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- PDB-4i30: Crystal structure of Canavalia maritima seeds lectin (ConM) co-cr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i30
タイトルCrystal structure of Canavalia maritima seeds lectin (ConM) co-crystalized with gamma-aminobutyric acid (GABA) and soaked with adenine
要素Concanavalin-A
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Beta-sandwich / jelly-roll / Sugar-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


D-mannose binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / アデニン / : / Concanavalin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia lineata (ハマナタマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Delatorre, P. / Silva-Filho, J.C. / Nobrega, R.B. / Gadelha, C.A.A. / Cavada, B.S. / Rocha, B.A.M. / Santi-Gadelha, T. / Teixeira, C.S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Canavalia maritima seeds lectin (ConM) co-crystalized with gamma-aminobutyric acid (GABA) and soaked with adenine
著者: Delatorre, P. / Silva-Filho, J.C. / Nobrega, R.B. / Gadelha, C.A.A. / Cavada, B.S. / Rocha, B.A.M. / Santi-Gadelha, T. / Teixeira, C.S.
履歴
登録2012年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年12月12日ID: 3S0S
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Concanavalin-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8275
ポリマ－25,4941
非ポリマー3334
水1,56787
1
A: Concanavalin-A
ヘテロ分子

A: Concanavalin-A
ヘテロ分子

A: Concanavalin-A
ヘテロ分子

A: Concanavalin-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,31020
ポリマ－101,9774
非ポリマー1,33316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area9110 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area31880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.990, 70.410, 97.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Concanavalin-A / Con A


分子量: 25494.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia lineata (ハマナタマメ) / 参照: UniProt: P81460

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非ポリマー , 5種, 91分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-ABU / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID / GABA / Γ-アミノ酪酸


分子量: 103.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2 / コメント: 神経伝達物質, 阻害剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細AUTHORS INDICATE THAT THE RESIDUE AT THIS POSITION SHOULD BE AS INDICATED IN SEQRES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2.0 M Ammonium sulphate, pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.427 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月5日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.427 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→57 Å / Num. all: 17782 / Num. obs: 16822 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 1.89→1.99 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.366 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.89→57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 8.887 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26413 960 5.1 %RANDOM
Rwork0.22227 ---
all0.2259 17782 --
obs0.22438 16822 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.924 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20 Å20 Å2
2---6.89 Å20 Å2
3---6.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1761 0 19 87 1867
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0221811
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5771.9512465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.9715229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.31724.7374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.55515279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.112156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1740.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211371
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0861.51148
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.07521856
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5193663
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1134.5609
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.7431811
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free14.294389
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.91631772
LS精密化 シェル解像度: 1.889→1.938 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 67 -
Rwork0.286 1269 -
obs--98.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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