PDB-4icm: Crystal structure of 5-carboxyvanillate decarboxylase LigW from S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4icm

タイトル

Crystal structure of 5-carboxyvanillate decarboxylase LigW from Sphingomonas paucimobilis

要素

5-carboxyvanillate decarboxylase

キーワード

LYASE / Amidohydrolase fold / LigW

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxy-lyase activity / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.825 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Vladimirova, A. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 5-carboxyvanillate decarboxylase LigW from Sphingomonas paucimobilis
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Vladimirova, A. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.

履歴

登録	2012年12月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4icm.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4icm.ent.gz	871.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4icm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4icm_validation.pdf.gz	489.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4icm_full_validation.pdf.gz	497.5 KB	表示
XML形式データ	4icm_validation.xml.gz	109.8 KB	表示
CIF形式データ	4icm_validation.cif.gz	161.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/4icm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/4icm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ico PDB 未公開エントリ 4icp PDB 未公開エントリ
類似構造データ	4ni8-4 4ng3-2 4qro-3 1txk-1 1s9c-1 3agb-d 3w7i-d 4l6d-2 4l6d-3 7cj8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (2) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 5-carboxyvanillate decarboxylase

B: 5-carboxyvanillate decarboxylase

C: 5-carboxyvanillate decarboxylase

D: 5-carboxyvanillate decarboxylase

E: 5-carboxyvanillate decarboxylase

F: 5-carboxyvanillate decarboxylase

G: 5-carboxyvanillate decarboxylase

H: 5-carboxyvanillate decarboxylase

ヘテロ分子

297 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5-carboxyvanillate decarboxylase

H: 5-carboxyvanillate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 5-carboxyvanillate decarboxylase

G: 5-carboxyvanillate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: 5-carboxyvanillate decarboxylase

F: 5-carboxyvanillate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: 5-carboxyvanillate decarboxylase

E: 5-carboxyvanillate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.817, 96.897, 97.004
Angle α, β, γ (deg.)	109.58, 90.48, 111.66
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	5-carboxyvanillate decarboxylase 分子量: 37071.203 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア) 遺伝子: ligW, SLG_07850 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2IN12
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 10000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月19日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.825→38.509 Å / Num. all: 219197 / Num. obs: 219197 / % possible obs: 96.67 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.825→38.509 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2052	10966	5 %	RANDOM
R_work	0.163	-	-	-
obs	0.1651	219197	96.67 %	-
all	-	219197	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.825→38.509 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20872	0	27	2241	23140

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	21446
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.11	29173
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.761	7862
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	3222
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3844

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8245-1.8453	0.3318	339	0.2614	5947	X-RAY DIFFRACTION	84
1.8453-1.867	0.2824	358	0.2343	6982	X-RAY DIFFRACTION	96
1.867-1.8897	0.2809	345	0.2294	6805	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8897-1.9137	0.2938	347	0.2303	6888	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9137-1.9388	0.2756	354	0.2192	6931	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9388-1.9654	0.2678	343	0.2011	6877	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9654-1.9935	0.259	352	0.2038	6839	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9935-2.0232	0.2574	376	0.197	6974	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0232-2.0548	0.2571	359	0.1946	6881	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0548-2.0885	0.2516	351	0.1882	6913	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0885-2.1245	0.2474	383	0.1758	6945	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1245-2.1632	0.2413	370	0.1747	6910	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1632-2.2048	0.2248	361	0.1722	6967	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2048-2.2498	0.2356	363	0.1806	6943	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2498-2.2987	0.2017	379	0.1553	6947	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2987-2.3521	0.2103	354	0.1579	6926	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3521-2.411	0.2255	373	0.1593	6988	X-RAY DIFFRACTION	97
2.411-2.4761	0.2269	366	0.1628	6999	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4761-2.549	0.2324	370	0.1698	7009	X-RAY DIFFRACTION	97
2.549-2.6312	0.2236	369	0.1672	6977	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6312-2.7252	0.2208	379	0.1636	7012	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7252-2.8343	0.2147	369	0.1673	6977	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8343-2.9633	0.2173	389	0.1635	7055	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9633-3.1194	0.2102	369	0.1715	7082	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1194-3.3148	0.1929	393	0.1648	6978	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3148-3.5706	0.192	341	0.1657	7127	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5706-3.9296	0.1811	379	0.1522	7075	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9296-4.4974	0.164	368	0.1298	7103	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4974-5.6634	0.1451	390	0.1285	7094	X-RAY DIFFRACTION	99
5.6634-38.5172	0.1592	377	0.1384	7080	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3283	0.0244	-0.1038	0.3466	-0.1973	0.4013	-0.0989	0.0733	-0.1484	-0.2746	0.0953	0.1109	0.3286	-0.1122	-0.0292	0.1668	-0.1326	-0.0613	0.0128	-0.039	0.1153	-48.2496	55.9513	47.3248
2	0.3643	-0.0205	-0.026	0.5717	-0.1193	0.5182	-0.0293	-0.0912	-0.0802	0.0638	0.0349	0.1235	0.0962	-0.0542	0.0027	0.083	-0.003	0.0209	0.104	0.0411	0.1071	-50.5401	52.148	92.5748
3	0.5122	0.0007	-0.0893	0.3753	0.0486	0.4863	-0.0362	-0.1835	0.0432	0.0942	0.0688	0.1017	-0.1589	-0.2381	0.0145	0.1184	0.0833	0.0333	0.1985	-0.0046	0.1035	-65.5482	94.9639	95.5179
4	0.5436	-0.1439	-0.0147	0.4382	0.0183	0.4841	0.0037	0.0334	0.0556	-0.0448	-0.0159	0.0732	-0.0817	-0.0615	0.0053	0.0478	0.011	-0.0187	0.0615	0.0136	0.0968	-63.5089	98.6733	50.4148
5	0.4818	-0.0031	0.0533	0.5272	-0.2198	0.5197	-0.0268	0.0609	0.1748	0.0303	-0.0422	-0.0864	-0.1966	0.1317	-0.0108	0.1176	-0.0504	-0.0181	0.0658	0.0258	0.1462	-34.822	112.7964	58.4106
6	0.4776	-0.1152	-0.0367	0.5484	0.0543	0.6029	-0.0237	-0.15	0.0731	0.1603	0.037	-0.0478	-0.1598	0.0613	-0.0076	0.1531	-0.0056	-0.0204	0.1427	-0.0453	0.0827	-33.6501	99.9075	101.9001
7	0.4959	0.0335	0.0248	0.5091	-0.0339	0.5029	-0.0345	-0.0877	-0.0562	0.0271	0.0095	-0.0717	0.0954	0.1589	0.0182	0.0589	0.0379	-0.0026	0.1401	0.0201	0.0685	-18.5323	58.8851	89.1271
8	0.6384	-0.0387	-0.0851	0.6176	-0.0049	0.4979	-0.0124	0.0379	-0.0286	-0.1005	-0.0095	-0.079	0.0633	0.0683	0.0151	0.0559	0.0015	0.0076	0.0589	-0.0018	0.0486	-19.6394	72.0257	45.6309

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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