PDB-4i9w: Human two pore domain K+ channel TRAAK (K2P4.1) - Fab complex str...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i9w

タイトル

Human two pore domain K+ channel TRAAK (K2P4.1) - Fab complex structure

要素

(ANTIBODY FAB FRAGMENT ...) x 2
Potassium channel subfamily K member 4

キーワード

METAL TRANSPORT / POTASSIUM ION CHANNEL

機能・相同性

機能・相同性情報

mechanosensitive potassium channel activity / TWIK related potassium channel (TREK) / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / sensory perception of temperature stimulus / temperature-gated cation channel activity / Phase 4 - resting membrane potential / potassium channel complex / cellular response to alkaline pH / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Brohawn, S.G. / Mackinnon, R.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Domain-swapped chain connectivity and gated membrane access in a Fab-mediated crystal of the human TRAAK K+ channel.
著者: Brohawn, S.G. / Campbell, E.B. / Mackinnon, R.

履歴

登録	2012年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月20日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i9w.cif.gz	545.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i9w.ent.gz	453.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i9w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4i9w_validation.pdf.gz	480.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4i9w_full_validation.pdf.gz	500.7 KB	表示
XML形式データ	4i9w_validation.xml.gz	48.4 KB	表示
CIF形式データ	4i9w_validation.cif.gz	67.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/4i9w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/4i9w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1orsS 3um7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4wfe-d 4wff-d 4wfg-d 4e3c-2 4wfh-d 5vrv-d 2cge-d 1ko7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (7) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Potassium channel subfamily K member 4

B: Potassium channel subfamily K member 4

D: ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN

E: ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN

F: ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN

G: ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

160 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.887, 138.905, 97.461
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.87, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	D
2	2	F
1	3	E
2	3	G

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	ARG	ARG	A	A	28 - 284	28 - 284
2	1	ARG	ARG	ARG	ARG	B	B	28 - 284	28 - 284
1	2	GLN	GLN	ASN	ASN	D	C	1 - 211	1 - 211
2	2	GLN	GLN	ASN	ASN	F	E	1 - 211	1 - 211
1	3	GLU	GLU	PRO	PRO	E	D	1 - 215	1 - 215
2	3	GLU	GLU	PRO	PRO	G	F	1 - 215	1 - 215

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Potassium channel subfamily K member 4 / TWIK-related arachidonic acid-stimulated potassium channel protein / TRAAK / Two pore potassium ...TWIK-related arachidonic acid-stimulated potassium channel protein / TRAAK / Two pore potassium channel KT4.1 / Two pore K(+) channel KT4.1 分子量: 33585.805 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-300 / 変異: N104Q, N108Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: K2P4.1, KCNK4, TRAAK / プラスミド: pPICZ-B / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9NYG8

#1: タンパク質

Potassium channel subfamily K member 4 / TWIK-related arachidonic acid-stimulated potassium channel protein / TRAAK / Two pore potassium ...

分子量: 33585.805 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-300 / 変異: N104Q, N108Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: K2P4.1, KCNK4, TRAAK / プラスミド: pPICZ-B / 発現宿主:

Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9NYG8

-
抗体 , 2種, 4分子 DFEG

#2: 抗体	ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN 分子量: 23038.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体	ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN 分子量: 23474.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 160分子

#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	THE DEPOSITED SEQUENCE CORRESPONDS TO THE SEQUENCE OF THE ISOFORM 2 OF THE UNP ENTRY Q9NYG8

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.88 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 50 mM Tris pH 8.5, 200 mM CaCl2, 27-30% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03318 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月11日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.03318 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.75→48.6 Å / Num. all: 55431 / Num. obs: 55209 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 20.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all	R_merge(I) obs
2.75-2.8	3.9	2631	1	95.8
2.8-2.85	4.1	2750	1	99.9
2.85-2.9	4.2	2756	1	100
2.9-2.96	4.2	2799	1	100	0.85
2.96-3.03	4.2	2758	1	100	0.687
3.03-3.1	4.3	2748	1	100	0.583
3.1-3.17	4.3	2742	1	100	0.442
3.17-3.26	4.2	2777	1	100	0.345
3.26-3.36	4.3	2788	1	100	0.289
3.36-3.46	4.3	2742	1	100	0.219
3.46-3.59	4.3	2725	1	100	0.164
3.59-3.73	4.3	2801	1	100	0.139
3.73-3.9	4.3	2758	1	100	0.12
3.9-4.11	4.2	2758	1	100	0.091
4.11-4.36	4.2	2782	1	99.9	0.07
4.36-4.7	4.2	2771	1	100	0.059
4.7-5.17	4.1	2776	1	99.9	0.055
5.17-5.92	4.1	2771	1	99.9	0.053
5.92-7.46	4.1	2807	1	99.9	0.046
7.46-50	4.1	2769	1	97.3	0.031

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1ORS and 3UM7

1ors

3um7

解像度: 2.75→48.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 26.458 / SU ML: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.574 / ESU R Free: 0.297 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23564	2797	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20085	-	-	-
all	0.20264	55623	-	-
obs	0.20264	55167	99.18 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 110.435 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.42 Å²	0 Å²	2.14 Å²
2-	-	-3.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→48.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10384	0	7	153	10544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.02	10656
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9942
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.01	1.954	14526
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.631	3.002	22916
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.858	5	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.476	23.704	405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.556	15	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.8	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	1657
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	11937
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	2415

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	12650	0.16
1	2	B	12650	0.16
2	1	D	11173	0.1
2	2	F	11173	0.1
3	1	E	11556	0.1
3	2	G	11556	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.753→2.825 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.402	182	-
R_work	0.353	3621	-
obs	-	-	93.05 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2353	-1.8326	-3.8156	0.7705	0.8397	5.5405	0.4905	0.578	0.3063	-0.2312	-0.2237	-0.0555	-0.6491	0.1825	-0.2668	0.6862	-0.0294	0.072	0.6324	0.0481	0.4695	44.2638	-5.8352	10.0949
2	0.192	-0.056	-0.9606	0.068	0.2525	20.95	-0.1355	0.4332	-0.111	-0.1925	-0.1852	0.1615	1.738	0.5544	0.3207	1.7948	0.1761	0.0485	1.4679	-0.2779	0.8424	49.9514	-20.4152	-20.7751
3	11.0447	-0.446	0.9593	8.3456	2.0766	6.3241	-0.2504	1.1276	-0.9392	-1.0138	0.1127	0.1456	0.6545	-0.1973	0.1378	1.0106	0.1847	0.0545	1.019	-0.0804	0.4919	45.6677	-16.7534	-6.5944
4	4.1415	-0.7554	-3.3535	0.8928	-0.4965	6.1428	0.368	0.5111	0.3128	-0.3794	-0.1671	-0.1038	-0.5056	0.4696	-0.201	0.6738	0.0116	0.0867	0.6834	0.035	0.4381	47.8751	-10.1554	7.3275
5	4.9199	6.9123	-1.5279	9.7345	-2.148	0.4773	-0.2721	0.2684	0.1331	-0.1637	0.3873	0.2115	0.0742	-0.0346	-0.1152	2.0532	0.1672	0.1595	2.8239	-0.1696	2.4896	92.1494	-4.5589	-4.8015
6	10.7367	1.5714	1.734	5.3336	-0.5533	11.4856	0.4636	0.584	1.0563	-0.1438	-0.2034	-1.4844	-0.9963	1.4941	-0.2602	1.0123	-0.1139	0.2505	1.0935	0.1474	0.8808	64.3697	-2.7271	5.5236
7	4.9707	-1.8813	0.3402	5.7251	0.5756	6.8137	-0.1576	0.3643	0.5483	-0.8795	-0.4188	0.3346	-1.0354	-0.3898	0.5764	0.697	0.0668	-0.197	0.3793	-0.0297	0.4334	14.1783	16.4759	27.0642
8	6.0819	1.899	5.8871	5.4615	4.5566	7.8447	-0.0207	0.7176	0.2317	-1.0109	-0.142	0.2048	-0.5918	0.6536	0.1627	0.7542	0.0699	-0.0561	0.5481	0.05	0.5484	12.9275	46.387	46.1371
9	4.7503	1.7115	4.0289	8.5745	6.2453	9.8901	0.0469	0.6595	0.3312	-0.8346	-0.1262	0.3286	-0.9705	0.7918	0.0793	0.8272	0.0146	-0.0255	0.5448	0.0275	0.5632	13.4112	47.46	46.1141
10	3.7021	-0.1149	0.3342	6.4747	3.975	6.0873	-0.1815	-0.226	0.3609	0.0524	-0.0572	0.2687	-0.0678	0.2318	0.2387	0.276	0.0146	-0.0153	0.3767	0.012	0.3408	24.9361	6.5271	45.2737
11	1.2721	-1.9957	-1.8581	7.6993	4.1647	3.0889	0.1308	-0.2192	0.0981	-0.5325	-0.1511	0.2606	-0.3948	0.2125	0.0203	0.44	0.0155	-0.0876	0.4158	-0.0282	0.415	19.3251	22.137	49.2691
12	10.6113	-5.0961	0.1945	6.0956	0.759	2.6491	0.149	-0.4334	0.146	0.0451	0.0244	0.5565	-0.2011	-0.058	-0.1735	0.4526	-0.0475	0.0017	0.4796	-0.0727	0.6647	7.3204	37.1272	58.2597
13	6.0445	-0.4849	0.6497	5.0217	-1.947	3.3605	-0.0421	-0.3184	-0.519	0.1648	-0.0378	-0.1282	0.1559	0.2337	0.0799	0.2715	0.0658	0.0193	0.3238	-0.008	0.4351	29.7276	-34.9843	42.2411
14	14.6363	4.863	5.9912	6.2739	1.2403	5.3594	0.2474	0.8775	-1.696	-0.8071	0.3338	0.1097	0.7656	0.1914	-0.5811	0.7434	0.0657	-0.0819	0.4723	0.125	1.3298	8.7948	-63.2068	43.9358
15	3.5465	-3.3245	4.5234	3.2791	-4.0773	6.1226	1.9135	0.2177	-1.9214	-1.358	-0.1891	2.0129	2.7915	0.4665	-1.7244	1.8912	0.0716	-0.4383	0.4427	0.1235	2.899	11.8761	-72.0556	46.6511
16	7.2677	1.6417	-0.7382	5.3443	-1.6237	3.6715	-0.0053	0.2725	-0.1663	-0.1222	0.1129	0.5909	0.1454	-0.1935	-0.1076	0.2959	0.0053	-0.0419	0.3736	-0.0074	0.4012	11.7732	-25.2405	31.1338
17	4.0817	2.8877	-1.275	4.0148	-1.0879	1.4521	-0.0953	-0.2203	-0.9212	-0.0517	0.031	0.1469	0.2863	-0.2313	0.0643	0.3344	0.0389	-0.0166	0.4657	0.0803	0.8738	5.0051	-45.0853	42.0354
18	6.4534	-1.5647	2.7489	7.9991	-7.7805	11.1556	-0.3454	-0.7646	-0.6252	-0.1558	0.1043	0.2666	0.7256	-0.5563	0.241	0.4482	-0.023	-0.0038	0.5673	0.0909	1.1785	-3.5392	-55.617	50.5203

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	28 - 148
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	149 - 219
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	220 - 286
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	28 - 175
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	176 - 197
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	198 - 284
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1 - 105
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	106 - 157
9	X-RAY DIFFRACTION	9	D	158 - 211
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	1 - 80
11	X-RAY DIFFRACTION	11	E	81 - 137
12	X-RAY DIFFRACTION	12	E	138 - 217
13	X-RAY DIFFRACTION	13	F	1 - 105
14	X-RAY DIFFRACTION	14	F	106 - 188
15	X-RAY DIFFRACTION	15	F	189 - 211
16	X-RAY DIFFRACTION	16	G	1 - 80
17	X-RAY DIFFRACTION	17	G	81 - 172
18	X-RAY DIFFRACTION	18	G	173 - 216

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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