プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.4→46.5 Å / Num. all: 23686 / Num. obs: 23686 / % possible obs: 99.5 %
反射 シェル
解像度: 2.4→2.53 Å / % possible all: 97.3
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
EDNA
データ収集
MOLREP
位相決定
REFMAC
5.6.0117
精密化
MOSFLM
データ削減
SCALA
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: native PgaE 解像度: 2.4→46.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 14.922 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.332 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.25927
1216
5.1 %
RANDOM 5 %
Rwork
0.19847
-
-
-
obs
0.2015
22469
99.42 %
-
all
-
23686
-
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータ
Biso mean: 58.552 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
0.91 Å2
-0 Å2
0 Å2
2-
-
-3.63 Å2
0 Å2
3-
-
-
2.71 Å2
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.5 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
3469
0
93
113
3675
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
Dev ideal target
数
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_refined_d
0.009
0.019
3609
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_refined_deg
1.341
1.978
4901
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_1_deg
5.584
5
465
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_2_deg
33.788
22.81
153
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_3_deg
15.517
15
546
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_4_deg
19.503
15
34
X-RAY DIFFRACTION
r_chiral_restr
0.09
0.2
543
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_refined
0.006
0.021
2747
LS精密化 シェル
解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.314
80
-
Rwork
0.305
1513
-
obs
-
-
95.33 %
精密化 TLS
手法: refined / Origin x: 28.831 Å / Origin y: 25.3657 Å / Origin z: 26.5758 Å