PDB-4i5f: Crystal structure of Ralstonia sp. alcohol dehydrogenase mutant N...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i5f

タイトル

Crystal structure of Ralstonia sp. alcohol dehydrogenase mutant N15G, G37D, R38V, R39S

要素

Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / short-chain-dehydrogenases/reductases / Rossmann fold / Ralstonia sp. / alcohol dehydrogenase / RasADH / cosubstrate specificity / NADH / S-phenylethanol

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, oxygen as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ralstonia sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Jarasch, A. / Lerchner, A. / Meining, W. / Schiefner, A. / Skerra, A.

引用

ジャーナル: Biotechnol.Bioeng. / 年: 2013
タイトル: Crystallographic analysis and structure-guided engineering of NADPH-dependent Ralstonia sp. Alcohol dehydrogenase toward NADH cosubstrate specificity.
著者: Lerchner, A. / Jarasch, A. / Meining, W. / Schiefner, A. / Skerra, A.

履歴

登録	2012年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i5f.cif.gz	701.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i5f.ent.gz	586 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i5f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/4i5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/4i5f	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4i5dC 4i5eSC 4i5gC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4i5d-1 4i5g-2 4i5g-1 4bmn-d 4i5d-2 3gr6-d 2yw9-1 3edm-d 2yw9-2 5thz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

B: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

C: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

D: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

E: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

F: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

G: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

H: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

224 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

B: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

C: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

D: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
112 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

F: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

G: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

H: Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
112 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.796, 72.974, 132.893
Angle α, β, γ (deg.)	80.740, 86.530, 64.180
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7

#1: タンパク質	Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase 分子量: 28050.668 Da / 分子数: 8 / 変異: N15G, G37D, R38V, R39S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ralstonia sp. (バクテリア) / 株: DSMZ 6428 / 遺伝子: RasADH / プラスミド: pASK-IBA35plus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: C0IR58
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 636 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase

分子量: 28050.668 Da / 分子数: 8 / 変異: N15G, G37D, R38V, R39S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Ralstonia sp. (バクテリア) / 株: DSMZ 6428 / 遺伝子: RasADH / プラスミド: pASK-IBA35plus / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: C0IR58

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 636 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 7% PEG2000, 50mM Hepes/NaOH, 100 mM LiCl, 5mM NAD+ , pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月7日

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 136876 / Num. obs: 136876 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.236 % / B_iso Wilson estimate: 34.752 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 11.56

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.2	0.507	2.61	1	95
2.3-2.4	0.411	3.3	1	95.9
2.4-2.5	0.326	4.16	1	96.6
2.5-3	0.162	7.72	1	97.1
3-4	0.059	18.27	1	97.1
4-5	0.035	29.66	1	96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4I5E

4i5e

解像度: 2.1→29.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 10.582 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2441	6862	5 %	RANDOM
R_work	0.2047	-	-	-
obs	0.2066	136875	96.53 %	-
all	-	136875	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 184.38 Å² / B_iso mean: 34.5608 Å² / B_iso min: 12.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.25 Å²	-1.1 Å²	2.01 Å²
2-	-	2.35 Å²	-2.23 Å²
3-	-	-	-2.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13944	0	0	636	14580

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	14120
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.98	1.972	19152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.69	5	1848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.893	23.099	568
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.548	15	2336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.05	15	128
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.13	0.2	2320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	10480

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	795	MEDIUM POSITIONAL	0.44	0.5
1	2	B	795	MEDIUM POSITIONAL	0.31	0.5
1	3	C	795	MEDIUM POSITIONAL	0.45	0.5
1	4	D	795	MEDIUM POSITIONAL	0.45	0.5
1	5	E	795	MEDIUM POSITIONAL	0.33	0.5
1	6	F	795	MEDIUM POSITIONAL	0.37	0.5
1	7	G	795	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0.5
1	8	H	795	MEDIUM POSITIONAL	0.27	0.5
1	1	A	912	TIGHT THERMAL	1.06	0.5
1	2	B	912	TIGHT THERMAL	1.16	0.5
1	3	C	912	TIGHT THERMAL	1.15	0.5
1	4	D	912	TIGHT THERMAL	0.96	0.5
1	5	E	912	TIGHT THERMAL	1.64	0.5
1	6	F	912	TIGHT THERMAL	0.97	0.5
1	7	G	912	TIGHT THERMAL	2.1	0.5
1	8	H	912	TIGHT THERMAL	1.08	0.5
1	1	A	795	MEDIUM THERMAL	1.71	2
1	2	B	795	MEDIUM THERMAL	1.91	2
1	3	C	795	MEDIUM THERMAL	2.1	2
1	4	D	795	MEDIUM THERMAL	1.75	2
1	5	E	795	MEDIUM THERMAL	2.53	2
1	6	F	795	MEDIUM THERMAL	1.44	2
1	7	G	795	MEDIUM THERMAL	2.49	2
1	8	H	795	MEDIUM THERMAL	1.61	2
2	1	B	795	MEDIUM POSITIONAL	0.32	0.5
2	2	C	795	MEDIUM POSITIONAL	0.44	0.5
2	3	D	795	MEDIUM POSITIONAL	0.43	0.5
2	4	E	795	MEDIUM POSITIONAL	0.35	0.5
2	5	F	795	MEDIUM POSITIONAL	0.35	0.5
2	6	G	795	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0.5
2	7	H	795	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
2	1	B	912	TIGHT THERMAL	1.18	0.5
2	2	C	912	TIGHT THERMAL	1.17	0.5
2	3	D	912	TIGHT THERMAL	0.95	0.5
2	4	E	912	TIGHT THERMAL	1.71	0.5
2	5	F	912	TIGHT THERMAL	0.92	0.5
2	6	G	912	TIGHT THERMAL	2.01	0.5
2	7	H	912	TIGHT THERMAL	1.08	0.5
2	1	B	795	MEDIUM THERMAL	1.96	2
2	2	C	795	MEDIUM THERMAL	2.08	2
2	3	D	795	MEDIUM THERMAL	1.72	2
2	4	E	795	MEDIUM THERMAL	2.63	2
2	5	F	795	MEDIUM THERMAL	1.38	2
2	6	G	795	MEDIUM THERMAL	2.38	2
2	7	H	795	MEDIUM THERMAL	1.54	2
3	1	C	795	MEDIUM POSITIONAL	0.42	0.5
3	2	D	795	MEDIUM POSITIONAL	0.43	0.5
3	3	E	795	MEDIUM POSITIONAL	0.35	0.5
3	4	F	795	MEDIUM POSITIONAL	0.34	0.5
3	5	G	795	MEDIUM POSITIONAL	0.27	0.5
3	6	H	795	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0.5
3	1	C	912	TIGHT THERMAL	1.19	0.5
3	2	D	912	TIGHT THERMAL	0.9	0.5
3	3	E	912	TIGHT THERMAL	1.74	0.5
3	4	F	912	TIGHT THERMAL	0.92	0.5
3	5	G	912	TIGHT THERMAL	1.97	0.5
3	6	H	912	TIGHT THERMAL	1.01	0.5
3	1	C	795	MEDIUM THERMAL	2.11	2
3	2	D	795	MEDIUM THERMAL	1.65	2
3	3	E	795	MEDIUM THERMAL	2.61	2
3	4	F	795	MEDIUM THERMAL	1.27	2
3	5	G	795	MEDIUM THERMAL	2.37	2
3	6	H	795	MEDIUM THERMAL	1.5	2
4	1	D	795	MEDIUM POSITIONAL	0.4	0.5
4	2	E	795	MEDIUM POSITIONAL	0.31	0.5
4	3	F	795	MEDIUM POSITIONAL	0.38	0.5
4	4	G	795	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
4	5	H	795	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
4	1	D	912	TIGHT THERMAL	0.91	0.5
4	2	E	912	TIGHT THERMAL	1.75	0.5
4	3	F	912	TIGHT THERMAL	0.95	0.5
4	4	G	912	TIGHT THERMAL	1.85	0.5
4	5	H	912	TIGHT THERMAL	1.03	0.5
4	1	D	795	MEDIUM THERMAL	1.63	2
4	2	E	795	MEDIUM THERMAL	2.52	2
4	3	F	795	MEDIUM THERMAL	1.36	2
4	4	G	795	MEDIUM THERMAL	2.23	2
4	5	H	795	MEDIUM THERMAL	1.52	2
5	1	E	795	MEDIUM POSITIONAL	0.31	0.5
5	2	F	795	MEDIUM POSITIONAL	0.35	0.5
5	3	G	795	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
5	4	H	795	MEDIUM POSITIONAL	0.22	0.5
5	1	E	912	TIGHT THERMAL	1.71	0.5
5	2	F	912	TIGHT THERMAL	0.9	0.5
5	3	G	912	TIGHT THERMAL	1.79	0.5
5	4	H	912	TIGHT THERMAL	1.14	0.5
5	1	E	795	MEDIUM THERMAL	2.42	2
5	2	F	795	MEDIUM THERMAL	1.31	2
5	3	G	795	MEDIUM THERMAL	2.13	2
5	4	H	795	MEDIUM THERMAL	1.66	2
6	1	F	795	MEDIUM POSITIONAL	0.29	0.5
6	2	G	795	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
6	3	H	795	MEDIUM POSITIONAL	0.21	0.5
6	1	F	912	TIGHT THERMAL	0.97	0.5
6	2	G	912	TIGHT THERMAL	1.42	0.5
6	3	H	912	TIGHT THERMAL	1.18	0.5
6	1	F	795	MEDIUM THERMAL	1.36	2
6	2	G	795	MEDIUM THERMAL	1.75	2
6	3	H	795	MEDIUM THERMAL	1.46	2
7	1	G	795	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
7	1	G	912	TIGHT THERMAL	1.21	0.5
7	1	G	795	MEDIUM THERMAL	1.46	2

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	481	-
R_work	0.288	9421	-
all	-	9902	-
obs	-	-	94.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5806	0.3235	-2.1504	4.373	-1.0566	2.7376	-0.1191	0.1386	-0.315	-0.1473	-0.0786	0.1404	0.2891	-0.2049	0.1977	0.1512	0.0155	0.0159	0.1273	-0.0812	0.1655	12.8205	-19.0504	7.0886
2	3.764	1.2024	0.7933	5.2026	0.021	2.8297	0.0009	-0.0332	-0.507	-0.0235	0.0474	-0.3066	0.5081	0.3101	-0.0483	0.2023	0.0637	0.0641	0.2507	-0.0495	0.212	25.066	-19.0523	5.791
3	0.6943	0.0779	-0.0079	1.4624	0.277	2.7056	-0.0008	0.0446	-0.1402	-0.0072	0.0426	0.0197	0.1776	0.3232	-0.0418	0.0256	0.0365	-0.0086	0.1767	-0.0073	0.1401	20.5989	-8.1438	21.0024
4	8.2086	-0.1145	10.1859	0.0112	0.0019	15.4262	-0.6646	0.353	-0.2029	0.1012	0.2265	-0.007	0.6631	2.6492	0.4381	1.4228	0.9869	0.1666	2.0073	0.3829	0.8781	12.0986	-23.3916	32.958
5	1.1878	-0.0571	-0.3279	2.4794	0.2161	3.2682	-0.0672	0.0788	-0.2993	0.0943	-0.0529	0.049	0.2578	0.0239	0.1201	0.0565	0.0053	0.0022	0.1608	-0.0306	0.1898	5.4245	-13.7645	21.2576
6	2.6772	-0.697	-1.0302	2.6933	0.408	4.2746	0.0324	0.3387	-0.0366	-0.2425	-0.0677	0.3866	0.1107	-0.5916	0.0353	0.0406	-0.0589	-0.073	0.4762	-0.1015	0.3873	-18.5744	-10.2121	13.321
7	4.0663	-0.8443	-2.2163	1.2322	0.4452	6.4313	0.1387	0.0141	-0.1133	0.2247	-0.1269	0.3093	0.1004	-0.8559	-0.0118	0.0773	-0.0729	0.0216	0.4701	-0.075	0.4578	-22.2769	-13.8312	24.1002
8	1.1255	-0.0029	-0.1769	3.6248	0.6047	2.0526	-0.0393	-0.0144	-0.0576	-0.1013	-0.0961	0.4138	0.0076	-0.3867	0.1354	0.0045	0.0029	-0.0124	0.293	-0.0536	0.2259	-10.6312	-1.6557	29.4065
9	2.5911	-6.2652	3.4605	15.1921	-8.4226	4.7472	-0.0571	0.4909	0.2741	0.8352	-0.7178	-0.5828	-0.3704	0.2601	0.7749	0.8232	-0.0833	0.4609	1.3913	-0.21	1.3036	-3.2845	10.9378	14.2216
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20	1.3182	-0.3502	0.1948	3.6556	-0.3966	3.4471	-0.0575	-0.1973	-0.0193	0.3033	0.0042	0.1932	-0.0042	0.0158	0.0533	0.0384	0.0275	-0.0003	0.187	-0.0236	0.1315	9.4172	5.38	47.0862
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22	6.3381	-0.1838	-0.6122	2.3045	-0.5867	4.0625	0.0408	-0.0966	0.6742	-0.0093	0.0255	0.333	-0.4726	-0.3021	-0.0663	0.3873	-0.0314	0.0061	0.0619	-0.0392	0.2531	20.621	15.8808	114.5679
23	1.2063	-0.0146	0.1752	0.9696	0.0848	3.2066	0.0041	0.0043	0.1069	0.0448	0.0248	0.0949	-0.384	0.0321	-0.0289	0.247	-0.0303	0.0234	0.0334	0.0273	0.1265	25.1573	4.7074	99.6589
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26	2.2333	-0.4008	-0.3658	3.6558	0.483	2.8536	-0.0939	0.0278	0.153	-0.057	0.1727	-0.4633	-0.1545	0.734	-0.0788	0.3244	-0.1243	0.0314	0.3791	0.0437	0.1719	43.8762	4.2936	70.4214
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33	1.2826	-0.1473	-0.6017	0.9736	0.3108	1.9273	-0.0572	-0.1366	-0.3323	0.192	-0.0348	0.2649	0.5563	-0.1687	0.092	0.3914	-0.0784	0.0425	0.1136	0.0374	0.2833	11.6127	-28.5946	101.9764
34	8.6789	-5.3505	3.0604	3.3286	-1.9514	1.3279	-0.0807	0.6368	-0.1519	0.0172	-0.3284	-0.1033	0.5135	0.1689	0.4092	1.7178	-0.1933	0.379	0.2618	-0.0555	1.3018	32.5318	-21.1716	109.7076
35	2.6816	-0.224	0.07	1.3746	0.5211	2.1223	-0.0714	-0.157	-0.1542	0.3552	-0.0289	0.1728	0.4015	-0.0726	0.1003	0.2814	-0.0417	0.0611	0.027	0.0317	0.1225	18.4781	-14.318	107.2453
36	1.1218	-0.4198	-0.0108	2.5033	-1.0989	4.2695	-0.0669	0.1895	-0.158	-0.2231	0.0603	0.2319	0.2163	-0.2015	0.0067	0.2943	0.0648	0.004	0.228	-0.0926	0.2181	27.3413	-32.642	66.0256
37	1.0461	-1.664	0.32	7.6478	1.0362	3.4226	0.0471	0.0902	-0.3521	0.0279	-0.1071	0.1154	0.3096	0.2772	0.06	0.3758	0.0909	0.0601	0.2272	-0.0748	0.2317	34.7689	-39.3103	71.0303
38	2.0607	-0.4811	-0.3175	1.1752	0.4375	2.0092	-0.0577	0.2717	-0.3144	-0.0537	-0.0411	0.1437	0.3864	-0.0776	0.0989	0.3208	-0.0107	0.0191	0.1135	-0.0254	0.1843	21.5423	-28.1216	83.1917
39	32.9277	-9.8744	10.67	2.9866	-3.2178	3.4803	-0.5616	-0.8677	0.083	0.0059	0.4054	0.032	-0.0365	-0.3404	0.1562	1.5634	-0.4618	-0.0698	0.4033	0.1129	0.9159	11.8698	-11.828	73.3314
40	2.1993	-1.0802	0.1507	2.089	-0.2591	2.3622	0.0657	0.2788	-0.2171	-0.1955	-0.04	0.1463	0.0639	0.1579	-0.0257	0.26	0.0106	0.0098	0.1159	0.002	0.0994	27.0396	-15.3978	75.0448

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 37
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	38 - 80
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	81 - 184
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	185 - 208
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	209 - 249
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 62
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	63 - 88
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	89 - 184
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	185 - 208
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	209 - 249
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	1 - 74
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	75 - 89
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	90 - 184
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	185 - 209
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	210 - 249
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	1 - 68
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	69 - 84
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	85 - 184
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	185 - 209
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	210 - 249
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	1 - 37
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	38 - 79
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	80 - 184
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	185 - 206
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	207 - 249
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	1 - 74
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	75 - 89
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	90 - 184
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	185 - 208
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	209 - 249
31	X-RAY DIFFRACTION	31	G	1 - 6
32	X-RAY DIFFRACTION	32	G	7 - 40
33	X-RAY DIFFRACTION	33	G	41 - 183
34	X-RAY DIFFRACTION	34	G	184 - 212
35	X-RAY DIFFRACTION	35	G	213 - 249
36	X-RAY DIFFRACTION	36	H	1 - 68
37	X-RAY DIFFRACTION	37	H	69 - 84
38	X-RAY DIFFRACTION	38	H	85 - 184
39	X-RAY DIFFRACTION	39	H	185 - 211
40	X-RAY DIFFRACTION	40	H	212 - 249

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)