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万見
- PDB-4i86: Crystal structure of PilZ domain of CeSA from cellulose synthesiz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i86
タイトルCrystal structure of PilZ domain of CeSA from cellulose synthesizing bacterium
要素Cellulose synthase 1
キーワードTRANSFERASE / beta-barrel fold / c-di-GMP Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose synthase (UDP-forming) / cellulose synthase (UDP-forming) activity / cellulose biosynthetic process / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / cyclic-di-GMP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cellulose synthase, subunit A / : / Cellulose synthase, subunit B / Cellulose synthase BcsB, bacterial / Bacterial cellulose synthase subunit / predicted glycosyltransferase like domains / PilZ domain / PilZ domain / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 ...Cellulose synthase, subunit A / : / Cellulose synthase, subunit B / Cellulose synthase BcsB, bacterial / Bacterial cellulose synthase subunit / predicted glycosyltransferase like domains / PilZ domain / PilZ domain / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Thrombin, subunit H / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellulose synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Gluconacetobacter xylinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.098 Å
データ登録者Fujiwara, T. / Komoda, K. / Sakurai, N. / Tanaka, I. / Yao, M.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2013
タイトル: The c-di-GMP recognition mechanism of the PilZ domain of bacterial cellulose synthase subunit A
著者: Fujiwara, T. / Komoda, K. / Sakurai, N. / Tajima, K. / Tanaka, I. / Yao, M.
履歴
登録2012年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulose synthase 1
B: Cellulose synthase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5902
ポリマ－24,5902
非ポリマー00
水1,11762
1
A: Cellulose synthase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2951
ポリマ－12,2951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cellulose synthase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2951
ポリマ－12,2951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.360, 59.500, 78.153
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cellulose synthase 1 / CELLLOSE SYNTHASE SUBUNIT A / Cellulose synthase catalytic domain [UDP-forming] / Cyclic di-GMP- ...CELLLOSE SYNTHASE SUBUNIT A / Cellulose synthase catalytic domain [UDP-forming] / Cyclic di-GMP-binding domain / Cellulose synthase 1 regulatory domain


分子量: 12295.118 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, UNP residues 572-670 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gluconacetobacter xylinus (バクテリア)
遺伝子: acsAB / プラスミド: pET26B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0CW87, cellulose synthase (UDP-forming)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.8
詳細: 0.1M phosphate-citrate, 30%(v/v) PEG300, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月5日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.098→45 Å / Num. obs: 11236 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 24.52
反射 シェル解像度: 2.1→2.22 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.618 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 1767 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIX(AutoMR: 1.7.1_743)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
XDSデータ削減
PHENIX(AutoMR: 1.7.1_743)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.098→35.153 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8042 / SU ML: 0.47 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 25.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2613 537 4.78 %RANDOM
Rwork0.2144 ---
obs0.2167 11226 99.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.971 Å2 / ksol: 0.412 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 68.9 Å2 / Biso mean: 33.8746 Å2 / Biso min: 14.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.3776 Å20 Å2-0 Å2
2---2.5412 Å20 Å2
3---6.9187 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.098→35.153 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1525 0 0 62 1587
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081555
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1472116
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076250
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005271
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.519568
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.0983-2.30940.27571410.226626052746
2.3094-2.64340.28861250.216926482773
2.6434-3.33010.28481340.211426412775
3.3301-35.15840.23871370.212427952932

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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