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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hzb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the type VI SeMet effector-immunity complex Tae3-Tai3 from Ralstonia pickettii | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / protein-protein complex / alpha+beta / endopeptidase / periplasmic space | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Domain of unknown function DUF3828 / Protein of unknown function (DUF3828) / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Ralstonia pickettii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Dong, C. / Zhang, H. / Gao, Z.Q. / Dong, Y.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013 タイトル: Structural insights into the inhibition of type VI effector Tae3 by its immunity protein Tai3 著者: Dong, C. / Zhang, H. / Gao, Z.Q. / Wang, W.J. / She, Z. / Liu, G.F. / Shen, Y.Q. / Su, X.D. / Dong, Y.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hzb.cif.gz | 148.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hzb.ent.gz | 124.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hzb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4hzb_validation.pdf.gz | 475 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4hzb_full_validation.pdf.gz | 481.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4hzb_validation.xml.gz | 27.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4hzb_validation.cif.gz | 38.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/4hzb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/4hzb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13241.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ralstonia pickettii (バクテリア) 株: 12D / 遺伝子: Rpic12D_3261 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6BHF2 #2: タンパク質 | 分子量: 17311.689 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ralstonia pickettii (バクテリア) 株: 12D / 遺伝子: Rpic12D_3260 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6BHF3 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.5 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.01M ferric chloride hexahydrate, 0.1M tri-sodium citrate dihydrate pH5.6, 10% v/v jeffamine M-600 , pH 5.6 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277 K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月20日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 32353 / Num. obs: 32299 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 27.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 24.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.493 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1529 / % possible all: 96 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→35.054 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8081 / SU ML: 0.38 / σ(F): 5.59 / 位相誤差: 25.86 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 17.065 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 97.77 Å2 / Biso mean: 28.4819 Å2 / Biso min: 6.46 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→35.054 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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