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万見
- PDB-4hym: Pyrrolopyrimidine inhibitors of dna gyrase b and topoisomerase iv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hym
タイトルPyrrolopyrimidine inhibitors of dna gyrase b and topoisomerase iv, part i: structure guided discovery and optimization of dual targeting agents with potent, broad-spectrum enzymatic activity.
要素Topoisomerase IV, subunit B
キーワードIsomerase/Isomerase inhibitor / ATP-binding / Nucleotide-binding / Topoisomerase / ATP-binding domain / Isomerase-Isomerase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase IV, subunit B, Gram-negative / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal ...DNA topoisomerase IV, subunit B, Gram-negative / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CJC / DNA topoisomerase 4 subunit B / :
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. holarctica LVS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bensen, D.C. / Creighton, C.J. / Kwan, B. / Tari, L.W.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Pyrrolopyrimidine inhibitors of DNA gyrase B (GyrB) and topoisomerase IV (ParE). Part I: Structure guided discovery and optimization of dual targeting agents with potent, broad-spectrum enzymatic activity.
著者: Tari, L.W. / Trzoss, M. / Bensen, D.C. / Li, X. / Chen, Z. / Lam, T. / Zhang, J. / Creighton, C.J. / Cunningham, M.L. / Kwan, B. / Stidham, M. / Shaw, K.J. / Lightstone, F.C. / Wong, S.E. / ...著者: Tari, L.W. / Trzoss, M. / Bensen, D.C. / Li, X. / Chen, Z. / Lam, T. / Zhang, J. / Creighton, C.J. / Cunningham, M.L. / Kwan, B. / Stidham, M. / Shaw, K.J. / Lightstone, F.C. / Wong, S.E. / Nguyen, T.B. / Nix, J. / Finn, J.
履歴
登録2012年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月27日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Topoisomerase IV, subunit B
B: Topoisomerase IV, subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,3443
ポリマ－87,9022
非ポリマー4431
水11,422634
1
A: Topoisomerase IV, subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3942
ポリマ－43,9511
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Topoisomerase IV, subunit B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9511
ポリマ－43,9511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.164, 130.282, 80.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Topoisomerase IV, subunit B


分子量: 43950.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. holarctica LVS (バクテリア)
株: LVS / 遺伝子: FTL_1726 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q2A1P5, UniProt: A0A0J9WZF0*PLUS, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物 ChemComp-CJC / 7-({4-[(3R)-3-aminopyrrolidin-1-yl]-5-chloro-6-ethyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-2-yl}sulfanyl)pyrido[2,3-b]pyrazin-2(1H)-one


分子量: 442.925 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19ClN8OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 634 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE RESIDUE AT THIS POSITION INDICATES A NATURAL VARIANT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.71 %
結晶化温度: 277 K / pH: 5.4
詳細: 10% PEG 4000, 10% isopropanol, 100 mM citrate , pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→43.43 Å / Num. obs: 70176 / % possible obs: 99.4 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
d*TREKデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→43.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 3.636 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 3543 5.1 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.24 66593 99.4 %-
all-70136 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.97 Å20 Å20.26 Å2
2--1.15 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4637 0 30 634 5301
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.024774
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5521.9726451
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6895586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.6826210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.32315892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.6361511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2731
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 250 -
Rwork0.304 4830 -
obs--98.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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