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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ich
タイトルCrystal structure of a putative TetR family transcriptional regulator from Saccharomonospora viridis DSM 43017
要素Transcriptional regulator
キーワードTranscription Regulator / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
BetI-type transcriptional repressor, C-terminal / BetI-type transcriptional repressor, C-terminal / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type ...BetI-type transcriptional repressor, C-terminal / BetI-type transcriptional repressor, C-terminal / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / BROMIDE ION / Transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomonospora viridis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative TetR family transcriptional regulator from Saccharomonospora viridis DSM 43017
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2012年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator
B: Transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4289
ポリマ－71,5032
非ポリマー9257
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area17750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.845, 76.929, 109.258
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.999985, 0.000341, -0.005392), (5.5E-5, -0.997307, -0.073346), (-0.005402, -0.073345, 0.997292)43.87046, 156.16573, 5.89664

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Transcriptional regulator


分子量: 35751.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomonospora viridis (バクテリア)
株: DSM 43017 / 遺伝子: Svir_16270 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: C7MT25

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非ポリマー , 5種, 135分子

#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Sodium Bromide, 0.1 M Bis Tris propane, 20% PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月4日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 50916 / Num. obs: 50916 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 39.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 42.9
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2515 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
HKL-3000位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→28.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 8.993 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24705 1359 5 %RANDOM
Rwork0.19858 ---
obs0.20101 25724 99.61 %-
all-25724 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.588 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.27 Å2-0 Å2
3----1.31 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→28.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3182 0 33 128 3343
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0193300
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.023219
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0071.9444461
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.9323.0017316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.7755390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.50622.26177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.3615574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3181546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2493
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.023718
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.02842
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.947→1.998 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 90 -
Rwork0.231 1809 -
obs--97.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.56960.30880.65752.90941.4596.2548-0.03620.1648-0.0634-0.11530.07320.12390.0866-0.3309-0.0370.13330.0204-0.00960.05450.01990.085510.56867.419121.2367
20.941-0.2855-0.80031.15780.02252.11080.12250.0039-0.07870.01410.01630.05460.0194-0.1578-0.13880.044-0.021-0.01530.02230.00870.08339.319170.904545.6121
32.1629-0.4601-1.09512.22030.05252.470.1414-0.3129-0.06440.0778-0.061-0.0280.07970.3207-0.08040.0704-0.0203-0.04240.06630.01130.094522.004969.034752.1724
47.3718-0.52251.50784.23420.22897.74230.29150.73890.3487-0.1733-0.071-0.19060.08580.7645-0.22050.12970.07660.03110.14220.01880.044833.093187.463621.7983
51.1132-0.66570.59261.42690.0852.13840.22830.01960.0818-0.1071-0.0803-0.0719-0.03440.2393-0.1480.0854-0.01640.03460.0504-0.0150.101734.053583.216541.9439
61.936-0.91511.70192.3683-0.40823.21020.0312-0.27910.03120.3173-0.00720.1869-0.0622-0.1426-0.02390.0863-0.04110.05530.0616-0.02220.057626.481781.43956.2949
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A95 - 142
2X-RAY DIFFRACTION2A143 - 243
3X-RAY DIFFRACTION3A244 - 284
4X-RAY DIFFRACTION4B95 - 141
5X-RAY DIFFRACTION5B142 - 221
6X-RAY DIFFRACTION6B222 - 285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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