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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hzs | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Ack1 kinase domain with C-terminal SH3 domain | ||||||
![]() | Activated CDC42 kinase 1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / inactive state / allostery / dimerization / oligomerization / negative regulation / activation / phosphotransfer | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of clathrin-dependent endocytosis / regulation of keratinocyte differentiation / Grb2-EGFR complex / GTPase inhibitor activity / cytoophidium / WW domain binding / clathrin-coated vesicle / epidermal growth factor receptor binding / small GTPase-mediated signal transduction / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway ...regulation of clathrin-dependent endocytosis / regulation of keratinocyte differentiation / Grb2-EGFR complex / GTPase inhibitor activity / cytoophidium / WW domain binding / clathrin-coated vesicle / epidermal growth factor receptor binding / small GTPase-mediated signal transduction / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / clathrin-coated pit / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / adherens junction / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome / phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gajiwala, K.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Ack1: activation and regulation by allostery. 著者: Gajiwala, K.S. / Maegley, K. / Ferre, R. / He, Y.A. / Yu, X. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 253.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 207.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 428 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 464.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38861.527 Da / 分子数: 4 断片: protein kinase and SH3 domains (UNP residues 115-453) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q07912, non-specific protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.16 % |
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結晶化 | 温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.6, 22-24% PEG3350, 10-20 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 98 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年3月8日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.23→73.04 Å / Num. all: 34878 / Num. obs: 34878 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.23→3.4 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4895 / % possible all: 96.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 17.8734 Å2 / ksol: 0.305827 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.23→73.04 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Weight Biso : 2 / Weight position: 300 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.23→3.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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