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万見
- PDB-4ibd: Ebola virus VP35 bound to small molecule -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ibd
タイトルEbola virus VP35 bound to small molecule
要素Polymerase cofactor VP35
キーワードTRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION inhibitor / interferon inhibitor domain / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / positive regulation of protein sumoylation / viral transcription / molecular sequestering activity / viral genome replication ...symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / positive regulation of protein sumoylation / viral transcription / molecular sequestering activity / viral genome replication / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / viral nucleocapsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of gene expression / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, helical subdomain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile. / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Helicase, Ruva Protein; domain 3 ...Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, helical subdomain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile. / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1DL / Polymerase cofactor VP35
類似検索 - 構成要素
生物種Ebola virus (エボラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Brown, C.S. / Leung, D.W. / Xu, W. / Borek, D.M. / Otwinowski, Z. / Ramanan, P. / Stubbs, A.J. / Peterson, D.S. / Binning, J.M. / Amarasinghe, G.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: In Silico Derived Small Molecules Bind the Filovirus VP35 Protein and Inhibit Its Polymerase Cofactor Activity.
著者: Brown, C.S. / Lee, M.S. / Leung, D.W. / Wang, T. / Xu, W. / Luthra, P. / Anantpadma, M. / Shabman, R.S. / Melito, L.M. / Macmillan, K.S. / Borek, D.M. / Otwinowski, Z. / Ramanan, P. / Stubbs, ...著者: Brown, C.S. / Lee, M.S. / Leung, D.W. / Wang, T. / Xu, W. / Luthra, P. / Anantpadma, M. / Shabman, R.S. / Melito, L.M. / Macmillan, K.S. / Borek, D.M. / Otwinowski, Z. / Ramanan, P. / Stubbs, A.J. / Peterson, D.S. / Binning, J.M. / Tonelli, M. / Olson, M.A. / Davey, R.A. / Ready, J.M. / Basler, C.F. / Amarasinghe, G.K.
履歴
登録2012年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月14日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase cofactor VP35
B: Polymerase cofactor VP35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6267
ポリマ－28,4212
非ポリマー1,2055
水3,819212
1
A: Polymerase cofactor VP35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8013
ポリマ－14,2111
非ポリマー5902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Polymerase cofactor VP35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8254
ポリマ－14,2111
非ポリマー6153
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.562, 65.485, 72.596
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 218 - 339 / Label seq-ID: 7 - 128

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Polymerase cofactor VP35


分子量: 14210.523 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 215-340 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) / 株: Mayinga-76 / 遺伝子: VP35 / プラスミド: modified pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05127
#2: 化合物 ChemComp-1DL / 5-[(2R)-3-benzoyl-2-(4-bromothiophen-2-yl)-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]-2-methylbenzoic acid


分子量: 498.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H16BrNO5S
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979237 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979237 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 21924 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.84-1.877.30.927196.8
1.87-1.917.70.793199.1
1.91-1.947.80.671199.8
1.94-1.988.30.628199.8
1.98-2.038.40.4731100
2.03-2.078.50.4161100
2.07-2.128.70.3511100
2.12-2.188.70.3081100
2.18-2.258.80.281100
2.25-2.328.80.2321100
2.32-2.48.80.1971100
2.4-2.58.80.1631100
2.5-2.618.80.1471100
2.61-2.758.80.1261100
2.75-2.928.70.1021100
2.92-3.158.70.091100
3.15-3.468.50.0781100
3.46-3.968.40.0641100
3.96-4.998.10.0491100
4.99-507.70.054199.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.1_1168精密化
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.84→35.376 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.23 / SU R Cruickshank DPI: 0.1551 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.71 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2332 1122 5.14 %
Rwork0.1767 --
obs0.1797 21830 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.5177 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→35.376 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1917 0 75 212 2204
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072132
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2392918
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.065848
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06315
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005387
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 158 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8391-1.92280.37031470.29482424X-RAY DIFFRACTION95
1.9228-2.02420.31661410.24562546X-RAY DIFFRACTION100
2.0242-2.1510.25521270.19322579X-RAY DIFFRACTION100
2.151-2.31710.26471380.16482563X-RAY DIFFRACTION100
2.3171-2.55020.18291400.15492588X-RAY DIFFRACTION100
2.5502-2.9190.22581510.16382602X-RAY DIFFRACTION100
2.919-3.67710.21881380.15692642X-RAY DIFFRACTION100
3.6771-35.38240.20781400.16972764X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8611-0.0642-1.49892.3442-0.31154.2588-0.11770.4492-0.7957-0.18750.23880.13510.273-0.27270.18830.16530.0131-0.01240.1149-0.06550.19192.891822.2972-11.8077
22.3593-0.0552-0.97730.41-0.20152.9464-0.01450.2601-0.16030.04650.03170.1037-0.0446-0.0447-0.01080.09870.0089-0.00160.0839-0.02180.09473.051328.8559-8.2269
34.20410.7036-2.08430.4901-0.05774.89340.35380.78880.8125-0.02840.11740.4581-0.58830.152-0.0370.1455-0.02220.01110.16010.05310.16637.933537.0964-10.9586
42.731-1.005-0.27221.3173-0.78164.4393-0.1382-0.438-0.07170.23560.1726-0.11980.2193-0.03570.00710.1626-0.0542-0.00290.1678-0.01430.15344.956827.85565.1955
52.97930.1141-0.7280.99740.03434.53370.0557-0.19140.13220.1629-0.10180.06520.09910.1243-0.02580.1465-0.0265-0.00950.1543-0.0160.086411.067130.61168.1633
64.2687-1.0191-0.46461.84330.19132.3531-0.1426-0.4652-0.9920.3924-0.1803-0.26910.41880.2069-0.03970.19090.0384-0.0430.07160.09670.269-1.712421.804935.3737
74.16530.737-1.29610.46580.00723.1579-0.16770.1425-0.7385-0.12520.122-0.17020.09230.07590.07490.09510.01150.00620.0426-0.00450.1221-6.320225.564227.3421
82.8803-0.9132-2.23040.90910.70584.201-0.0394-0.4080.06770.04350.0705-0.1499-0.00190.3845-0.04230.1077-0.0131-0.010.1522-0.00520.09750.860132.072936.3722
92.8260.1825-1.93170.1498-0.79745.05410.2096-0.27590.5169-0.11520.0904-0.0863-0.5453-0.2669-0.07790.14360.01340.02130.0943-0.03720.1955-7.976836.638934.3215
101.54270.6275-0.12472.26170.75143.0254-0.17110.19280.2669-0.3935-0.0370.4415-0.15050.3752-0.06840.1072-0.03640.02140.11070.00860.1498-2.089330.227318.6625
113.6588-2.8036-0.25374.04541.79624.3668-0.10350.6135-0.4305-0.18880.10220.22360.6318-0.4020.10440.2457-0.07210.02290.21030.00690.1795-17.068721.799818.618
121.73280.31780.42950.91061.06043.5364-0.03030.24250.48290.18250.0016-0.0916-0.690.0593-0.13510.18-0.028-0.00530.11860.04290.1851-9.759336.569512.9208
132.87220.1329-0.31140.69640.23654.87560.06830.16040.0470.0996-0.0649-0.07650.1971-0.1166-0.05440.13020.00450.01920.10160.01620.1471-9.172829.956714.6244
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 218 through 231 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 232 through 268 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 269 through 283 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 284 through 304 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 305 through 340 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 217 through 231 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 232 through 252 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 253 through 268 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 269 through 283 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 284 through 299 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 300 through 310 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 311 through 319 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 320 through 340 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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