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- PDB-4i5i: Crystal structure of the SIRT1 catalytic domain bound to NAD and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i5i
タイトルCrystal structure of the SIRT1 catalytic domain bound to NAD and an EX527 analog
要素NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-1
キーワードHYDROLASE / Rossmann Fold / histone deacetylase / epigenetics / cancer / sirtuin / acetylated lysine of histone
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of smooth muscle cell apoptotic process / maintenance of nucleus location / eNoSc complex / histone H4K12 deacetylase activity / histone H3K deacetylase activity / NAD-dependent histone decrotonylase activity / negative regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / negative regulation of cellular response to testosterone stimulus / protein depropionylation ...negative regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of smooth muscle cell apoptotic process / maintenance of nucleus location / eNoSc complex / histone H4K12 deacetylase activity / histone H3K deacetylase activity / NAD-dependent histone decrotonylase activity / negative regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / negative regulation of cellular response to testosterone stimulus / protein depropionylation / protein-propionyllysine depropionylase activity / regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of transcription by glucose / regulation of protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of macrophage apoptotic process / NAD-dependent histone H3K14 deacetylase activity / negative regulation of triglyceride biosynthetic process / regulation of endodeoxyribonuclease activity / triglyceride mobilization / behavioral response to starvation / pyrimidine dimer repair by nucleotide-excision repair / HLH domain binding / regulation of lipid storage / keratin filament binding / leptin-mediated signaling pathway / NAD-dependent histone H3K9 deacetylase activity / negative regulation of peptidyl-lysine acetylation / NAD-dependent histone H4K16 deacetylase activity / regulation of brown fat cell differentiation / deacetylase activity / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / bHLH transcription factor binding / response to leptin / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / intracellular triglyceride homeostasis / peptidyl-lysine acetylation / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / positive regulation of adaptive immune response / regulation of centrosome duplication / rDNA heterochromatin / ovulation from ovarian follicle / single strand break repair / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / regulation of bile acid biosynthetic process / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / rDNA heterochromatin formation / protein acetyllysine N-acetyltransferase / negative regulation of protein acetylation / chromatin silencing complex / negative regulation of phosphorylation / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / protein deacetylation / NAD-dependent histone deacetylase activity / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / UV-damage excision repair / protein lysine deacetylase activity / positive regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / negative regulation of TOR signaling / negative regulation of helicase activity / positive regulation of macrophage cytokine production / mitogen-activated protein kinase binding / positive regulation of double-strand break repair / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / nuclear inner membrane / muscle organ development / stress-induced premature senescence / histone deacetylase activity / DNA synthesis involved in DNA repair / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / negative regulation of fat cell differentiation / intracellular glucose homeostasis / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / macrophage differentiation / positive regulation of macroautophagy / negative regulation of cell cycle / white fat cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / NAD+ binding / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / positive regulation of cholesterol efflux / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / fatty acid homeostasis / heterochromatin / cellular response to glucose starvation / heterochromatin formation / energy homeostasis / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of cellular response to heat / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of gluconeogenesis / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / positive regulation of endothelial cell proliferation / regulation of mitotic cell cycle
類似検索 - 分子機能
SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold ...SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4I5 / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhao, X. / Allison, D. / Condon, B. / Zhang, F. / Gheyi, T. / Zhang, A. / Ashok, S. / Russell, M. / Macewan, I. / Qian, Y. ...Zhao, X. / Allison, D. / Condon, B. / Zhang, F. / Gheyi, T. / Zhang, A. / Ashok, S. / Russell, M. / Macewan, I. / Qian, Y. / Jamison, J.A. / Luz, J.G.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: The 2.5 angstrom crystal structure of the SIRT1 catalytic domain bound to nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) and an indole (EX527 analogue) reveals a novel mechanism of histone deacetylase inhibition.
著者: Zhao, X. / Allison, D. / Condon, B. / Zhang, F. / Gheyi, T. / Zhang, A. / Ashok, S. / Russell, M. / MacEwan, I. / Qian, Y. / Jamison, J.A. / Luz, J.G.
履歴
登録2012年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-1
B: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0258
ポリマ－65,0412
非ポリマー1,9836
水2,918162
1
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5124
ポリマ－32,5211
非ポリマー9923
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5124
ポリマ－32,5211
非ポリマー9923
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area24780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.513, 106.513, 80.663
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-1 / hSIRT1 / Regulatory protein SIR2 homolog 1 / SIR2-like protein 1 / hSIR2 / SirtT1 75 kDa fragment / 75SirT1


分子量: 32520.723 Da / 分子数: 2
断片: Deacetylase sirtuin-type catalytic domain residues 241-516
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT1, SIR2L1 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96EB6, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物 ChemComp-4I5 / (6S)-2-chloro-5,6,7,8,9,10-hexahydrocyclohepta[b]indole-6-carboxamide / (6S)-2-クロロ-5,6,7,8,9,10-ヘキサヒドロシクロヘプタ[b]インド-ル-6β-カルボアミド


分子量: 262.735 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H15ClN2O
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.72 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 300 mM NDSB-195 + 100 mM MES pH 5.4 + 1500 mM Sodium Potassium Tartrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月11日
放射モノクロメーター: Kohzu HLD-4 Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→32.2 Å / Num. all: 35389 / Num. obs: 35389 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0017精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2H2H

2h2h


解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 5.201 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19532 1772 5 %RANDOM
Rwork0.16737 ---
obs0.16878 33617 99.88 %-
all-35389 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.601 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å2-0.23 Å20 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---0.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4238 0 126 162 4526
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0194471
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1952.0176089
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7465542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.9923.989188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.20815736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8431528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2686
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 130 -
Rwork0.223 2503 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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