2605	2984	3163	99
1.6182-1.6372	0.2699	169	0.2515	2983	3152	99
1.6372-1.6572	0.2731	134	0.2316	3007	3141	99
1.6572-1.6782	0.2436	167	0.2304	2983	3150	99
1.6782-1.7002	0.2587	162	0.2283	2992	3154	99
1.7002-1.7235	0.2599	154	0.2114	2980	3134	99
1.7235-1.7482	0.2709	144	0.2199	3069	3213	100
1.7482-1.7742	0.2876	162	0.2216	2948	3110	99
1.7742-1.802	0.2509	164	0.2104	3016	3180	99
1.802-1.8315	0.2695	145	0.2082	2998	3143	100
1.8315-1.8631	0.2718	159	0.2149	3057	3216	100
1.8631-1.8969	0.2446	175	0.2128	2955	3130	99
1.8969-1.9334	0.3056	158	0.2144	3006	3164	99
1.9334-1.9729	0.2411	146	0.2158	3016	3162	99
1.9729-2.0158	0.2343	152	0.2086	3036	3188	100
2.0158-2.0627	0.2591	152	0.1927	2983	3135	100
2.0627-2.1142	0.223	190	0.1929	2996	3186	99
2.1142-2.1714	0.25	155	0.19	3022	3177	100
2.1714-2.2352	0.2237	161	0.1837	2986	3147	99
2.2352-2.3074	0.2308	170	0.1904	2974	3144	99
2.3074-2.3898	0.1974	154	0.1829	3056	3210	99
2.3898-2.4854	0.2213	163	0.1809	2959	3122	99
2.4854-2.5985	0.2134	157	0.1788	2997	3154	99
2.5985-2.7354	0.2017	151	0.1795	3017	3168	98
2.7354-2.9066	0.2299	150	0.1842	2978	3128	98
2.9066-3.1308	0.2226	147	0.1762	2978	3125	98
3.1308-3.4454	0.1886	160	0.1608	2970	3130	98
3.4454-3.9429	0.165	148	0.1506	3016	3164	98
3.9429-4.9638	0.1455	160	0.1375	3009	3169	98
4.9638-29.2526	0.1709	159	0.1651	3009	3168	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2088	-0.1066	0.0056	0.2203	0.0912	0.3715	-0.0201	-0.0384	0.0715	0.0412	-0.0081	-0.0397	-0.1256	0.0448	0	0.0889	0.0021	-0.0087	0.1149	-0.0099	0.12	59.4018	50.4079	85.8846
2	0.313	0.1151	0.1608	0.1874	0.1752	0.6658	-0.0663	0.009	-0.0342	-0.0483	0.004	-0.0192	0.1111	0.0258	-0.0024	0.1048	0.0093	0.0072	0.0583	-0.0021	0.0672	50.7779	37.5888	76.5704
3	0.5759	0.1399	-0.4326	0.0277	-0.0636	0.8154	-0.005	-0.0596	-0.065	-0.0296	-0.0131	-0.0224	0.1291	0.0259	-0.0023	0.1541	0.0292	0.0082	0.0879	0.0266	0.0809	46.1103	33.2551	96.6993
4	2	8.9622	2	2	-8.3093	2.0001	-0.1569	0.0234	-0.9852	0.9893	0.6534	0.7873	0.7056	-0.4316	-0.5345	0.3862	-0.0084	0.0693	0.0498	-0.0827	0.2519	47.3771	47.4821	118.2346
5	0.1697	-0.0529	0.0721	0.3352	-0.0763	0.2784	-0.0297	0.0144	0.0902	-0.0741	-0.0715	0.0434	-0.0609	-0.006	-0.0089	0.0982	-0.0211	-0.0192	0.1112	-0.0024	0.1393	33.2582	45.8953	53.2846
6	0.145	-0.0439	0.2275	0.0999	0.2076	0.5878	-0.0766	-0.0266	-0.0287	0.0745	0.0311	0.0017	0.1016	0.025	-0.0001	0.1266	-0.0103	0.0049	0.0824	0.0028	0.0869	44.7985	36.6127	62.4971
7	0.4701	0.0438	-0.2797	0.1864	0.0285	0.7279	-0.0164	0.0618	-0.0184	0.0616	-0.0044	-0.026	0.063	-0.0095	0.0139	0.0746	-0.0187	-0.006	0.0572	-0.0071	0.0943	51.4502	32.9053	43.672
8	0.0426	0.0118	-0.0395	0.0101	0.0251	0.1102	-0.0497	0.0226	0.0664	-0.1545	0.1369	0.1637	0.1039	-0.1452	-0	0.1753	-0.0426	-0.0027	0.1797	-0.0058	0.1045	45.6027	39.1699	26.1327

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:71 )	A	1 - 71
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 72:149 )	A	72 - 149
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 150:321 )	A	150 - 321
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 401:401 )	A	401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 0:71 )	B	0 - 71
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 72:149 )	B	72 - 149
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 150:305 )	B	150 - 305
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 306:327 )	B	306 - 327

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)