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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4i6m | ||||||
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タイトル | Structure of Arp7-Arp9-Snf2(HSA)-RTT102 subcomplex of SWI/SNF chromatin remodeler. | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION/HYDROLASE / actin-related / chromatin remodeling / TRANSCRIPTION-HYDROLASE complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / positive regulation of cell adhesion involved in single-species biofilm formation / positive regulation of mating type switching / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / aggrephagy / Platelet degranulation / rDNA binding / nucleosome disassembly ...RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / positive regulation of cell adhesion involved in single-species biofilm formation / positive regulation of mating type switching / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / aggrephagy / Platelet degranulation / rDNA binding / nucleosome disassembly / DNA strand invasion / RSC-type complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity / SWI/SNF complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / anatomical structure morphogenesis / ATP-dependent activity, acting on DNA / nucleosomal DNA binding / helicase activity / chromosome segregation / transcription elongation by RNA polymerase II / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / lysine-acetylated histone binding / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / chromatin organization / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / hydrolase activity / chromatin remodeling / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / structural molecule activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schubert, H.L. / Cairns, B.R. / Hill, C.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of an actin-related subcomplex of the SWI/SNF chromatin remodeler. 著者: Schubert, H.L. / Wittmeyer, J. / Kasten, M.M. / Hinata, K. / Rawling, D.C. / Heroux, A. / Cairns, B.R. / Hill, C.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 395.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 333.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 473.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 496.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 49.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains one biological unit containing four polypeptides, Arp7, Arp9, Snf2(HSA), RTT102. |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AD
#1: タンパク質 | 分子量: 54613.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Arp7 and Arp9 are in MSC2 and MSC1 respectively of pRSF. 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c 遺伝子: SNF2, SNF2/YOR290C, SWI2, TYE3, YOR290C, GAM1, HAF1 プラスミド: pRSF / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#4: タンパク質 | 分子量: 18005.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Snf2 is in MSC1 of pCDF with the full length RTT102 in MSC2. 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RTT102, RTT102/YGR275W, YGR275W; / プラスミド: pCDF / 発現宿主: ![]() ![]() |
-Actin-like protein ... , 2種, 2分子 BC
#2: タンパク質 | 分子量: 50151.816 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1-246, 275-467 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Arp7 and Arp9 are in MSC2 and MSC1 respectively of pRSF. 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ARP9, Arp9/YMR033W, SWP59, YM9973.07, YMR033W / プラスミド: pRSF / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 12820.288 Da / 分子数: 1 / Fragment: HSA domain residues 575-667 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Snf2 is in MSC1 of pCDF with the full length RTT102 in MSC2. 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c 遺伝子: SNF2, SNF2/YOR290C, SWI2, TYE3, YOR290C, GAM1, HAF1 プラスミド: pCDF / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P22082, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
-非ポリマー , 2種, 103分子 ![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-PO4 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.31 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.6 - 2.0 M Ammonium Phosphate, 0.1mM HEPES, pH 7.5, 1mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年11月8日 / 詳細: Si(111) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double silicon(111) crystal monochromator with cryogenically-cooled first crystal and sagittally-bent second crystal horizontally-focusing at 3.3:1 demagnification プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.8→29.9 Å / Num. obs: 46664 / % possible obs: 98.16 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 77.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.51 / Net I/σ(I): 18.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.462 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.801→29.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 29.8309 Å / Origin y: 35.9826 Å / Origin z: 79.7431 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |