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- PDB-4i76: Crystal structure of transcriptional regulator TM1030 with octanol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i76
タイトルCrystal structure of transcriptional regulator TM1030 with octanol
要素Transcriptional regulator, TetR family
キーワードTranscription Regulator / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PFAM TetR_N / helix-turn-helix / Transcriptional regulator / DNA Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type ...: / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
OCTAN-1-OL / Transcriptional regulator, TetR family
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Koclega, K.D. / Chruszcz, M. / Cooper, D.R. / Petkowski, J.J. / Tkaczuk, K.L. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of transcriptional regulator TM1030 with octanol
著者: Koclega, K.D. / Chruszcz, M. / Cooper, D.R. / Petkowski, J.J. / Tkaczuk, K.L. / Joachimiak, A. / Minor, W.
履歴
登録2012年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, TetR family
B: Transcriptional regulator, TetR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2657
ポリマ－48,8182
非ポリマー4475
水3,711206
1
A: Transcriptional regulator, TetR family
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator, TetR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,58710
ポリマ－48,8182
非ポリマー7698
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area4850 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area20280 Å2
手法PISA
2
B: Transcriptional regulator, TetR family
ヘテロ分子

B: Transcriptional regulator, TetR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9424
ポリマ－48,8182
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area21660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.911, 50.429, 88.098
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 129.150, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 199 / Label seq-ID: 5 - 201

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細Each monomer in the ASU is one half of two distinct dimers

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, TetR family


分子量: 24409.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM1030, TM_1030 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-GOLD (DE3) / 参照: UniProt: Q9X0C0
#2: 化合物 ChemComp-OC9 / OCTAN-1-OL / オクタノ-ル


分子量: 130.228 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 30%w/v PEG 2K MME, 0.1M KSCN, 6%v/v octanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 23321 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Χ2: 2.301 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.183.30.37817680.882173.5
2.18-2.263.60.33121420.956187.8
2.26-2.374.10.32123390.985196.1
2.37-2.494.50.27623951.203199.3
2.49-2.654.80.24424241.2671100
2.65-2.8550.19224121.4581100
2.85-3.1450.14724591.879199.8
3.14-3.594.90.11224242.716199.4
3.59-4.524.80.08424393.57199.6
4.52-504.80.08425196.265199.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-IceIceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ID6

2id6


解像度: 2.1→26.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / WRfactor Rfree: 0.2412 / WRfactor Rwork: 0.1844 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / FOM work R set: 0.833 / SU B: 6.033 / SU ML: 0.16 / SU R Cruickshank DPI: 0.2858 / SU Rfree: 0.2244 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.286 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2562 1200 5.1 %RANDOM
Rwork0.1931 ---
obs0.1963 23318 95.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 105.95 Å2 / Biso mean: 30.2997 Å2 / Biso min: 11.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.95 Å20 Å2-0.14 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→26.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3293 0 30 206 3529
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0193455
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023373
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6371.994631
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.17237776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5365412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.7124.211171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.71815630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9461521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2496
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023803
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02794
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11437 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.16 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.156 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 71 -
Rwork0.254 1196 -
all-1267 -
obs--70.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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