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- PDB-4hz3: MthK pore crystallized in presence of TBSb -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hz3
タイトルMthK pore crystallized in presence of TBSb
要素Calcium-gated potassium channel mthK
キーワードMETAL TRANSPORT / transmembrane ion channel family / potassium channel
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, N-terminal / RCK N-terminal domain profile. / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain ...: / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, N-terminal / RCK N-terminal domain profile. / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / NAD(P)-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / : / Calcium-gated potassium channel MthK
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Posson, D.J. / McCoy, J.G. / Nimigean, C.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: The voltage-dependent gate in MthK potassium channels is located at the selectivity filter.
著者: Posson, D.J. / McCoy, J.G. / Nimigean, C.M.
履歴
登録2012年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Calcium-gated potassium channel mthK
C: Calcium-gated potassium channel mthK
A: Calcium-gated potassium channel mthK
B: Calcium-gated potassium channel mthK
E: Calcium-gated potassium channel mthK
F: Calcium-gated potassium channel mthK
G: Calcium-gated potassium channel mthK
H: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,90036
ポリマ－81,2248
非ポリマー2,67628
水3,891216
1
D: Calcium-gated potassium channel mthK
C: Calcium-gated potassium channel mthK
A: Calcium-gated potassium channel mthK
B: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,18620
ポリマ－40,6124
非ポリマー1,57416
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7100 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area16650 Å2
手法PISA
2
E: Calcium-gated potassium channel mthK
F: Calcium-gated potassium channel mthK
G: Calcium-gated potassium channel mthK
H: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,71416
ポリマ－40,6124
非ポリマー1,10212
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7030 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area16770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.965, 63.396, 63.311
Angle α, β, γ (deg.)89.990, 89.950, 90.000
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Calcium-gated potassium channel mthK


分子量: 10152.961 Da / 分子数: 8 / 断片: unp residues 11-101 / 変異: S68H, V77C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
株: Delta H / 遺伝子: mthK, MTH_1520 / プラスミド: pqe82 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O27564
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 3.5 4.0M 1,6-hexanediol, 100mM MES, 10mM TBSb , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月14日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.3 % / Av σ(I) over netI: 18.39 / 数: 238805 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 0.88 / D res high: 1.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 73276 / % possible obs: 96.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.66509910.0280.7983.3
2.913.6698.410.0360.8323.4
2.542.9197.810.0470.8363.3
2.312.549710.0640.853.3
2.142.3196.810.090.8693.2
2.022.1496.210.1360.963.3
1.912.0295.710.1840.9533.2
1.831.9195.410.3030.9453.2
1.761.8394.710.4690.8673.2
1.71.7693.210.6770.8893.1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 73276 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 0.879 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.7-1.763.10.67771440.889193.2
1.76-1.833.20.46971400.867194.7
1.83-1.913.20.30372380.945195.4
1.91-2.023.20.18472990.953195.7
2.02-2.143.30.13672730.96196.2
2.14-2.313.20.0973450.869196.8
2.31-2.543.30.06474050.85197
2.54-2.913.30.04774260.836197.8
2.91-3.663.40.03674920.832198.4
3.66-503.30.02875140.798199

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å43.96 Å
Translation2.5 Å43.96 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.3_928精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.4.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LDC

3ldc


解像度: 1.7→36.128 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.22 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 16.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1916 3661 5 %
Rwork0.1726 --
obs0.1736 73246 95.84 %
溶媒の処理減衰半径: 1.24 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 81.234 Å2 / ksol: 0.442 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 95.19 Å2 / Biso mean: 30.982 Å2 / Biso min: 13.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.0256 Å20.2579 Å20.6536 Å2
2--2.2494 Å20.2386 Å2
3---1.7763 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→36.128 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5120 0 168 216 5504
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.009
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.8158-1.4529-4.96335.81871.3416.4727-0.16890.2886-0.012-0.2030.26110.45910.055-0.5717-0.08950.1843-0.0273-0.01630.22540.08140.2253-3.2332-18.489639.1781
22.45380.6107-0.32863.0516-1.75742.2056-0.0837-0.2441-0.44230.015-0.0446-0.17240.19830.15460.1380.15440.01690.02390.15560.02080.201913.6853-13.875936.5273
39.1314-0.8193-2.86453.04860.33163.2062-0.18730.298-0.4871-0.13950.11440.10160.299-0.13420.07580.2023-0.03360.02060.1237-0.01190.20836.8681-14.612128.9366
45.8715-3.85821.01873.66022.20137.74230.298-0.7511-0.65150.41240.31162.1122-0.2152-1.76940.51730.39330.08980.38170.4909-0.00810.8709-8.3924-6.476344.3497
56.88460.96535.03795.66090.92336.5572-0.179-0.25440.05410.20890.2550.47620.0166-0.4531-0.09460.19160.01630.0150.21460.07690.2194-3.254215.867424.054
62.7161-0.74140.25473.8295-1.57051.9522-0.06660.18370.4801-0.0376-0.0817-0.173-0.20450.16830.14790.1605-0.0233-0.03180.16490.02210.206713.957811.243427.0156
78.94470.74563.21382.80870.5593.6653-0.262-0.33840.47880.05640.13190.0934-0.4164-0.2180.16770.20180.0327-0.02050.1242-0.00770.20085.997912.078734.2392
85.33484.0135-1.20684.73661.92365.0370.42040.89850.3739-0.61580.26462.0710.4842-1.87960.13280.4435-0.0575-0.32570.54630.00810.7773-8.40743.867818.8879
98.315-5.85160.82916.6178-1.06095.3608-0.1708-0.0157-0.24-0.0126-0.07870.4560.1854-0.38640.20050.2144-0.01760.02180.247-0.07990.2316-3.22926.262348.7859
102.9296-0.17-0.52431.86231.41622.5638-0.0864-0.47830.10380.17990.1676-0.19260.00950.1749-0.07020.15150.0296-0.02320.2099-0.01990.147414.19932.700144.3632
112.7168-3.3020.81244.6832-0.59912.8531-0.1559-0.3662-0.22990.35650.01950.32410.0833-0.23530.10060.2080.02120.03920.23960.01290.1734.8667-3.447844.677
124.8427-0.92733.87119.6499-3.04643.6693-0.0941-0.54670.7029-0.2315-0.24691.862-0.7916-2.299-0.16080.44650.3327-0.08170.75280.01670.4934-8.407511.391236.7918
136.86824.8926-1.30976.5088-1.27035.9339-0.192-0.07120.28830.0058-0.0790.5627-0.2557-0.44630.20170.19520.019-0.01810.2545-0.08710.2396-3.2696-8.88414.4504
143.00280.09570.37541.72161.21182.6774-0.08050.4871-0.0883-0.22430.1409-0.1639-0.00390.1553-0.06310.1504-0.03340.01810.1951-0.01950.139314.1768-5.308618.8658
158.4373.2717-1.07053.7669-0.42832.5815-0.15370.37890.2193-0.30150.01280.2386-0.1027-0.1760.110.1831-0.0174-0.04460.2167-0.00410.1224.84480.835518.5551
163.750.0253-2.75624.2063-0.70842.1571-0.01990.7644-0.71290.068-0.43771.9210.9029-2.134-0.15920.4535-0.34090.07280.7671-0.03850.516-8.4072-14.042526.4137
177.088-4.8793-1.78936.74671.34756.2639-0.14870.00230.0843-0.026-0.0978-0.4723-0.25220.46160.18120.183-0.0245-0.01520.22650.08380.21086.5121-40.576680.4225
182.6979-0.16370.90272.0432-1.69923.8321-0.0969-0.4297-0.20340.1920.12420.1209-0.0044-0.1614-0.04140.15370.02810.02030.19920.0210.1549-10.7124-37.602375.827
192.6546-3.1601-0.62475.00880.98182.8859-0.2095-0.31450.08880.40510.044-0.1892-0.07270.15840.13750.20630.0199-0.03590.2304-0.00610.1649-2.7429-30.369676.6369
206.5768-1.1093-3.42365.0553.21623.2343-0.1928-0.4602-0.9668-0.2454-0.2155-1.67860.91142.2343-0.18670.52820.3330.12240.75250.02710.489111.6608-45.699368.4576
217.08925.07371.46836.5571.19625.9104-0.17720.0407-0.1306-0.033-0.0976-0.48570.21280.45580.22040.1850.01630.0220.22110.08060.23136.4766-25.429946.1136
222.31440.2165-0.45861.7237-1.87453.9962-0.04370.41310.1815-0.19520.15510.16360.0308-0.1718-0.11240.1705-0.0294-0.02290.20180.02630.1514-10.3601-27.865150.6955
239.24472.83521.21963.82780.58593.1484-0.14490.4008-0.3239-0.32610.0573-0.17480.0990.0380.08250.1888-0.02710.03750.1835-0.00750.1027-4.0137-35.706450.0252
244.35921.55353.6984.8733.9374.7696-0.1677-0.23840.96030.0927-0.3865-1.4953-0.6291.67690.04670.4912-0.305-0.0620.6478-0.02880.556911.6395-20.296658.0838
256.93471.654-4.61516.4393-1.32936.6706-0.15590.0384-0.13290.2290.2708-0.49280.06790.4781-0.12660.16660.0166-0.0130.2153-0.08070.21096.4785-50.182655.7038
262.9107-0.59990.03622.64291.31321.6879-0.09280.1055-0.469-0.0388-0.04450.18260.203-0.16760.15510.1454-0.0230.02960.1447-0.01870.1895-10.9549-45.761559.2871
278.59641.2821-3.52883.2057-0.7134.3123-0.1391-0.251-0.31240.08970.1315-0.11990.34770.30430.07230.1890.04210.01390.12450.00330.2062-1.6175-46.07465.427
286.09355.1709-2.59365.2322-4.55627.81080.40890.473-0.2897-0.48030.3657-1.7466-0.71831.3298-0.00180.4576-0.08910.34030.5066-0.03970.690911.6322-38.202650.5742
297.0643-1.44295.11726.2693-1.34356.9966-0.09280.02660.085-0.25730.2202-0.4776-0.03670.4689-0.12510.1901-0.0220.01890.211-0.07730.21046.4973-15.828270.8295
302.5290.45250.17263.96591.86962.0688-0.0488-0.15320.4641-0.0072-0.08050.1548-0.2008-0.19020.12470.15490.0195-0.02510.1543-0.02010.1942-10.7161-20.44467.8705
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 18:33)A18 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 34:67)A34 - 67
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8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 91:99)B91 - 99
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10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 34:70)C34 - 70
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12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 91:99)C91 - 99
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17X-RAY DIFFRACTION17(chain E and resid 18:33)E18 - 33
18X-RAY DIFFRACTION18(chain E and resid 34:68)E34 - 68
19X-RAY DIFFRACTION19(chain E and resid 69:90)E69 - 90
20X-RAY DIFFRACTION20(chain E and resid 91:99)E91 - 99
21X-RAY DIFFRACTION21(chain F and resid 18:33)F18 - 33
22X-RAY DIFFRACTION22(chain F and resid 34:66)F34 - 66
23X-RAY DIFFRACTION23(chain F and resid 67:90)F67 - 90
24X-RAY DIFFRACTION24(chain F and resid 91:99)F91 - 99
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26X-RAY DIFFRACTION26(chain G and resid 34:70)G34 - 70
27X-RAY DIFFRACTION27(chain G and resid 71:90)G71 - 90
28X-RAY DIFFRACTION28(chain G and resid 91:99)G91 - 99
29X-RAY DIFFRACTION29(chain H and resid 18:33)H18 - 33
30X-RAY DIFFRACTION30(chain H and resid 34:68)H34 - 68
31X-RAY DIFFRACTION31(chain H and resid 69:90)H69 - 90
32X-RAY DIFFRACTION32(chain H and resid 91:99)H91 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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