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万見
- PDB-4i48: Structure of HLA-A68 complexed with an HIV Env derived peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i48
タイトルStructure of HLA-A68 complexed with an HIV Env derived peptide
要素
  • 9-mer peptide from Envelope glycoprotein gp160
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-68 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Monomer / Peptide presentation
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / Dectin-2 family / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I ...T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / Dectin-2 family / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / detection of bacterium / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / antibacterial humoral response / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / viral protein processing / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / innate immune response / focal adhesion
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 ...Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus type 1 lw12.3 isolate (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.799 Å
データ登録者Niu, L. / Cheng, H. / Zhang, S. / Tan, S. / Zhang, Y. / Qi, J. / Liu, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the differential classification of HLA-A*6802 and HLA-A*6801 into the A2 and A3 supertypes
著者: Niu, L. / Cheng, H. / Zhang, S. / Tan, S. / Zhang, Y. / Qi, J. / Liu, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2012年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-68 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: 9-mer peptide from Envelope glycoprotein gp160


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4513
ポリマ－44,4513
非ポリマー00
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.853, 68.194, 72.795
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-68 alpha chain / HLA-A*68 heavy chain / Aw-68 / HLA class I histocompatibility antigen / A-28 alpha chain / MHC ...HLA-A*68 heavy chain / Aw-68 / HLA class I histocompatibility antigen / A-28 alpha chain / MHC class I antigen A*68


分子量: 31778.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01891, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド 9-mer peptide from Envelope glycoprotein gp160


分子量: 925.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide derived from HIV
由来: (合成) Human immunodeficiency virus type 1 lw12.3 isolate (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q70626
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THESE CONFLICTS IN CHAIN A ARE NATURAL VARIANT, ALLELE A*68:02.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris, 17%(w/v) PEG10000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月8日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.799→50 Å / Num. obs: 11512 / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 73.62 Å2
反射 シェル解像度: 2.799→2.9 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.799→32.517 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7279 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2813 538 4.74 %RANDOM
Rwork0.2176 ---
all0.2813 ---
obs0.2205 11355 96.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 178.16 Å2 / Biso mean: 79.2755 Å2 / Biso min: 26.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.799→32.517 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3132 0 0 3 3135
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033221
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7564368
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052447
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003572
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2891179
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.799-3.08050.34481310.29362649278095
3.0805-3.52580.33861370.26872761289899
3.5258-4.44040.26351440.22722710285498
4.4404-32.51960.25861260.18172697282395
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8004-0.36940.30542.77331.3663.0961-0.12320.4576-0.3584-1.0614-0.005-0.3063-0.0780.5326-0.00430.74490.05560.09770.7286-0.0490.4816-9.2557-19.658-28.8351
20.591-0.2123-0.92371.20920.57421.46230.0564-0.1424-0.0005-0.09820.0904-0.4759-0.02080.40640.01240.3243-0.0203-0.0890.39290.08410.4874-10.14963.1189-1.7459
30.39390.2256-0.02970.12460.00110.1236-0.11920.2496-0.2878-0.39010.1843-0.1736-0.27330.2686-00.37380.086-0.02580.368-0.01330.3813-16.7503-16.8529-6.3442
41.33690.24631.03440.11810.17680.8054-0.13970.64380.7695-0.4303-0.5810.6945-0.5339-0.2035-0.06660.49030.00760.04810.3795-0.02130.9419-28.91883.8053-7.4817
50.1920.11650.05560.12660.31311.1642-0.29360.0015-0.1863-0.61160.10330.21990.217-0.2297-0.00130.42210.0321-0.01110.3888-0.03130.5242-23.9469-14.5335-10.5048
60.11590.48890.18342.08990.76420.28260.3970.6545-0.00310.473-0.81040.28040.9214-0.1915-0.03570.27630.0457-0.06740.590.01220.4721-37.708-14.277-4.3435
70.12790.1201-0.24520.4264-0.05680.5401-0.317-0.76350.3324-0.38150.22930.0159-0.16850.164200.49320.0138-0.02070.68940.04210.3905-19.5915-15.5772-17.2191
80.40480.6208-0.31431.0169-0.54510.30520.1227-0.343-0.6269-0.2029-0.40930.8045-0.4496-0.3196-00.49550.1022-0.05240.5385-0.02750.66-29.1403-7.1024-9.3737
90.42310.1637-0.31980.3315-0.36430.43770.3644-0.1237-0.9466-0.3917-0.65230.16810.25570.1146-0.00520.32960.064-0.04130.3204-0.03740.6425-25.6455-20.6147-4.0449
103.2853-0.38621.71450.89210.05520.97760.3448-0.6594-0.14080.2646-0.13670.10780.062-0.46640.38820.4286-0.06090.07510.3341-0.1860.2733-26.2194-7.79780.6006
110.0849-0.0597-0.00490.0507-0.00110.00210.6649-0.31910.58440.40480.2241-0.4486-0.20580.261201.53250.25290.20561.61430.00550.7652-8.3573-23.0537-35.8498
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 1:179 )A1 - 179
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 180:274 )A180 - 274
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND (RESSEQ 2:12 )B2 - 12
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESSEQ 13:20 )B13 - 20
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESSEQ 21:42 )B21 - 42
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESSEQ 43:47 )B43 - 47
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 48:62 )B48 - 62
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 63:78 )B63 - 78
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 79:91 )B79 - 91
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESSEQ 92:100 )B92 - 100
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN C AND (RESSEQ 1:9 )C1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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