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万見
- PDB-4i6p: Crystal structure of Par3-NTD domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i6p
タイトルCrystal structure of Par3-NTD domain
要素Partitioning defective 3 homolog
キーワードSIGNALING PROTEIN / PB1 like motif / DUF3534 / Cell polarity protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Tight junction interactions / regulation of actin filament-based process / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / internode region of axon / regulation of cellular localization / apical constriction / PAR polarity complex / establishment of centrosome localization / establishment of epithelial cell polarity / lateral loop ...Tight junction interactions / regulation of actin filament-based process / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / internode region of axon / regulation of cellular localization / apical constriction / PAR polarity complex / establishment of centrosome localization / establishment of epithelial cell polarity / lateral loop / bicellular tight junction assembly / positive regulation of myelination / Schmidt-Lanterman incisure / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / myelination in peripheral nervous system / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / wound healing, spreading of cells / protein targeting to membrane / centrosome localization / apical junction complex / establishment of cell polarity / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of receptor internalization / bicellular tight junction / axonal growth cone / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / endomembrane system / phosphatidylinositol binding / adherens junction / microtubule cytoskeleton organization / spindle / cell-cell junction / cell junction / intracellular protein localization / cell cortex / protein phosphatase binding / cell adhesion / apical plasma membrane / cell division / neuronal cell body / protein-containing complex / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Par3/HAL, N-terminal / N-terminal of Par3 and HAL proteins / : / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) ...Par3/HAL, N-terminal / N-terminal of Par3 and HAL proteins / : / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Partitioning defective 3 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wang, W. / Gao, F. / Gong, W. / Sun, F. / Feng, W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural insights into the intrinsic self-assembly of Par-3 N-terminal domain.
著者: Yan Zhang / Wenjuan Wang / Jia Chen / Kai Zhang / Feng Gao / Bingquan Gao / Shuai Zhang / Mingdong Dong / Flemming Besenbacher / Weimin Gong / Mingjie Zhang / Fei Sun / Wei Feng /
要旨: Par-3, the central organizer of the Par-3/Par-6/atypical protein kinase C complex, is a multimodular scaffold protein that is essential for cell polarity establishment and maintenance. The N-terminal ...Par-3, the central organizer of the Par-3/Par-6/atypical protein kinase C complex, is a multimodular scaffold protein that is essential for cell polarity establishment and maintenance. The N-terminal domain (NTD) of Par-3 is capable of self-association to form filament-like structures, although the underlying mechanism is poorly understood. Here, we determined the crystal structure of Par-3 NTD and solved the filament structure by cryoelectron microscopy. We found that an intrinsic "front-to-back" interaction mode is important for Par-3 NTD self-association and that both the lateral and longitudinal packing within the filament are mediated by electrostatic interactions. Disruptions of the lateral or longitudinal packing significantly impaired Par-3 NTD self-association and thereby impacted the Par-3-mediated epithelial polarization. We finally demonstrated that a Par-3 NTD-like domain from histidine ammonia-lyase also harbors a similar self-association capacity. This work unequivocally provides the structural basis for Par-3 NTD self-association and characterizes one type of protein domain that can self-assemble via electrostatic interactions.
履歴
登録2012年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Partitioning defective 3 homolog
B: Partitioning defective 3 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7582
ポリマ－19,7582
非ポリマー00
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: scanning transmission electron microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Partitioning defective 3 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8791
ポリマ－9,8791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Partitioning defective 3 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8791
ポリマ－9,8791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.780, 108.780, 46.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-119-

HOH

詳細This protein forms helical filament in solution. Cryo-electron microscopic reconstruction revealed that the dimer in the crystallographic asymmetric unit is the same as the building block of the helical filament.

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要素

#1: タンパク質 Partitioning defective 3 homolog / PAR-3 / PARD-3 / Atypical PKC isotype-specific-interacting protein / ASIP / Atypical PKC-specific- ...PAR-3 / PARD-3 / Atypical PKC isotype-specific-interacting protein / ASIP / Atypical PKC-specific-binding protein / ASBP


分子量: 9879.212 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain of Par3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pard3, Par3 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Codon Plus / 参照: UniProt: Q9Z340
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.84 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月1日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 6597 / Num. obs: 6406 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 617 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NS5

2ns5


解像度: 2.9→39.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / SU B: 19.255 / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.008 / ESU R Free: 0.415 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29361 301 4.7 %RANDOM
Rwork0.23005 ---
obs0.23296 6058 96.33 %-
all-6289 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.809 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å20 Å20 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3---0.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→39.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1323 0 0 34 1357
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191345
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7911.9481816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7695164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.9323.33369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.81215235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5711514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2204
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021022
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 21 -
Rwork0.307 343 -
obs-343 89.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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