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- PDB-4i5t: Crystal structure of yeast Ap4A phosphorylase Apa2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i5t
タイトルCrystal structure of yeast Ap4A phosphorylase Apa2
要素5',5'''-P-1,P-4-tetraphosphate phosphorylase 2
キーワードTRANSFERASE / Ap4A phosphorylase / Ap4A
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfate adenylyltransferase (ADP) / sulfate adenylyltransferase (ADP) activity / ATP adenylyltransferase / bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase activity / ATP:ADP adenylyltransferase activity / nucleotide biosynthetic process / nucleoside catabolic process / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP adenylyltransferase / Ap4A phosphorylase 1/2 / ATP adenylyltransferase, C-terminal / Ap4A phosphorylase 1/2-like / Ap4A phosphorylase 1/2, N-terminal domain / : / ATP adenylyltransferase C-terminal domain / Ap4A phosphorylase N-terminal domain / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily ...ATP adenylyltransferase / Ap4A phosphorylase 1/2 / ATP adenylyltransferase, C-terminal / Ap4A phosphorylase 1/2-like / Ap4A phosphorylase 1/2, N-terminal domain / : / ATP adenylyltransferase C-terminal domain / Ap4A phosphorylase N-terminal domain / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Diadenosine 5',5'''-P1,P4-tetraphosphate phosphorylase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Jiang, Y.L. / Hou, W.T. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structures of yeast Apa2 reveal catalytic insights into a canonical AP4A phosphorylase of the histidine triad superfamily
著者: Hou, W.T. / Li, W.Z. / Chen, Y. / Jiang, Y.L. / Zhou, C.Z.
履歴
登録2012年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5',5'''-P-1,P-4-tetraphosphate phosphorylase 2
B: 5',5'''-P-1,P-4-tetraphosphate phosphorylase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8062
ポリマ－75,8062
非ポリマー00
水4,035224
1
A: 5',5'''-P-1,P-4-tetraphosphate phosphorylase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9031
ポリマ－37,9031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 5',5'''-P-1,P-4-tetraphosphate phosphorylase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9031
ポリマ－37,9031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: 5',5'''-P-1,P-4-tetraphosphate phosphorylase 2

B: 5',5'''-P-1,P-4-tetraphosphate phosphorylase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8062
ポリマ－75,8062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x+1/2,-y-1/2,-z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area27100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.760, 74.460, 112.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 5',5'''-P-1,P-4-tetraphosphate phosphorylase 2 / ATP adenylyltransferase / Ap4A phosphorylase II / AP / A phosphorylase / Diadenosine 5' / 5'''-P1 / ...ATP adenylyltransferase / Ap4A phosphorylase II / AP / A phosphorylase / Diadenosine 5' / 5'''-P1 / P4-tetraphosphate phosphorylase / AP-4-A phosphorylase


分子量: 37902.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: APA2, YDR530C, D9719.33 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P22108, ATP adenylyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.56 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18% PEG 2K, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97917 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.49 Å / Num. obs: 27391 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 37.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 10.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→44.844 Å / SU ML: 0.74 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2777 1374 5.03 %
Rwork0.2029 --
obs0.2067 27333 97.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.629 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.4013 Å2-0 Å20 Å2
2---4.5689 Å20 Å2
3---1.1676 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.844 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4870 0 0 224 5094
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084989
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2516771
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2041861
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085755
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005878
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3-2.38220.37511080.2646219183
2.3822-2.47760.35641380.2638238791
2.4776-2.59040.3511270.2547260699
2.5904-2.72690.28391510.23432629100
2.7269-2.89770.34071390.22662652100
2.8977-3.12140.32191150.20942683100
3.1214-3.43540.28031720.20132623100
3.4354-3.93230.26911530.19672676100
3.9323-4.95330.22051420.15962713100
4.9533-44.85290.24741290.1973279998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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