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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hzn | ||||||
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タイトル | The Structure of the Bifunctional Acetyltransferase/Decarboxylase LnmK from the Leinamycin Biosynthetic Pathway Revealing Novel Activity for a Double Hot Dog Fold | ||||||
要素 | Bifunctional Methylmalonyl-CoA:ACP Acyltransferase/Decarboxylase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro / PSI-Biology / Double Hot Dog Fold / Bifunctional methylmalonyl-CoA:ACP Acyltransferase/Decarboxylase / Acyl Carrier Protein (LnmK) methylmalonyl-CoA | ||||||
機能・相同性 | S-acyltransferase activity / LnmK, N-terminal / LnmK N-terminal Hot Dog Fold domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta / Conserved hypthetical protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces atroolivaceus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Lohman, J.R. / Bingman, C.A. / Phillips Jr., G.N. / Shen, B. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro) | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013 タイトル: Structure of the Bifunctional Acyltransferase/Decarboxylase LnmK from the Leinamycin Biosynthetic Pathway Revealing Novel Activity for a Double-Hot-Dog Fold. 著者: Lohman, J.R. / Bingman, C.A. / Phillips, G.N. / Shen, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hzn.cif.gz | 71.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hzn.ent.gz | 56.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hzn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4hzn_validation.pdf.gz | 461.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4hzn_full_validation.pdf.gz | 462.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4hzn_validation.xml.gz | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4hzn_validation.cif.gz | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/4hzn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/4hzn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37378.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces atroolivaceus (バクテリア) 遺伝子: LnmK / プラスミド: pCDF-2 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8GGP1 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-TRS / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.45 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75 詳細: Protein solution: 45 mg/mL protein in 10 mM NaCl and 10 mM Tris-HCl, 2.5 mM methylmalonyl-CoA, pH 8.0. Precipitant solution: 12 - 18% glycerol, 1.3 - 1.6 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.0 - ...詳細: Protein solution: 45 mg/mL protein in 10 mM NaCl and 10 mM Tris-HCl, 2.5 mM methylmalonyl-CoA, pH 8.0. Precipitant solution: 12 - 18% glycerol, 1.3 - 1.6 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.0 - 8.5 (1:1, protein:well), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97941, 1.127 | |||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月8日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.25→28.06 Å / Num. all: 17112 / Num. obs: 16907 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 17.3 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 28.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.25→28.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 5.519 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.1 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→28.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
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