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- PDB-4hyr: Structure of putative Glucarate dehydratase from Acidaminococcus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hyr
タイトルStructure of putative Glucarate dehydratase from Acidaminococcus sp. D21 with unusual static disorder
要素Glucarate dehydratase
キーワードLYASE / Glucarate dehydratase / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / Protein Structure Initiative / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


D-Glucarate dehydratase-like / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily ...D-Glucarate dehydratase-like / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative glucarate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Acidaminococcus sp. D21 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Hegde, R.P. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / Ramagopal, U.A. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of putative Glucarate dehydratase from Acidaminococcus sp. D21 with unusual static disorder
著者: Hegde, R.P. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / Ramagopal, U.A. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
履歴
登録2012年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Other
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucarate dehydratase
B: Glucarate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,04410
ポリマ－102,5682
非ポリマー4778
水9,512528
1
A: Glucarate dehydratase
B: Glucarate dehydratase
ヘテロ分子

A: Glucarate dehydratase
B: Glucarate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,08920
ポリマ－205,1354
非ポリマー95416
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area31620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.916, 88.916, 236.218
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-776-

HOH

21B-715-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Glucarate dehydratase


分子量: 51283.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidaminococcus sp. D21 (バクテリア)
遺伝子: ACDG_00756 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C0WBB5
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG 3350, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→50 Å / Num. all: 82827 / Num. obs: 82827 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 23.8 % / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rsym value: 0.079 / Χ2: 1.378 / Net I/σ(I): 37.238
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym valueΧ2% possible all
1.84-1.8722.40.973.87537000.8951.21990.2
1.87-1.9124.40.81340831.218100
1.91-1.9424.50.71541111.237100
1.94-1.9824.50.59140681.242100
1.98-2.0324.50.49240981.272100
2.03-2.0724.40.40841231.253100
2.07-2.1224.50.33640761.274100
2.12-2.1824.40.28541131.326100
2.18-2.2524.40.24841081.336100
2.25-2.3224.40.22141181.384100
2.32-2.424.40.1941401.334100
2.4-2.524.30.1741121.377100
2.5-2.6124.30.14241551.409100
2.61-2.7524.20.12441481.4100
2.75-2.9224.10.10841711.463100
2.92-3.1523.80.09241981.413100
3.15-3.4623.30.08241911.342100
3.46-3.9622.60.0742411.377100
3.96-4.9921.70.05843021.649100
4.99-5020.40.05945712.08799.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
ARP/wARPモデル構築
HKL2Map位相決定
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.84→43.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.1964 / WRfactor Rwork: 0.1583 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8879 / SU B: 4.97 / SU ML: 0.077 / SU R Cruickshank DPI: 0.1276 / SU Rfree: 0.1201 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1997 4129 5 %RANDOM
Rwork0.1629 ---
obs0.1647 82357 99.47 %-
all-82357 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.73 Å2 / Biso mean: 26.0755 Å2 / Biso min: 13.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→43.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6824 0 27 528 7379
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0197695
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.027263
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4331.97110462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.695316773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8775996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3623.923362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.359151216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4551555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21125
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0218873
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021768
LS精密化 シェル解像度: 1.842→1.89 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 275 -
Rwork0.226 5625 -
all-5900 -
obs--98.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4105-0.10530.3890.4391-0.39040.75680.06970.0312-0.005-0.0562-0.020.06820.1340.0384-0.04970.18570.0089-0.03110.1923-0.02040.1214-0.159337.878857.535
20.40970.0310.18130.1973-0.06730.2225-0.0727-0.030.1259-0.01270.01380.00350.0054-0.04520.0590.15260.0141-0.03250.1739-0.01350.1781-1.760356.959655.8437
30.9428-0.08870.05680.3765-0.21190.2301-0.0755-0.14290.03820.1887-0.0007-0.0406-0.1307-0.10.07620.21270.0058-0.04920.2221-0.04060.076617.490846.257192.9418
40.1790.0999-0.00590.3884-0.14280.16710.0198-0.0306-0.00450.0363-0.073-0.15440.0107-0.02280.05320.16370.0057-0.03940.18120.02380.188133.495442.25480.5846
50.34960.13191.42350.9736-1.970712.60620.082-0.1943-0.25370.6779-0.2136-0.5293-1.359-0.44450.13150.4721-0.1414-0.370.12570.2010.387644.636455.077693.201
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 103
2X-RAY DIFFRACTION2A104 - 442
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 89
4X-RAY DIFFRACTION4B101 - 412
5X-RAY DIFFRACTION5B413 - 442

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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