PDB-4hyc: Structure of a presenilin family intramembrane aspartate protease...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hyc

タイトル

Structure of a presenilin family intramembrane aspartate protease in P2 space group

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / protease

機能・相同性

Signal-peptide peptidase, presenilin aspartyl protease / Signal-peptide peptidase, presenilin aspartyl protease / Presenilin/signal peptide peptidase / Presenilin, signal peptide peptidase, family / aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving / identical protein binding / membrane / Signal peptide peptidase

機能・相同性情報

生物種

Methanoculleus marisnigri JR1 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3.95 Å

データ登録者

Li, X. / Dang, S. / Yan, C. / Wang, J. / Shi, Y.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structure of a presenilin family intramembrane aspartate protease
著者: Li, X. / Dang, S. / Yan, C. / Gong, X. / Wang, J. / Shi, Y.

履歴

登録	2012年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月2日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hyc.cif.gz	731.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hyc.ent.gz	625.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hyc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hyc_validation.pdf.gz	517.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hyc_full_validation.pdf.gz	603.6 KB	表示
XML形式データ	4hyc_validation.xml.gz	73.2 KB	表示
CIF形式データ	4hyc_validation.cif.gz	97.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/4hyc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/4hyc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hydC 4hygC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hyg-1 4hyd-d 4hyg-2 4y6k-2 4y6k-1 4dev-2 3u37-2 6l1q-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein

C: Putative uncharacterized protein

D: Putative uncharacterized protein

E: Putative uncharacterized protein

F: Putative uncharacterized protein

G: Putative uncharacterized protein

H: Putative uncharacterized protein

255 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein

C: Putative uncharacterized protein

D: Putative uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Putative uncharacterized protein

F: Putative uncharacterized protein

G: Putative uncharacterized protein

H: Putative uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	127.224, 115.827, 137.173
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.59, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein 分子量: 31879.260 Da / 分子数: 8 / 変異: D40N, E42S, A147E, V148P, A229V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanoculleus marisnigri JR1 (古細菌) 株: ATCC 35101 / DSM 1498 / JR1 / 遺伝子: Memar_1924 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A3CWV0

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.42 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.6 詳細: 0.1 M Glycine pH 3.6, 0.2 M (NH4)2SO4, 20% (w/v) PEG500MME, 6% (w/v) Glycerol and 0.04% (w/v) Anapoe-C12E8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 1.07171, 1.05384, 1.07206

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月12日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.07171	1
2	1.05384	1
3	1.07206	1

反射

解像度: 3.95→50 Å / Num. obs: 27265

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3.95→40.161 Å / SU ML: 0.69 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 44.88 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	1340	4.93 %
R_work	0.3082	-	-
obs	0.3108	27165	78.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.95→40.161 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14416	0	0	0	14416

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	14712
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.494	20088
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.202	8880
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.102	2600
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2392

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
3.95-4.087	0	0	0.3809	1679	49
4.087-4.2504	0	0	0.3597	1971	57
4.2504-4.4437	0.3689	171	0.3027	2000	63
4.4437-4.6776	0.3572	297	0.257	2000	67
4.6776-4.9702	0	0	0.2668	2485	72
4.9702-5.3531	0	0	0.2937	2935	85
5.3531-5.8903	0.4235	538	0.355	2756	95
5.8903-6.7392	0	0	0.3813	3406	97
6.7392-8.4775	0	0	0.3098	3501	100
8.4775-40.1626	0.3012	334	0.2905	3092	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.289	-1.1088	0.3999	4.1665	3.0399	4.5875	-0.2496	0.4421	0.4465	-0.3547	-0.4715	0.3421	0.2816	0.5053	0.7627	0.7788	-0.0118	-0.0724	1.1398	0.2483	1.1951	-109.9337	-108.959	67.6464
2	3.7997	-0.1705	-0.5254	1.1394	0.163	3.4372	-0.0072	-0.1513	-0.4414	0.5058	-0.0066	-0.7406	-0.2304	0.3757	-0.0569	1.2737	0.2459	-0.5547	1.108	0.1195	1.4299	-95.5154	-72.8875	56.4595
3	3.5712	-1.9773	0.2922	5.1177	1.287	3.4403	-0.1113	-0.3866	0.7576	-0.1953	0.5893	-1.1124	0.1575	-0.1826	-0.3672	1.1336	-0.2445	-0.0482	1.0001	-0.2214	1.0785	-66.6738	-90.7218	35.0313
4	3.5288	1.0058	0.2696	0.5943	-0.6057	2.2985	0.2615	-0.5439	-0.1911	0.5621	-0.3196	-0.175	-0.4081	0.0387	0.1906	1.7196	-0.0049	-0.508	1.0707	-0.3546	1.2634	-81.4758	-126.844	45.8613
5	1.3993	-0.9575	2.195	4.8808	-0.6914	4.2867	-0.0626	0.7228	-0.7227	-0.7858	1.3697	0.3525	0.7838	1.3042	-0.5104	1.2377	-0.2569	-0.5321	1.2997	-0.6234	1.4712	-94.8807	-28.9974	0.6291
6	2.55	1.5443	-0.6343	1.4442	-0.3881	3.0295	-0.2744	-0.675	0.273	1.1448	-0.1769	0.4528	-1.0089	0.0212	0.3207	2.0393	0.7321	-0.5066	1.4823	-0.4972	1.5009	-124.8643	-16.0283	23.8025
7	2.8419	0.357	1.3455	2.7443	0.319	1.4528	-0.0426	-0.8144	-0.203	-0.743	0.6471	1.231	-0.4588	-1.0139	-0.3923	1.3003	0.131	-0.2114	1.3669	0.7357	1.3196	-135.388	-54.7674	31.3159
8	1.3914	0.5696	-0.8678	0.203	-0.6293	3.4436	0.2591	-0.6221	-0.1587	-0.6017	0.0839	-0.7229	0.8157	0.8352	-0.1915	2.1403	0.8167	-1.0488	1.8064	-0.6247	2.1212	-104.8477	-67.6562	8.576

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H

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関連情報:EMDBヘッダ

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