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- PDB-4iaj: Crystal structure of a conserved domain protein (SP_1775) from St... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iaj
タイトルCrystal structure of a conserved domain protein (SP_1775) from Streptococcus pneumoniae TIGR4 at 1.91 A resolution
要素Conserved domain protein
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / DUF4649 / PF15507 family protein / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性Protein of unknown function DUF4649 / Protein of unknown function DUF4649 / Domain of unknown function (DUF4649) / Dna Ligase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Unknown ligand / Conserved domain protein / Conserved domain protein
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a conserved domain protein (SP_1775) from Streptococcus pneumoniae TIGR4 at 1.91 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2012年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved domain protein
B: Conserved domain protein
C: Conserved domain protein
D: Conserved domain protein
E: Conserved domain protein
F: Conserved domain protein
G: Conserved domain protein
H: Conserved domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,35333
ポリマ－73,7838
非ポリマー56925
水5,567309
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16180 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area29280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.152, 98.168, 68.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.200, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
12A
22B
32C
42D
52E
62F
72G
82H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A25 - 100
2116B25 - 100
3116C25 - 100
4116D25 - 100
5116E25 - 100
6116F25 - 100
7116G25 - 100
8116H25 - 100
1124A101 - 201
2124B101 - 201
3124C101 - 201
4124D101 - 201
5124E101 - 201
6124F101 - 201
7124G101 - 201
8124H101 - 201

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Conserved domain protein


分子量: 9222.898 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / 遺伝子: NP_346208.1, SP_1775 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: Q97P69, UniProt: A0A0H2UR98*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 334分子

#2: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 9 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THIS CONSTRUCT (RESIDUES 24-100) WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG ...THIS CONSTRUCT (RESIDUES 24-100) WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.01 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M magnesium nitrate, 20.0% polyethylene glycol 3350, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.918401,0.979338,0.979111
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月20日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9184011
20.9793381
30.9791111
反射解像度: 1.91→29.304 Å / Num. obs: 48771 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 26.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 10.68
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.91-1.980.5641.515463949395.4
1.98-2.060.3662.115407944895.9
2.06-2.150.2772.714550893895.8
2.15-2.260.2083.814958920796.3
2.26-2.410.1515.116224998096.8
2.41-2.590.17.414750908096.6
2.59-2.850.0699.915379950097.1
2.85-3.260.0416.115160938296.4
3.26-4.10.02325.514899932195.4
4.10.01732.415278950495.9

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
XSCALEMarch 15, 2012データスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.91→29.304 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 7.466 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.158
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3.ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4.WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5.MAGNESIUM (MG) AND 1,2-ETHANEDIOL FROM THE CRYSTALLIZATION/CRYO CONDITIONS HAVE BEEN MODELED INTO THE STRUCTURE. 6. UNKNOWN LIGANDS (UNL) AND UNKNOWN ATOMS (UNX) HAVE BEEN MODELED INTO DIFFERENCE ELECTRON DENSITY WITHIN A CHANNEL FORMED BY THE OCTAMERIC ASSEMBLY IN THE ASYMMETRIC UNIT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2324 2471 5.1 %RANDOM
Rwork0.1798 ---
obs0.1824 48740 98.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.42 Å2 / Biso mean: 36.0527 Å2 / Biso min: 14.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å2-0 Å2-0.35 Å2
2--1.4 Å2-0 Å2
3----1.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→29.304 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4980 0 87 309 5376
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.025449
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1811.9567394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6713.00111221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3535667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.9625.048315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.78715874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0361518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0440.2766
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026329
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021377
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2493.7382483
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2493.7362482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2016.9553115
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A912LOOSE POSITIONAL0.45
1B912LOOSE POSITIONAL0.635
1C912LOOSE POSITIONAL0.445
1D912LOOSE POSITIONAL0.495
1E912LOOSE POSITIONAL0.515
1F912LOOSE POSITIONAL0.35
1G912LOOSE POSITIONAL0.625
1H912LOOSE POSITIONAL0.415
1A912LOOSE THERMAL5.8310
1B912LOOSE THERMAL4.7610
1C912LOOSE THERMAL8.410
1D912LOOSE THERMAL4.6510
1E912LOOSE THERMAL3.9910
1F912LOOSE THERMAL5.310
1G912LOOSE THERMAL5.7610
1H912LOOSE THERMAL4.6510
2A5MEDIUM POSITIONAL0.210.2
2B5MEDIUM POSITIONAL0.030.2
2C5MEDIUM POSITIONAL0.040.2
2D5MEDIUM POSITIONAL0.270.2
2E5MEDIUM POSITIONAL0.20.2
2F5MEDIUM POSITIONAL0.150.2
2G5MEDIUM POSITIONAL0.180.2
2H5MEDIUM POSITIONAL0.190.2
2A5MEDIUM THERMAL4.7810
2B5MEDIUM THERMAL3.7410
2C5MEDIUM THERMAL4.9110
2D5MEDIUM THERMAL3.1710
2E5MEDIUM THERMAL3.710
2F5MEDIUM THERMAL5.8910
2G5MEDIUM THERMAL5.0810
2H5MEDIUM THERMAL5.8610
LS精密化 シェル解像度: 1.91→1.96 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 172 -
Rwork0.266 3390 -
all-3562 -
obs--97.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.21020.1395-0.83830.98110.05753.12580.04460.18060.0309-0.23330.0175-0.0021-0.0390.1108-0.06210.1113-0.02220.00920.1216-0.00270.10814.56614.344826.4161
20.7927-0.3068-0.57162.44960.3251.2657-0.03230.159-0.2468-0.2371-0.008-0.10230.21890.04940.04030.1047-0.005-0.01710.1038-0.05550.1292-0.732-4.525631.3669
30.878-0.09850.02770.51070.0613.22220.037-0.1229-0.03960.12590.01360.0172-0.0461-0.0011-0.05060.0916-0.012-0.00690.12360.00190.11497.674218.984465.385
42.46360.32730.18112.6960.02311.1605-0.00390.04470.4778-0.0097-0.02030.2613-0.4295-0.0720.02420.1742-0.0017-0.00570.07170.0250.12134.865735.072942.7868
53.3836-0.53040.20042.3615-0.01531.32680.07610.1402-0.5302-0.054-0.0152-0.08610.48720.2587-0.06090.18050.0924-0.01690.0975-0.0090.129717.0322-1.873749.213
61.49620.2382-0.25012.1569-0.76973.45760.138-0.3231-0.28340.3213-0.03790.0870.5015-0.0851-0.10010.1813-0.0583-0.01750.08340.04540.122-5.8337-1.959259.0142
72.17440.06581.10022.1224-0.68912.0988-0.02310.25760.1391-0.1829-0.04930.108-0.21380.07020.07240.0893-0.0016-0.02510.1079-0.00390.0915-10.082321.266728.1879
83.3502-0.1164-0.10413.02290.382.1039-0.0406-0.13650.47510.31820.06490.3089-0.4417-0.3861-0.02420.14910.09340.03510.11790.01290.12-14.509624.241855.6801
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2B24 - 100
3X-RAY DIFFRACTION3C26 - 100
4X-RAY DIFFRACTION4D26 - 99
5X-RAY DIFFRACTION5E27 - 99
6X-RAY DIFFRACTION6F27 - 99
7X-RAY DIFFRACTION7G27 - 99
8X-RAY DIFFRACTION8H26 - 100

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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