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万見
- PDB-4i5s: Structure and function of sensor histidine kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i5s
タイトルStructure and function of sensor histidine kinase
要素Putative histidine kinase CovS; VicK-like protein
キーワードTRANSFERASE / HISTIDINE KINASE / VICK / HAMP / PAS / Kinase / Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / membrane => GO:0016020 / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
HAMP domain in histidine kinase / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAS domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. ...HAMP domain in histidine kinase / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAS domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / Histidine kinase-like ATPases / PAS domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptococcus mutans serotype c (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Cai, Y.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2013
タイトル: Mechanistic insights revealed by the crystal structure of a histidine kinase with signal transducer and sensor domains
著者: Wang, C. / Sang, J. / Wang, J. / Su, M. / Downey, J.S. / Wu, Q. / Wang, S. / Cai, Y. / Xu, X. / Wu, J. / Senadheera, D.B. / Cvitkovitch, D.G. / Chen, L. / Goodman, S.D. / Han, A.
履歴
登録2012年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative histidine kinase CovS; VicK-like protein
B: Putative histidine kinase CovS; VicK-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,5042
ポリマ－103,5042
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7900 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area40390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.124, 153.124, 125.113
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Putative histidine kinase CovS; VicK-like protein / HAMP / HISTIDINE KINASE-LIKE ATPASES / PAS DOMAIN / HISTIDINE KINASE A DOMAIN


分子量: 51752.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans serotype c (バクテリア)
株: ATCC 700610 / UA159 / 遺伝子: covS, SMU_1516 / プラスミド: PCRT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/DE3 ROSETTA / 参照: UniProt: Q8DT64, EC: 2.7.13.1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.3-2.9M SODIUM FORMATE, 3% PEG 4000, PH 7.6-8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月7日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 25746 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2.8 / Observed criterion σ(I): 21.1 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 102 Å2
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.3→36.62 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.93 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1451 5.64 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.233 25719 99.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 125.53 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 276.76 Å2 / Biso mean: 151.3412 Å2 / Biso min: 78.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.7354 Å20 Å2-0 Å2
2--10.7354 Å20 Å2
3----21.4708 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→36.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6233 0 0 0 6233
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056312
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9348530
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3272395
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651007
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031101
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.301-3.41890.37364150.31012145100
3.4189-3.5557000.28532531100
3.5557-3.7174000.25432557100
3.7174-3.91320.30583430.24612183100
3.9132-4.158000.22882561100
4.158-4.47850.2273160.19882251100
4.4785-4.9283000.18072575100
4.9283-5.6392000.21652589100
5.6392-7.09630.41452390.31772355100
7.0963-36.62570.18551380.2113252198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.95140.94714.6694.77042.79410.04781.15880.9786-0.5420.4244-0.7087-0.1630.87631.9399-0.5690.95260.1125-0.03111.4374-0.06970.922750.809550.384939.3526
25.91181.15923.47180.16012.32434.0977-0.188-0.70541.51770.2805-0.80090.5572-0.53360.08430.99631.24850.1468-0.12681.3652-0.16731.07348.703961.154546.5497
35.3987-1.45121.490510.5485-0.16194.6087-0.38450.50920.832-0.0623-0.2058-0.1828-0.93340.01690.6020.92140.1828-0.13621.0928-0.01881.084522.167963.983612.8108
45.63813.65453.46647.36520.44469.11540.6099-0.1376-1.11890.658-0.0029-0.2330.5058-0.6972-0.511.01190.18640.02350.9378-0.14580.968317.791141.681320.9137
54.1757-0.65681.95395.3327-1.80989.6248-0.13360.4513-0.0689-0.42940.14170.38211.5495-0.33460.07310.9769-0.07370.08231.5301-0.09910.8326-7.392351.653-20.2417
61.15870.6508-0.10967.46550.91976.1128-0.06090.11-0.3249-0.3948-0.16311.10390.6199-1.64020.25440.6028-0.04760.09151.7666-0.00841.1676-12.326750.13-12.4226
78.8065-0.3643-0.64058.82131.30984.2435-0.16551.07190.613-0.7429-0.08880.2083-0.3271-0.50240.26360.99770.24280.02381.93250.11710.80982.458360.6029-31.1818
83.919-1.95270.294911.7583-1.36095.0124-0.2735-0.5849-0.30180.34720.31041.0568-0.0351-0.8159-0.0290.63940.13960.12751.79950.03760.8274-20.069467.16343.3715
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 37:103A37 - 103
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and resid 28:103B28 - 103
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 104:199A104 - 199
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resid 104:199B104 - 199
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resid 200:269A200 - 269
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resid 200:273B200 - 273
7X-RAY DIFFRACTION7chain A and resid 275:432A275 - 432
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and resid 274:434B274 - 434

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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