[日本語] English
万見
- PDB-4hyg: Structure of a presenilin family intramembrane aspartate protease... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hyg
タイトルStructure of a presenilin family intramembrane aspartate protease in C222 space group
要素Putative uncharacterized protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / protease
機能・相同性Signal-peptide peptidase, presenilin aspartyl protease / Signal-peptide peptidase, presenilin aspartyl protease / Presenilin/signal peptide peptidase / Presenilin, signal peptide peptidase, family / aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving / endomembrane system / identical protein binding / membrane / Signal peptide peptidase
機能・相同性情報
生物種Methanoculleus marisnigri JR1 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Li, X. / Dang, S. / Yan, C. / Wang, J. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structure of a presenilin family intramembrane aspartate protease
著者: Li, X. / Dang, S. / Yan, C. / Gong, X. / Wang, J. / Shi, Y.
履歴
登録2012年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative uncharacterized protein
D: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,5174
ポリマ－127,5174
非ポリマー00
水00
1
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein

A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,5174
ポリマ－127,5174
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area7320 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area50610 Å2
手法PISA
2
C: Putative uncharacterized protein
D: Putative uncharacterized protein

C: Putative uncharacterized protein
D: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,5174
ポリマ－127,5174
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_567x,-y+1,-z+21
Buried area7440 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area51080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.302, 201.892, 117.534
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222

-
要素

#1: タンパク質
Putative uncharacterized protein


分子量: 31879.260 Da / 分子数: 4 / 変異: D40N, E42S, A147E, V148P, A229V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanoculleus marisnigri JR1 (古細菌)
株: ATCC 35101 / DSM 1498 / JR1 / 遺伝子: Memar_1924 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A3CWV0

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.6
詳細: 0.1M Glycine, 0.2M (NH4)2SO4, 20%(w/v) PEG500MME, 6%(w/v) Glycerol, 0.04%(w/v) Anapoe-C12E8, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.07171, 1.05384, 1.07206
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月24日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.071711
21.053841
31.072061
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 24686

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.32→49.108 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 46.63 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3441 1254 5.11 %
Rwork0.2984 --
obs0.3007 24554 82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.32→49.108 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7115 0 0 0 7115
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097258
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6259913
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.2364364
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0991288
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091174
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.32-3.45330.3542530.339588028
3.4533-3.61040.392700.3316166653
3.6104-3.80070.4191280.3378226973
3.8007-4.03870.40371700.3006285792
4.0387-4.35030.36991590.2728309399
4.3503-4.78780.27791800.2384310799
4.7878-5.47980.32161670.2668314599
5.4798-6.90090.43351610.3868318699
6.9009-49.11370.31821660.2961309793
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7725-0.32651.54734.5529-0.09211.34740.06850.11990.3836-0.1387-0.01380.1271-0.1148-0.7082-0.09280.62020.0610.18531.4569-0.09560.5313104.428692.004231.5485
22.86940.5877-0.21052.14530.35754.7280.06470.1715-0.30670.0987-0.3518-0.42480.64050.17210.1650.68780.08130.06040.69090.32340.3154105.176174.317268.0436
32.4262-1.3434-1.05963.87210.11423.8001-0.4226-1.10071.34080.3151-0.3006-0.4199-0.5788-0.130.50840.75940.1691-0.5461.7046-0.18541.1492147.8776126.5346104.3957
41.7876-0.6331-1.68331.93420.79112.0709-0.0969-0.59820.1106-0.0993-0.59170.7988-0.6388-0.42680.3460.8557-0.0356-0.16882.7742-0.88531.4006148.1751112.8445143.3328
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る