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- PDB-4i4l: Crystal Structure of Nucleotide-Bound W-W-W ClpX Hexamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i4l
タイトルCrystal Structure of Nucleotide-Bound W-W-W ClpX Hexamer
要素ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
キーワードMOTOR PROTEIN / hexamer / wild-type / asymmetric / nucleotide-bound
機能・相同性
機能・相同性情報


protein denaturation / HslUV protease complex / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein unfolding / proteolysis involved in protein catabolic process / ATP-dependent protein folding chaperone / disordered domain specific binding / unfolded protein binding / protease binding ...protein denaturation / HslUV protease complex / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein unfolding / proteolysis involved in protein catabolic process / ATP-dependent protein folding chaperone / disordered domain specific binding / unfolded protein binding / protease binding / protein dimerization activity / cell division / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Clp protease, ATP-binding subunit ClpX, bacteria / Zinc finger, ClpX C4-type superfamily / ClpX C4-type zinc finger / Clp protease, ATP-binding subunit ClpX / Zinc finger, ClpX C4-type / ClpX zinc binding (ZB) domain profile. / ClpX C4-type zinc finger / : / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Clp ATPase, C-terminal ...Clp protease, ATP-binding subunit ClpX, bacteria / Zinc finger, ClpX C4-type superfamily / ClpX C4-type zinc finger / Clp protease, ATP-binding subunit ClpX / Zinc finger, ClpX C4-type / ClpX zinc binding (ZB) domain profile. / ClpX C4-type zinc finger / : / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / ATPase, AAA-type, core / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6981 Å
データ登録者Glynn, S.E. / Nager, A.R. / Stinson, B.S. / Schmitz, K.R. / Baker, T.A. / Sauer, R.T.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2013
タイトル: Nucleotide Binding and Conformational Switching in the Hexameric Ring of a AAA+ Machine.
著者: Stinson, B.M. / Nager, A.R. / Glynn, S.E. / Schmitz, K.R. / Baker, T.A. / Sauer, R.T.
履歴
登録2012年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
B: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
C: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
D: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
E: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
F: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,61813
ポリマ－236,6156
非ポリマー1,0047
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16020 Å2
ΔGint-191 kcal/mol
Surface area77810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.942, 181.903, 201.378
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (backbone or name CB) and (resid 67:97...
21chain B and (backbone or name CB) and (resid 67:97...
31chain C and (backbone or name CB) and (resid 67:97...
41chain D and (backbone or name CB) and (resid 67:97...
51chain E and (backbone or name CB) and (resid 67:97...
61chain F and (backbone or name CB) and (resid 67:97...
12chain A and (backbone or name CB) and (resid 319:412)
22chain B and (backbone or name CB) and (resid 319:412)
32chain C and (backbone or name CB) and (resid 319:412)
42chain D and (backbone or name CB) and (resid 319:412)
52chain E and (backbone or name CB) and (resid 319:412)
62chain F and (backbone or name CB) and (resid 319:412)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and (backbone or name CB) and (resid 67:97...A63 - 413
121chain A and (backbone or name CB) and (resid 67:97...A63 - 413
211chain B and (backbone or name CB) and (resid 67:97...B63 - 413
221chain B and (backbone or name CB) and (resid 67:97...B63 - 413
311chain C and (backbone or name CB) and (resid 67:97...C63 - 413
321chain C and (backbone or name CB) and (resid 67:97...C63 - 413
411chain D and (backbone or name CB) and (resid 67:97...D63 - 413
421chain D and (backbone or name CB) and (resid 67:97...D63 - 413
511chain E and (backbone or name CB) and (resid 67:97...E63 - 413
521chain E and (backbone or name CB) and (resid 67:97...E63 - 413
611chain F and (backbone or name CB) and (resid 67:97...F63 - 413
621chain F and (backbone or name CB) and (resid 67:97...F63 - 413
112chain A and (backbone or name CB) and (resid 319:412)A0
212chain B and (backbone or name CB) and (resid 319:412)B0
312chain C and (backbone or name CB) and (resid 319:412)C0
412chain D and (backbone or name CB) and (resid 319:412)D0
512chain E and (backbone or name CB) and (resid 319:412)E0
612chain F and (backbone or name CB) and (resid 319:412)F0

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.624283, 0.691705, 0.363064), (-0.743743, 0.384082, 0.547108), (0.238991, -0.611576, 0.754227)39.561298, 22.5156, -14.8208
2given(0.147847, 0.484668, 0.862112), (-0.630522, -0.625384, 0.459714), (0.76196, -0.611548, 0.213133)68.348503, 1.68583, -38.103298
3given(0.630884, -0.655441, 0.41519), (-0.582207, -0.753638, -0.305066), (0.512856, -0.049265, -0.85706)7.13153, -21.0375, -69.477997
4given(-0.122464, -0.979217, -0.161665), (-0.379664, 0.196724, -0.903966), (0.916983, -0.049325, -0.395865)21.937201, -31.5993, -54.330799
5given(0.193832, -0.662336, -0.723699), (0.358703, 0.734458, -0.57611), (0.913105, -0.147925, 0.379943)6.03775, -34.139599, -31.163
6given(0.745528, 0.63338, 0.207407), (-0.577704, 0.458961, 0.674991), (0.332334, -0.623044, 0.708075)25.1187, 27.430599, -21.340599
7given(0.947725, 0.229153, 0.222049), (-0.005581, -0.683876, 0.729577), (0.319039, -0.692678, -0.646847)-6.36112, -6.10718, -76.491798
8given(0.40517, -0.785339, 0.46806), (-0.818363, -0.539782, -0.197275), (0.407579, -0.303113, -0.861396)22.2691, -7.88687, -63.2104
9given(0.03237, -0.990434, 0.13414), (-0.23972, -0.137986, -0.960986), (0.970302, -0.001049, -0.241893)16.6891, -35.186901, -55.977299
10given(0.510868, -0.798015, 0.319666), (0.786712, 0.284089, -0.548068), (0.346553, 0.531475, 0.772939)-7.20925, -47.18, -16.23

-
要素

#1: タンパク質
ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX


分子量: 39435.793 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0438, clpX, JW0428, lopC / プラスミド: pACYC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR (DE3) / 参照: UniProt: P0A6H1
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.8
詳細: 75 mM sodium acetate, 1.9 M ammonium sulfate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.698→50 Å / Num. all: 21372 / Num. obs: 21372 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.023 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.698-3.833.40.30920980.56195.3
3.83-3.993.80.26921310.754194.9
3.99-4.173.90.19421370.768196.9
4.17-4.393.90.16521091.037193.5
4.39-4.6640.11821480.926194.6
4.66-5.023.90.10121460.955195.5
5.02-5.5340.121270.905194
5.53-6.3240.08821220.902192.5
6.32-7.963.90.06421501.423192
7.96-503.60.03722041.976189.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HWS

3hws


解像度: 3.6981→45.476 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7302 / SU ML: 0.59 / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 32.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3227 1026 5.02 %RANDOM
Rwork0.2997 ---
all0.3009 20446 --
obs0.3009 20446 89.55 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 94.102 Å2 / ksol: 0.316 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 475.11 Å2 / Biso mean: 145.9978 Å2 / Biso min: 56.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.8875 Å20 Å2-0 Å2
2--4.54 Å20 Å2
3----0.6525 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6981→45.476 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13647 0 57 0 13704
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213842
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.43918745
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0282291
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022393
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9395009
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A655X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
12B655X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
13C655X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
14D655X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
15E511X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
16F655X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
21A466X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.113
22B466X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.113
23C466X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.138
24D466X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.107
25E466X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.134
26F466X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.139
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.6981-3.8930.36091270.35632507263483
3.893-4.13680.38421500.3332698284889
4.1368-4.45590.32071450.30712754289990
4.4559-4.90390.33761480.2952809295792
4.9039-5.61230.33261650.32022826299191
5.6123-7.06670.35311300.32862869299991
7.0667-45.47920.2551610.24112957311890

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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