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万見
- PDB-4i98: Crystal structure of the complex between ScpA(residues 1-160)-Scp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i98
タイトルCrystal structure of the complex between ScpA(residues 1-160)-ScpB(residues 1-183)
要素
  • Segregation and condensation protein A
  • Segregation and condensation protein B
キーワードCELL CYCLE / ScpA / ScpB / DNA condensation / SMC
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome separation / chromosome segregation / DNA replication / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chromosome segregation/condensation protein ScpB / Segregation and condensation complex subunit ScpB / Segregation and condensation protein A / Segregation and condensation protein ScpA / ScpA-like, C-terminal / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Segregation and condensation protein B / Segregation and condensation protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Shin, H.C. / Oh, B.H.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: An asymmetric SMC-kleisin bridge in prokaryotic condensin
著者: Burmann, F. / Shin, H.C. / Basquin, J. / Soh, Y.M. / Gimenez-Oya, V. / Kim, Y.G. / Oh, B.H. / Gruber, S.
履歴
登録2012年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月10日Group: Database references
改定 1.22014年12月17日Group: Experimental preparation
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Segregation and condensation protein A
B: Segregation and condensation protein B
C: Segregation and condensation protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7493
ポリマ－59,7493
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9710 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area24990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.297, 82.720, 59.909
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Segregation and condensation protein A


分子量: 18932.826 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-160 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: P1031 / 遺伝子: scpA, SPP_1876 / プラスミド: pCDF Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: C1CMI6
#2: タンパク質 Segregation and condensation protein B


分子量: 20408.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: P1031 / 遺伝子: scpB, SPP_1875 / プラスミド: pCDF Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: C1CMI5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 200mM trimethylamine N-oxide, 100mM Tris-HCl, 20% polyethylene glycol monomethyl ether 2000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.97932 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 22286 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 30.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 42.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 2.79 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→39.27 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数
Rfree0.259 927
Rwork0.24 -
all-22190
obs-19082
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.54 Å0.5 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.06 Å1.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3765 0 0 4 3769
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.048
Rfactor反射数%反射
Rfree0.521 120 -
Rwork0.488 --
obs-2293 65.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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