PDB-4hye: Crystal structure of a response regulator spr1814 from Streptococ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hye

タイトル

Crystal structure of a response regulator spr1814 from Streptococcus pneumoniae reveals unique interdomain contacts among NarL family proteins

要素

Response regulator

キーワード

TRANSCRIPTION ACTIVATOR / Cytosol

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Park, A.K. / Moon, J.H. / Chi, Y.M.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of the response regulator spr1814 from Streptococcus pneumoniae reveals unique interdomain contacts among NarL family proteins.
著者: Park, A.K. / Moon, J.H. / Oh, J.S. / Lee, K.S. / Chi, Y.M.

履歴

登録	2012年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hye.cif.gz	95.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hye.ent.gz	72 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hye.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/4hye ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/4hye	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6mni-d 3lmm-3 3cto-d 3qk7-2 5b7w-d 1n10-d 2xp1-1 3k2z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (6) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Response regulator

B: Response regulator

49.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.910, 71.376, 117.727
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Response regulator 分子量: 24599.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: R6 / 遺伝子: rr11, spr1814 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DNC2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.59 % / Mosaicity: 1.086 °
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1M sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.0, 18% (v/v) Jeffamine ED-2001 pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 4A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 310 / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 2009年3月17日

放射

モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 8 % / Av σ(I) over netI: 24.97 / 数: 100448 / R_merge(I) obs: 0.085 / Χ²: 3.3 / D res high: 2.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 12538 / % possible obs: 97.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
7.05	50	98.2	1	0.06	7.544	11.6
5.6	7.05	99.4	1	0.079	4.659	9.9
4.89	5.6	98.8	1	0.082	4.526	10.6
4.45	4.89	99.8	1	0.078	4.711	11.2
4.13	4.45	99.2	1	0.078	4.556	11.1
3.88	4.13	99.5	1	0.082	3.78	10.7
3.69	3.88	99.4	1	0.078	3.026	9.9
3.53	3.69	99.7	1	0.085	2.743	9.1
3.39	3.53	99.7	1	0.097	2.378	8.3
3.28	3.39	99.2	1	0.1	2.166	7.7
3.17	3.28	98.7	1	0.119	1.942	6.9
3.08	3.17	98	1	0.121	1.667	6.7
3	3.08	96.5	1	0.133	1.59	6.2
2.93	3	95.7	1	0.147	1.356	6.1
2.86	2.93	95.3	1	0.149	1.259	5.8
2.8	2.86	95.8	1	0.171	1.161	5.7
2.74	2.8	93.6	1	0.171	1.039	5.3
2.69	2.74	91.3	1	0.191	1.09	5.3
2.64	2.69	92.3	1	0.189	0.991	4.9
2.6	2.64	90.3	1	0.212	0.968	4.9

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 42035 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Χ²: 1.148 / Net I/σ(I): 11.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.76	2.9	0.292	2901	0.452	1	67
1.76-1.83	4.2	0.293	3839	0.496	1	87.5
1.83-1.91	5.3	0.267	4238	0.543	1	97.3
1.91-2.02	6.4	0.222	4336	0.623	1	98.9
2.02-2.14	7.4	0.182	4386	0.752	1	99.2
2.14-2.31	8.3	0.13	4397	0.833	1	99.6
2.31-2.54	9.2	0.103	4385	0.913	1	99.7
2.54-2.91	10.3	0.081	4443	1.117	1	99.6
2.91-3.66	11.7	0.07	4487	2.137	1	99.6
3.66-50	12.6	0.038	4623	1.497	1	97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.7.0029	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→45.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 3.133 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2415	2121	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1979	-	-	-
obs	0.2	39869	94.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 79.03 Å² / B_iso mean: 30.4758 Å² / B_iso min: 13.02 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.34 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.02 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3136	0	0	244	3380

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	3170
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3180
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.897	1.987	4284
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.904	3	7318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.053	5	398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	44.813	25.507	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.295	15	620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.766	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	514
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3532
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	640

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	116	-
R_work	0.299	1966	-
all	-	2082	-
obs	-	-	64.7 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)