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- PDB-4icg: N-terminal dimerization domain of H-NS in complex with Hha (Salmo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4icg
タイトルN-terminal dimerization domain of H-NS in complex with Hha (Salmonella Typhimurium)
要素
  • DNA-binding protein H-NS
  • Hemolysin expression modulating protein (Involved in environmental regulation of virulence factors)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Hha
機能・相同性
機能・相同性情報


bent DNA binding / nucleoid / DNA-binding transcription repressor activity / negative regulation of gene expression, epigenetic / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / protein-DNA complex / structural constituent of chromatin / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription ...bent DNA binding / nucleoid / DNA-binding transcription repressor activity / negative regulation of gene expression, epigenetic / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / protein-DNA complex / structural constituent of chromatin / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
HHA / Haemolysin expression modulating, HHA / HHA superfamily / Haemolysin expression modulating protein / H-NS histone-like proteins / Histone-like protein H-NS / Histone-like protein H-NS, N-terminal / : / H-NS histone-like proteins, N-terminal domain / Histone-like protein H-NS, C-terminal domain superfamily ...HHA / Haemolysin expression modulating, HHA / HHA superfamily / Haemolysin expression modulating protein / H-NS histone-like proteins / Histone-like protein H-NS / Histone-like protein H-NS, N-terminal / : / H-NS histone-like proteins, N-terminal domain / Histone-like protein H-NS, C-terminal domain superfamily / Histone-like protein H-NS, C-terminal domain / H-NS histone C-terminal domain / Domain in histone-like proteins of HNS family / Monooxygenase / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein H-NS / Hemolysin expression-modulating protein Hha
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9217 Å
データ登録者Ali, S.S. / Whitney, J.C. / Stevenson, J. / Robinson, H. / Howell, P.L. / Navarre, W.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural Insights into the Regulation of Foreign Genes in Salmonella by the Hha/H-NS Complex.
著者: Ali, S.S. / Whitney, J.C. / Stevenson, J. / Robinson, H. / Howell, P.L. / Navarre, W.W.
履歴
登録2012年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月10日Group: Database references
改定 1.22013年5月29日Group: Database references
改定 1.32016年5月18日Group: Database references
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA-binding protein H-NS
C: Hemolysin expression modulating protein (Involved in environmental regulation of virulence factors)
A: DNA-binding protein H-NS
D: Hemolysin expression modulating protein (Involved in environmental regulation of virulence factors)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0224
ポリマ－29,0224
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.880, 82.900, 47.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質・ペプチド DNA-binding protein H-NS / Histone-like protein HLP-II / Protein B1 / Protein H1


分子量: 5459.920 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 変異: S2G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: hns, hnsA, osmZ, STM1751, STMUK_1724 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A1S2
#2: タンパク質 Hemolysin expression modulating protein (Involved in environmental regulation of virulence factors)


分子量: 9050.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: hha, STM0473, STMUK_0480 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7CR17
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.07 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M potassium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月14日
放射モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 7129 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9217→47.13 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 0 / 位相誤差: 38.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3315 626 10.12 %Random
Rwork0.2772 ---
all0.2829 6183 --
obs0.2829 6183 88.05 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9217→47.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1688 0 0 0 1688
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071704
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.062312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.174612
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067282
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004299
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9217-3.21570.4379920.3741826X-RAY DIFFRACTION54
3.2157-3.68090.38471690.32811522X-RAY DIFFRACTION98
3.6809-4.63690.31031720.25761554X-RAY DIFFRACTION99
4.6369-47.13610.31061930.25411655X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.9549-0.15871.79913.0756-1.24522.72080.4372-0.2232-0.1411-0.8438-0.0295-0.0891-0.1022-0.4102-0.08690.43480.01710.0180.40550.13260.4592-63.320312.545160.6555
23.64390.4955-0.49171.01520.31343.6699-0.36480.11730.0942-0.12450.17930.60210.2321-0.2867-0.78560.24350.0018-0.13780.26670.24140.9285-63.894912.054560.496
34.4603-1.48141.44613.41052.19534.22460.1035-0.34770.54510.3235-0.1494-0.84870.35830.4913-0.11040.51570.2130.14090.77990.25150.5326-46.247610.734270.1232
45.0441-2.09150.90173.7380.14734.24-0.27281.1823-0.0562-0.16570.53830.3024-0.0224-0.68950.03690.5707-0.1843-0.26310.98650.48280.8233-75.780116.934146.2357
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C'
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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