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- PDB-4ia6: Hydratase from lactobacillus acidophilus in a ligand bound form (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ia6
タイトルHydratase from lactobacillus acidophilus in a ligand bound form (LA LAH)
要素Myosin-crossreactive antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / conjugated linoleic acid / CLA / MCRA / Rossmann fold / FAD binding / hydratase / Fatty acid
機能・相同性
機能・相同性情報


oleate hydratase activity / FAD binding / fatty acid metabolic process
類似検索 - 分子機能
D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 - #80 / Oleate hydratase / MCRA family / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LINOLEIC ACID / : / NITRATE ION / PHOSPHATE ION / Myosin-crossreactive antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus acidophilus (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Khoshnevis, S. / Neumann, P. / Ficner, R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Crystal structure analysis of a fatty acid double-bond hydratase from Lactobacillus acidophilus
著者: Volkov, A. / Khoshnevis, S. / Neumann, P. / Herrfurth, C. / Wohlwend, D. / Ficner, R. / Feussner, I.
履歴
登録2012年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-crossreactive antigen
B: Myosin-crossreactive antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,57732
ポリマ－135,3932
非ポリマー3,18430
水25,0231389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13000 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area41410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.100, 77.740, 104.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Myosin-crossreactive antigen / Hydratase


分子量: 67696.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus acidophilus (乳酸菌)
株: NCFM / 遺伝子: LBA0649 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5FL96

-
非ポリマー , 11種, 1419分子

#2: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EIC / LINOLEIC ACID / 9,12-LINOLEIC ACID / リノ-ル酸


分子量: 280.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H32O2
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#10: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細MRD A 601 AND MPD A 602 PLACE THE ALTERNATE POSITIONS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 37-38% MPD, 0.1M Hepes/KOH, 20mM NaBr, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.97977 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 122391 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 23.685 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 13.87
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.8-1.90.720.6522.366200418577156220.75184.1
1.9-20.8430.4523.66606615042150360.515100
2-2.20.940.2655.969926222542225280.30299.9
2.2-3.120.990.11213.0619656344541445260.128100
3.12-3.580.9980.04428.0835925820582000.05199.9
3.58-4.040.9980.03436.0921452493149220.03999.8
4.04-4.50.9990.02941.2513573312831240.03399.9
4.5-140.9990.02841.6834428815381310.03299.7
14-1710.01853.535171401380.02198.6
17-500.9990.01946.515181891640.02386.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.8→48.725 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.24 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1915 6030 4.93 %RANDOM
Rwork0.1537 ---
obs0.1556 122324 97.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.97 Å2 / Biso mean: 20.5473 Å2 / Biso min: 3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.725 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9213 0 200 1389 10802
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0129764
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.37613227
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0921379
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061693
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6173639
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.82050.2691150.25582190230556
1.8205-1.84190.29741500.24282848299873
1.8419-1.86430.24641640.227439994163100
1.8643-1.88790.25411900.213838944084100
1.8879-1.91280.25282070.208939334140100
1.9128-1.9390.22282060.194939614167100
1.939-1.96670.20362060.192539194125100
1.9667-1.99610.24122040.192339284132100
1.9961-2.02720.22092110.176739104121100
2.0272-2.06050.21042090.169739674176100
2.0605-2.0960.2112020.16439224124100
2.096-2.13410.21332080.16139394147100
2.1341-2.17520.19712060.160239534159100
2.1752-2.21960.20822100.15739384148100
2.2196-2.26780.22642050.160939164121100
2.2678-2.32060.21532080.154339434151100
2.3206-2.37860.22582070.153539764183100
2.3786-2.44290.21222080.15639514159100
2.4429-2.51480.20412080.150739644172100
2.5148-2.5960.19222040.141839534157100
2.596-2.68880.17112150.145439764191100
2.6888-2.79640.19422090.145939534162100
2.7964-2.92360.18052050.140739794184100
2.9236-3.07780.17182100.142439824192100
3.0778-3.27060.19262090.135640074216100
3.2706-3.5230.15692120.128240124224100
3.523-3.87740.16052080.122240084216100
3.8774-4.43820.14342080.116440484256100
4.4382-5.59030.18152120.141940914303100
5.5903-48.74270.17112140.18294234444899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.92520.1480.31050.60810.03060.5282-0.04240.1983-0.0003-0.09280.0344-0.0717-0.03190.0856-0.00110.0973-0.03380.01120.1351-0.00130.0646-28.91131.0875-29.639
21.4272-0.28390.29011.3974-0.15611.5316-0.10770.39750.4125-0.26780.063-0.26-0.40010.185-0.2630.2775-0.1133-0.02630.24640.07940.2583-21.353952.9272-33.8478
30.78780.37470.04850.83120.11170.5930.0315-0.214-0.02930.1997-0.0238-0.00370.00490.030.06610.1151-0.0093-0.0080.12780.00570.0727-29.255226.2676-2.7191
40.83410.00350.07540.734-0.04650.4092-0.00190.002-0.1270.04260.0261-0.21560.04860.10070.0480.09940.0108-0.02340.1418-0.01960.1641-7.070419.8401-11.6554
51.32-0.2950.15431.0244-0.69391.3115-0.1270.13390.36710.008-0.0252-0.1868-0.25850.2405-0.01340.1489-0.0488-0.02890.13460.01060.164-20.986349.227-19.1918
60.551-0.0614-0.10910.7905-0.74180.74730.009-0.2809-0.06830.2004-0.0247-0.0363-0.0564-0.00830.06950.1776-0.0305-0.01470.17460.02820.1071-45.740215.91070.5813
70.6984-0.0120.16980.6673-0.06240.37770.04430.098-0.1291-0.06430.00310.00930.08860.04370.01260.113-0.0121-0.0120.0934-0.02880.0908-51.5889.3747-35.3109
81.12750.2792-0.08771.30920.33520.5147-0.00910.1068-0.3004-0.10830.0770.11890.370.0297-0.16650.33020.0023-0.09770.1307-0.05130.2756-55.9229-13.2063-39.3221
90.8107-0.040.17540.8206-0.2040.8694-0.0153-0.1525-0.04610.11390.02330.12080.0099-0.1001-0.00290.1106-0.01560.01120.12660.01370.0927-68.547519.4747-16.8068
100.9372-0.43330.11410.68430.10.36760.02470.0397-0.1329-0.065-0.01330.17130.0779-0.0306-0.00720.1036-0.034-0.01530.0890.00250.1084-79.289221.9356-38.5613
110.4381-0.5293-0.06250.8428-0.21470.41990.0943-0.0047-0.29060.11190.02260.10680.4072-0.12720.06790.2574-0.0599-0.03840.11090.00510.2202-65.381-6.9502-29.2531
122.12290.97671.45371.08850.97271.8815-0.2833-0.49070.99670.21140.02680.5002-0.469-0.24080.08190.30360.009-0.01830.2321-0.08550.4387-53.974833.4677-8.9498
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1:121 OR RESID 218:245 OR RESID 282:289 OR RESID 471:535 )A1 - 121
2X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1:121 OR RESID 218:245 OR RESID 282:289 OR RESID 471:535 )A218 - 245
3X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1:121 OR RESID 218:245 OR RESID 282:289 OR RESID 471:535 )A282 - 289
4X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1:121 OR RESID 218:245 OR RESID 282:289 OR RESID 471:535 )A471 - 535
5X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 246:281 )A246 - 281
6X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 135:217 )A135 - 217
7X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 290:311 OR RESID 336:470 OR RESID 122:134 )A290 - 311
8X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 290:311 OR RESID 336:470 OR RESID 122:134 )A336 - 470
9X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 290:311 OR RESID 336:470 OR RESID 122:134 )A122 - 134
10X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 312:335)A312 - 335
11X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 536:591 )A536 - 591
12X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 1:121 OR RESID 218:245 OR RESID 282:289 OR RESID 471:535 )B1 - 121
13X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 1:121 OR RESID 218:245 OR RESID 282:289 OR RESID 471:535 )B218 - 245
14X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 1:121 OR RESID 218:245 OR RESID 282:289 OR RESID 471:535 )B282 - 289
15X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 1:121 OR RESID 218:245 OR RESID 282:289 OR RESID 471:535 )B471 - 535
16X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 246:281 )B246 - 281
17X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 135:217 )B135 - 217
18X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 290:311 OR RESID 336:470 OR RESID 122:134 )B290 - 311
19X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 290:311 OR RESID 336:470 OR RESID 122:134 )B336 - 470
20X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 290:311 OR RESID 336:470 OR RESID 122:134 )B122 - 134
21X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 312:335)B312 - 335
22X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 536:591 )B536 - 591

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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