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万見
- PDB-4i07: Structure of mature form of cathepsin B1 from Schistosoma mansoni -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i07
タイトルStructure of mature form of cathepsin B1 from Schistosoma mansoni
要素Cathepsin B-like peptidase (C01 family)
キーワードHYDROLASE / peptidase / digestive tract
機能・相同性
機能・相同性情報


proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Peptidase C1A, propeptide / Peptidase family C1 propeptide / : / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease ...Peptidase C1A, propeptide / Peptidase family C1 propeptide / : / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Cathepsin B1 isotype 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Rezacova, P. / Jilkova, A. / Brynda, J. / Horn, M. / Mares, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Activation route of the Schistosoma mansoni cathepsin B1 drug target: structural map with a glycosaminoglycan switch
著者: Jilkova, A. / Horn, M. / Rezacova, P. / Maresova, L. / Fajtova, P. / Brynda, J. / Vondrasek, J. / McKerrow, J.H. / Caffrey, C.R. / Mares, M.
履歴
登録2012年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Other
改定 1.22016年5月25日Group: Database references
改定 1.32019年12月25日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: reflns_shell / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin B-like peptidase (C01 family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6343
ポリマ－28,5391
非ポリマー942
水7,692427
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.143, 79.173, 90.483
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cathepsin B-like peptidase (C01 family) / Cathepsin B1 isotype 1


分子量: 28539.256 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 87-340 / 変異: T168A, T283A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: zeocin resistance
由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
遺伝子: cb1.1, Smp_103610 / プラスミド: pPICZalpha / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: Q8MNY2, cathepsin B
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Reservoir: 0.2M Ammonium Acetate, 0.1M Sodium Citrate, 30% PEG 4000. Protein buffer and concentration: 5mM Sodium Acetate, pH 5.5, Cpr=2.5mg/ml. Ratio Protein: Reservoir=1:1. Cryocooled in ...詳細: Reservoir: 0.2M Ammonium Acetate, 0.1M Sodium Citrate, 30% PEG 4000. Protein buffer and concentration: 5mM Sodium Acetate, pH 5.5, Cpr=2.5mg/ml. Ratio Protein: Reservoir=1:1. Cryocooled in mother liquor, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si111 double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. all: 66361 / Num. obs: 59658 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 13.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 33.7
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 49.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.3.0037精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QSD

3qsd


解像度: 1.3→19.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.487 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17667 2711 5.1 %RANDOM
Rwork0.1374 ---
all0.13936 56496 --
obs0.13936 50812 89.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.512 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å20 Å20 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1993 0 5 427 2425
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222178
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4371.9422972
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7995289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.27924.02102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.92415387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9421513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021695
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.21153
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.21501
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1910.2317
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4731.51347
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.09622126
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7183974
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8574.5827
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.53732321
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.2473428
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.44932100
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 116 -
Rwork0.171 2086 -
obs--50.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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