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- PDB-4hzb: Crystal structure of the type VI SeMet effector-immunity complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hzb
タイトルCrystal structure of the type VI SeMet effector-immunity complex Tae3-Tai3 from Ralstonia pickettii
要素
  • Putative cytoplasmic protein細胞質
  • Putative periplasmic proteinペリプラズム
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / protein-protein complex / alpha+beta / endopeptidase (エンドペプチダーゼ) / periplasmic space (ペリプラズム)
機能・相同性
機能・相同性情報


Domain of unknown function DUF3828 / Protein of unknown function (DUF3828) / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative cytoplasmic protein / Putative periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia pickettii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Dong, C. / Zhang, H. / Gao, Z.Q. / Dong, Y.H.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Structural insights into the inhibition of type VI effector Tae3 by its immunity protein Tai3
著者: Dong, C. / Zhang, H. / Gao, Z.Q. / Wang, W.J. / She, Z. / Liu, G.F. / Shen, Y.Q. / Su, X.D. / Dong, Y.H.
履歴
登録2012年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative cytoplasmic protein
B: Putative periplasmic protein
C: Putative periplasmic protein
D: Putative cytoplasmic protein
E: Putative periplasmic protein
F: Putative periplasmic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,7306
ポリマ－95,7306
非ポリマー00
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12770 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area28700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.199, 126.943, 143.814
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Putative cytoplasmic protein / 細胞質 / toxin protein


分子量: 13241.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia pickettii (バクテリア)
株: 12D / 遺伝子: Rpic12D_3261 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6BHF2
#2: タンパク質
Putative periplasmic protein / ペリプラズム / antitoxin protein


分子量: 17311.689 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia pickettii (バクテリア)
株: 12D / 遺伝子: Rpic12D_3260 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6BHF3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.01M ferric chloride hexahydrate, 0.1M tri-sodium citrate dihydrate pH5.6, 10% v/v jeffamine M-600 , pH 5.6 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月20日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 32353 / Num. obs: 32299 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 27.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.493 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1529 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→35.054 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8081 / SU ML: 0.38 / σ(F): 5.59 / 位相誤差: 25.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2706 1999 6.19 %random
Rwork0.2159 ---
all0.2194 32353 --
obs0.2159 32299 99.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 17.065 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 97.77 Å2 / Biso mean: 28.4819 Å2 / Biso min: 6.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4179 Å20 Å20 Å2
2--0.4622 Å20 Å2
3----0.0443 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→35.054 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5655 0 0 161 5816
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095831
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1777955
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.882065
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08833
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061030
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5997-2.66470.31781340.2579202192
2.6647-2.73670.3281370.26172097100
2.7367-2.81720.31361430.25022160100
2.8172-2.90810.30281400.23612111100
2.9081-3.0120.32531410.24432145100
3.012-3.13250.32461420.24882162100
3.1325-3.2750.30561430.23932158100
3.275-3.44750.29311420.2312147100
3.4475-3.66330.27051430.21772162100
3.6633-3.94580.24971430.20292176100
3.9458-4.34220.25681450.18842200100
4.3422-4.9690.20621450.17022190100
4.969-6.25470.23211470.19482241100
6.2547-35.05680.23571540.2025233099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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