PDB-4hyf: Structural basis and SAR for OD 270, a lead stage 1,2,4-triazole ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hyf

タイトル

Structural basis and SAR for OD 270, a lead stage 1,2,4-triazole based specific Tankyrase1/2 inhibitor

要素

Tankyrase-2

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / CATALYTIC FRAGMENT / PARP / ADP-RIBOSYLATION / ANK REPEAT / CHROMOSOMAL PROTEIN / GLYCOSYLTRANSFERASE / PHOSPHORYLATION / TELOMERE / TRANSFERASE / TRANSLOCATION / TRANSPORT / WNT-SIGNALLING / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere capping / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Perdreau, H. / Ekblad, B. / Voronkov, A. / Holsworth, D.D. / Waaler, J. / Drewes, G. / Schueler, H. / Krauss, S. / Morth, J.P.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis and SAR for G007-LK, a Lead Stage 1,2,4-Triazole Based Specific Tankyrase 1/2 Inhibitor.
著者: Voronkov, A. / Holsworth, D.D. / Waaler, J. / Wilson, S.R. / Ekblad, B. / Perdreau-Dahl, H. / Dinh, H. / Drewes, G. / Hopf, C. / Morth, J.P. / Krauss, S.

履歴

登録	2012年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hyf.cif.gz	285.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hyf.ent.gz	235 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hyf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hyf_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hyf_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	4hyf_validation.xml.gz	27.6 KB	表示
CIF形式データ	4hyf_validation.cif.gz	35.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/4hyf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/4hyf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mhjS 3kr7 3kr8 3p0n 3u9y 4hki 4hkn S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6whl-8 1o65-1 2g3x-d 4msk-3 1o65-3 6uyc-1 4pnt-3 3cpg-d 4msk-1 4bu7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#250 - 2020年10月
カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#223 - 2018年7月
ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tankyrase-2

B: Tankyrase-2

C: Tankyrase-2

ヘテロ分子

84.1 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Tankyrase-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Tankyrase-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Tankyrase-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	151.540, 151.540, 140.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Tankyrase-2 / TANK2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / ...TANK2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / TNKS-2 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase 2 / Tankyrase II / Tankyrase-like protein / Tankyrase-related protein 分子量: 27299.764 Da / 分子数: 3 / 断片: Catalytic domain, UNP residues 946-1162 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP5B, TANK2, TNKL, TNKS2 / プラスミド: PNIC-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta II / 参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-NCA / NICOTINAMIDE / ニコチンアミド分子量: 122.125 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆N₂O / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-1AK / 4-{5-[(E)-2-{4-(2-chlorophenyl)-5-[5-(methylsulfonyl)pyridin-2-yl]-4H-1,2,4-triazol-3-yl}ethenyl]-1,3,4-oxadiazol-2-yl}benzonitrile / G007-LK 分子量: 529.958 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₁₆ClN₇O₃S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 78.37 %
結晶化	温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 100 mM NaOAc pH 4.5 and 16-26% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1.28243 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.28243 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→45 Å / Num. all: 177646 / Num. obs: 175910 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

反射シェル

解像度 (Å)	Diffraction-ID	% possible all
2.8-2.87	1	98
2.87-2.95	1	99.6
2.95-3.04	1	99.6
3.04-3.47	1	99.3
3.47-5.11	1	99
5.11-7.23	1	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
RemDAq		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
PROCESS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3MHJ

3mhj

解像度: 2.8→24.858 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.2 / 位相誤差: 25.13 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2254	4489	5.07 %	Random
R_work	0.2114	-	-	-
all	0.2121	88723	-	-
obs	0.212	88591	99.85 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→24.858 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5433	0	141	33	5607

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5733
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.676	7725
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.565	2139
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	753
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1011

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8002-2.832	0.3992	134	0.3633	2737	X-RAY DIFFRACTION	97
2.832-2.8653	0.3217	140	0.349	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8653-2.9001	0.3681	143	0.3442	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9001-2.9368	0.3067	148	0.3355	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9368-2.9754	0.3805	170	0.3179	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9754-3.0161	0.3413	158	0.3257	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0161-3.0591	0.3603	162	0.3026	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0591-3.1047	0.3284	139	0.2954	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1047-3.1531	0.3026	151	0.2891	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1531-3.2047	0.291	144	0.2746	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2047-3.2598	0.2757	176	0.2712	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2598-3.319	0.2921	136	0.2538	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
3.319-3.3826	0.2922	132	0.243	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3826-3.4515	0.2702	143	0.24	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4515-3.5264	0.2619	163	0.2312	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5264-3.6081	0.2458	164	0.2324	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6081-3.6981	0.2523	140	0.2243	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6981-3.7977	0.2214	142	0.2043	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7977-3.9091	0.1719	167	0.1883	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9091-4.0348	0.2043	160	0.19	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0348-4.1783	0.211	127	0.1758	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1783-4.3448	0.1687	141	0.1622	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3448-4.5414	0.1378	135	0.1491	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5414-4.7792	0.15	187	0.1455	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7792-5.0762	0.167	129	0.1506	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0762-5.4643	0.1831	133	0.1583	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4643-6.0072	0.1729	188	0.168	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0072-6.8604	0.216	136	0.1858	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8604-8.5839	0.1764	154	0.1684	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
8.5839-24.8593	0.1796	147	0.1752	2814	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2983	-0.2056	0.0479	0.5442	-0.3903	0.3366	0.244	0.3606	0.2362	-0.1939	-0.0737	0.0448	-0.0301	0.0783	0.0001	0.5679	-0.0071	-0.0052	0.8661	-0.0614	0.6217	-24.4341	59.8439	12.4709
2	0.0815	0.0591	-0.0825	0.0675	-0.0552	0.0695	-0.1376	0.0186	0.0332	0.2399	-0.3959	-0.4246	-0.093	-0.3918	-0.0001	0.6321	0.0629	0.0632	0.73	-0.0425	0.8304	-13.0354	45.628	31.8851
3	1.0495	0.1114	-0.0794	0.3081	-0.1844	0.6874	0.0107	0.1834	-0.0416	-0.0594	-0.1295	-0.1895	0.0566	0.1027	-0	0.6401	-0.013	0.0605	0.8689	-0.0373	0.7556	-5.0864	57.6922	18.3239
4	0.0827	0.0214	-0.022	0.1291	0.0021	0.1597	-0.0364	-0.135	0.0769	0.5596	-0.0511	0.5375	0.2047	-0.1119	0	0.7032	-0.0574	0.049	0.8703	-0.0542	0.9656	-26.6386	51.7976	29.337
5	0.2802	0.0779	0.0999	0.2287	0.111	0.0616	0.0834	0.3914	0.5098	0.0114	-0.0247	0.0752	-0.1516	0.0604	-0.0001	0.5526	-0.0448	0.043	0.6092	0.0851	0.6228	-34.5717	77.4374	24.8427
6	0.2825	0.1837	0.4513	1.0249	0.0755	0.7523	0.0166	0.257	-0.7072	-0.331	-0.1973	-0.4133	0.5481	0.0046	0.0073	0.2761	-0.0471	0.1188	0.3833	-0.1659	0.424	-45.116	64.0837	45.5267
7	1.0824	0.3657	0.171	0.695	-0.4004	0.593	0.0978	0.2899	0.1435	-0.0903	0.0024	0.1236	-0.1876	-0.2418	0	0.6193	0.0284	-0.0077	0.8146	0.0198	0.6916	-53.6699	72.4808	29.5351
8	0.1001	0.0037	0.1411	0.0636	-0.0608	0.2549	0.2032	0.5285	-0.6729	0.068	0.0454	-0.3228	0.289	0.3889	-0	0.6263	-0.0032	0.0166	0.7918	0.0198	0.8059	-31.8304	64.7065	38.2697
9	0.1681	-0.1227	0.1334	0.1111	-0.0928	0.2432	0.0021	0.1169	-0.3271	-0.1884	-0.363	-0.6244	0.5178	0.5212	-0	0.9001	0.1892	0.143	0.8399	-0.0459	1.2133	-7.639	22.3048	35.8948
10	0.0385	-0.2099	0.1	1.0714	-0.5198	0.2512	0.0478	-0.3342	0.129	0.0949	0.181	0.5609	0.2392	-0.538	0.1649	0.1464	-0.0404	0.0448	0.389	-0.0866	0.3436	-25.2267	40.5261	27.0261
11	0.8736	0.0035	0.1668	0.5747	-0.0111	0.808	-0.0158	0.3102	-0.3727	-0.4753	0.0619	-0.104	1.0249	0.0174	-0	1.1785	-0.0421	0.0609	0.6729	-0.1889	0.9269	-22.9245	21.2546	22.4227
12	0.1161	-0.0143	-0.0955	0.0133	0.0195	0.123	0.241	-0.586	-0.035	0.5402	-0.251	0.0822	0.1077	-0.0539	-0	0.8516	0.0287	-0.0011	0.8738	0.0291	1.0958	-17.0619	38.144	39.9238

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 1046:1064 OR RESID 1103:1144 ) )	A	1046 - 1064
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 1046:1064 OR RESID 1103:1144 ) )	A	1103 - 1144
3	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 936:951 )	A	936 - 951
4	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND ( RESID 952:1002 OR RESID 1027:1045 OR RESID 1065:1102 OR RESID 1145:1162 ) )	A	952 - 1002
5	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND ( RESID 952:1002 OR RESID 1027:1045 OR RESID 1065:1102 OR RESID 1145:1162 ) )	A	1027 - 1045
6	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND ( RESID 952:1002 OR RESID 1027:1045 OR RESID 1065:1102 OR RESID 1145:1162 ) )	A	1065 - 1102
7	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND ( RESID 952:1002 OR RESID 1027:1045 OR RESID 1065:1102 OR RESID 1145:1162 ) )	A	1145 - 1162
8	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 1003:1026 )	A	1003 - 1026
9	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND ( RESID 1046:1064 OR RESID 1103:1144 ) )	B	1046 - 1064
10	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND ( RESID 1046:1064 OR RESID 1103:1144 ) )	B	1103 - 1144
11	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 936:951 )	B	936 - 951
12	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND ( RESID 952:1002 OR RESID 1027:1045 OR RESID 1065:1102 OR RESID 1145:1162 ) )	B	952 - 1002
13	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND ( RESID 952:1002 OR RESID 1027:1045 OR RESID 1065:1102 OR RESID 1145:1162 ) )	B	1027 - 1045
14	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND ( RESID 952:1002 OR RESID 1027:1045 OR RESID 1065:1102 OR RESID 1145:1162 ) )	B	1065 - 1102
15	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND ( RESID 952:1002 OR RESID 1027:1045 OR RESID 1065:1102 OR RESID 1145:1162 ) )	B	1145 - 1162
16	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 1003:1026 )	B	1003 - 1026
17	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND ( RESID 1046:1064 OR RESID 1103:1144 ) )	C	1046 - 1064
18	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND ( RESID 1046:1064 OR RESID 1103:1144 ) )	C	1103 - 1144
19	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 936:951 )	C	936 - 951
20	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND ( RESID 952:1002 OR RESID 1027:1045 OR RESID 1065:1102 OR RESID 1145:1162 ) )	C	952 - 1002
21	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND ( RESID 952:1002 OR RESID 1027:1045 OR RESID 1065:1102 OR RESID 1145:1162 ) )	C	1027 - 1045
22	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND ( RESID 952:1002 OR RESID 1027:1045 OR RESID 1065:1102 OR RESID 1145:1162 ) )	C	1065 - 1102
23	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND ( RESID 952:1002 OR RESID 1027:1045 OR RESID 1065:1102 OR RESID 1145:1162 ) )	C	1145 - 1162
24	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 1003:1026 )	C	1003 - 1026

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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