PDB-4i7e: Crystal Structure of the Bacillus stearothermophilus Phosphofruct...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i7e

タイトル

Crystal Structure of the Bacillus stearothermophilus Phosphofructokinase Mutant D12A in Complex with PEP

要素

6-phosphofructokinase

キーワード

TRANSFERASE / phosphofructokinase

機能・相同性

機能・相同性情報

6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 6-phosphate metabolic process / monosaccharide binding / canonical glycolysis / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / AMP binding / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Mosser, R. / Reddy, M. / Bruning, J.B. / Sacchettini, J.C. / Reinhart, G.D.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Redefining the Role of the Quaternary Shift in Bacillus stearothermophilus Phosphofructokinase.
著者: Mosser, R. / Reddy, M.C. / Bruning, J.B. / Sacchettini, J.C. / Reinhart, G.D.

履歴

登録	2012年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月28日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	4i36C 4i4iC 3u39S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4i4i-d 3u39-d 4pfk-1 4i36-d 4a3s-2 6pfk-d 3pfk-1 1mto-1 4q0c-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (11)

登録構造単位

A: 6-phosphofructokinase

B: 6-phosphofructokinase

C: 6-phosphofructokinase

D: 6-phosphofructokinase

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.650, 112.960, 131.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	6-phosphofructokinase / Phosphofructokinase / Phosphohexokinase 分子量: 34123.840 Da / 分子数: 4 / 変異: D12A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: pfk, pfkA / プラスミド: pBR322/BsPFK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rl257 / 参照: UniProt: P00512, 6-phosphofructokinase
#2: 化合物	ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE / ホスホエノ-ルピルビン酸分子量: 168.042 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅O₆P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 626 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.06 %
結晶化	温度: 289 K / pH: 5.6 詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.6, 20% v/v 2-propanol, 20% w/v polyethylene glycol 4,000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.541

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月9日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.541 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.61 % / 数: 343315 / R_merge(I) obs: 0.053 / Χ²: 0.97 / D res high: 2 Å / D res low: 65.52 Å / Num. obs: 94461 / % possible obs: 97

Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy	Rejects
4.31	65.52	98.3	0.026	1.14	3.64	1354
3.42	4.31	99.7	0.037	1.06	3.75	540
2.99	3.42	99.8	0.055	0.96	3.76	327
2.71	2.99	99.8	0.089	0.93	3.73	150
2.52	2.71	99.5	0.139	0.94	3.71	63
2.37	2.52	99.4	0.204	0.95	3.68	46
2.25	2.37	99.2	0.266	0.93	3.66	22
2.15	2.25	98.9	0.32	0.93	3.64	18
2.07	2.15	96.7	0.369	0.91	3.45	27
2	2.07	78.2	0.389	0.87	2.88	28

反射

解像度: 2→65.52 Å / Num. obs: 94461 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.61 % / B_iso Wilson estimate: 29 Å² / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 13.3

反射シェル

解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.88 % / R_merge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 78.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK		データスケーリング
d*TREK	9.2SSI	データ削減
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3U39

3u39

解像度: 2→56.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.581 / SU ML: 0.14 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.235	4715	5 %	RANDOM
R_work	0.189	-	-	-
obs	0.191	94460	97 %	-
all	-	94460	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→56.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9482	0	40	626	10148

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	9724
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6475
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.355	1.959	13154
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.914	3	15783
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.92	5	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.316	23.665	412
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.254	15	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.146	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	11103
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1953
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	2046
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	6838
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	4732
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	5251
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	600
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.157	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.257	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.168	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.685	1.5	6433
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.133	1.5	2714
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.165	2	9965
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.621	3	3661
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.497	4.5	3179
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.357	266	-
R_work	0.3	5112	-
obs	-	-	75.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7009	-0.6941	0.3761	2.4712	-0.1876	0.8278	0.0551	-0.1818	-0.503	0.1119	0.0507	0.2784	0.1414	-0.1221	-0.1058	-0.0124	-0.026	-0.0313	0.0976	0.1379	0.1795	27.8296	-38.8045	-1.1191
2	1.5372	-0.0831	-0.3119	1.9014	-0.5965	1.2633	-0.0017	-0.124	0.0555	0.1627	0.1806	0.1906	-0.1553	-0.247	-0.1789	0.0008	0.0285	0.047	0.1241	0.0764	0.0692	15.7643	-8.6002	-3.0708
3	9.5872	4.6798	-8.7212	11.0395	-7.1689	11.135	0.2042	-0.0053	0.638	0.5699	0.1627	0.5157	-0.5018	-0.8402	-0.3669	0.0421	0.1156	0.0853	0.163	0.0371	0.1252	9.4493	4.9574	1.3123
4	1.7498	-1.0391	-0.0744	2.0903	-0.2874	0.473	0.0145	-0.0861	-0.0591	0.141	0.1062	0.296	-0.0597	-0.1215	-0.1207	-0.0201	0.0013	0.025	0.1113	0.1011	0.0748	15.4633	-14.0266	-4.2391
5	0.9802	-0.5969	-0.2093	2.7816	0.2989	0.1677	-0.0303	-0.3044	-0.0706	0.5642	0.0831	-0.056	0.0024	-0.0509	-0.0529	0.1462	0.0043	-0.0115	0.1717	0.1147	0.0164	29.3421	-22.8664	10.2796
6	0.7545	-0.0641	0.1212	1.9824	0.2169	1.8324	0.0137	0.0009	0.0629	0.0449	-0.024	-0.1374	-0.532	0.2393	0.0103	0.1518	-0.0902	0.0201	0.0984	0.0289	-0.0073	39.1163	7.4837	-1.2046
7	1.4596	-0.3981	-0.2102	2.3951	0.3675	1.1629	0.0713	0.0934	-0.1943	-0.2321	-0.049	-0.3556	0.0575	0.2825	-0.0224	-0.0138	0.0432	0.0598	0.1772	0.0208	0.1387	47.5369	-23.9842	-15.5114
8	123.5732	2.5416	-29.8755	25.4584	2.3677	7.5729	-0.0185	-2.1017	1.0943	-1.9795	-1.1312	-0.4773	-0.2769	2.2339	1.1497	0.1302	0.0193	0.0015	0.2033	-0.011	0.1479	58.3263	-25.7339	-24.6231
9	0.6152	-0.1906	-0.0791	1.543	0.2518	1.4826	0.0007	-0.0278	-0.0497	0.1498	0.0417	-0.1127	-0.1779	0.215	-0.0425	0.0213	-0.047	0.0112	0.1107	0.0198	0.0119	39.7579	-6.9419	-0.6696
10	1.7977	2.4895	-0.1614	18.3662	4.6389	1.6316	-0.0114	-0.2704	-0.3809	0.4175	0.0364	-0.6199	0.1376	0.3158	-0.025	-0.0426	0.0359	-0.035	0.2166	0.0846	0.1205	48.2791	-24.383	-1.4929
11	2.5813	0.4017	0.216	1.6492	0.4892	1.7663	0.1032	0.0491	-0.2396	0.0474	-0.0569	-0.07	0.733	0.3569	-0.0463	0.3429	0.1472	-0.0007	-0.0115	-0.0251	0.0165	25.5589	-36.9487	-33.1336
12	26.5775	0.6113	-1.4153	35.8597	43.385	72.7931	-0.9459	0.6776	-0.4872	-0.3338	0.8403	-0.6686	0.9074	1.8905	0.1056	0.1314	0.1241	0.1902	0.1482	-0.0534	0.1617	42.0926	-38.2192	-45.768
13	1.1018	-0.5974	-0.3399	2.803	1.1721	2.2159	0.1219	0.4269	-0.1914	-0.4122	0.0778	-0.431	0.6491	0.5587	-0.1996	0.4146	0.2264	0.0376	0.1838	-0.1341	0.0465	31.3958	-36.1276	-45.1839
14	0.7339	0.601	0.2511	2.124	0.7838	1.3954	-0.031	0.1973	0.0098	-0.2626	0.1485	-0.2763	0.0652	0.6048	-0.1176	0.0211	0.0018	0.0767	0.1873	0.0015	0.0354	34.7826	-9.8692	-34.7097
15	0.9554	-1.0912	-0.0791	7.0154	2.5027	3.2313	-0.0812	0.1966	0.0863	-0.7062	0.2582	-0.097	-0.2635	0.8198	-0.177	0.1091	-0.0851	0.0865	0.1664	0.0735	0.0458	31.9918	-1.2212	-42.0324
16	0.8179	-0.2792	0.2678	1.1892	-0.355	1.2779	-0.1275	-0.0631	0.0982	-0.0495	0.0301	0.024	-0.374	-0.0485	0.0974	0.1656	0.0137	-0.0569	0.0226	0.0308	0.0342	13.3858	10.0809	-29.334
17	1.5835	0.2628	0.235	1.783	-0.4783	1.0152	0.065	-0.137	-0.16	-0.2097	0.0127	-0.0238	0.1703	-0.1849	-0.0778	0.04	-0.0393	-0.0403	0.0652	0.0373	0.0389	11.2796	-20.9975	-21.5797
18	1.8494	-0.5454	-0.0502	7.8518	0.2855	1.665	-0.0602	0.026	-0.2026	-0.2622	0.1237	0.193	0.4128	-0.3631	-0.0635	0.0885	-0.1053	-0.0767	0.1041	0.0227	0.0751	4.1821	-30.4749	-21.698
19	4.4966	5.0507	-1.106	10.5445	-3.6601	2.2754	0.1171	-0.1598	-0.1585	0.1545	0.097	0.2523	-0.0075	-0.4311	-0.214	-0.0108	-0.0291	-0.0106	0.1368	0.069	0.0339	4.2907	-22.3444	-13.2815
20	0.4453	0.1657	0.1491	0.5899	-0.4223	1.5971	-0.0592	0.0819	-0.0282	-0.2386	0.0201	-0.0545	-0.0221	-0.1234	0.039	0.1036	0.0081	-0.0157	0.041	0.0233	0.0265	13.3871	-6.2965	-37.7953

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 141
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	142 - 197
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	198 - 213
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	214 - 270
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	271 - 318
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 141
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	142 - 231
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	232 - 237
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	238 - 301
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	302 - 319
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	1 - 71
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	72 - 79
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	80 - 129
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	130 - 302
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	303 - 319
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	1 - 138
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	139 - 194
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	195 - 226
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	227 - 253
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	254 - 319

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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