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- PDB-4i1u: Apo crystal structure of a dephospho-CoA kinase from Burkholderia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i1u
タイトルApo crystal structure of a dephospho-CoA kinase from Burkholderia vietnamiensis
要素Dephospho-CoA kinase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / National Institute for Allergy and Infectious Disease / coenzyme A / biosynthesis / kinase / ATP-dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


dephospho-CoA kinase / dephospho-CoA kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dephospho-CoA kinase / Dephospho-CoA kinase / Dephospho-CoA kinase (DPCK) domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dephospho-CoA kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia vietnamiensis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Apo crystal structure of a dephospho-CoA kinase from Burkholderia vietnamiensis
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2012年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dephospho-CoA kinase
B: Dephospho-CoA kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,95414
ポリマ－45,8962
非ポリマー1,05812
水5,332296
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area18470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.420, 116.420, 89.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-535-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Dephospho-CoA kinase / Dephospho-CoA kinase / Dephosphocoenzyme A kinase


分子量: 22948.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia vietnamiensis (バクテリア)
株: G4 / 遺伝子: Bcep1808_0550, coaE / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4JBA9, dephospho-CoA kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.93 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: BuviA.00139.a.B1 PS01581 at 26.1 mg/mL against MCSG 1 screen condition G5, 2 M ammonium sulfate, 0.1 M BisTris pH 6.5, with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID ...詳細: BuviA.00139.a.B1 PS01581 at 26.1 mg/mL against MCSG 1 screen condition G5, 2 M ammonium sulfate, 0.1 M BisTris pH 6.5, with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 236782g5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月28日 / 詳細: VariMax
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 44492 / Num. obs: 44198 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 34.916 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 21.94
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.05-2.10.4174.5719594319997.6
2.1-2.160.3646.2224623315399.6
2.16-2.220.3368.1831978305099.7
2.22-2.290.3089.0532284299899.3
2.29-2.370.25110.6431373288799.3
2.37-2.450.22711.2430342277698.8
2.45-2.540.18612.9929549270499.2
2.54-2.650.15914.4228761262499.4
2.65-2.760.14414.8927382248499.5
2.76-2.90.11717.3826707241899.7
2.9-3.060.09721.1425239227999.4
3.06-3.240.08125.5824075217599.9
3.24-3.470.05936.4422568204499.8
3.47-3.740.0543.5921040191099.9
3.74-4.10.04447.7919317175599.3
4.1-4.580.03855.5517428159299.5
4.58-5.290.03655.7715551142599.5
5.29-6.480.03950.08133211220100
6.48-9.170.02960.110223955100
9.170.02568.23541955098.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å43.98 Å
Translation3 Å43.98 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
StructureStudioデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VHL

1vhl


解像度: 2.05→44.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.2066 / WRfactor Rwork: 0.1812 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8368 / SU B: 6.662 / SU ML: 0.096 / SU R Cruickshank DPI: 0.1478 / SU Rfree: 0.1405 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2338 2234 5.1 %RANDOM
Rwork0.2012 ---
obs0.2028 44196 99.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 109.51 Å2 / Biso mean: 33.514 Å2 / Biso min: 16.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20.22 Å2-0 Å2
2--0.22 Å2-0 Å2
3----0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→44.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3052 0 55 296 3403
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0193219
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023115
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.461.9674396
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8137082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7615425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.28721.793145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.20615499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7251543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2521
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213693
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02760
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 156 -
Rwork0.227 3033 -
all-3189 -
obs--97.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2530.333-0.26550.9967-0.07980.61310.0165-0.00710.00280.0366-0.0769-0.09810.0190.00380.06050.0252-0.01750.00250.05090.03130.085669.313328.6358-12.1601
21.16170.5920.03110.5066-0.01830.0067-0.0052-0.10790.065-0.05920.01070.09870.0129-0.0166-0.00550.0999-0.08570.00760.0861-0.00680.032479.470846.358811.8726
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 202
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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