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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hy3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a phosphoglycerate oxidoreductase from rhizobium etli | ||||||
要素 | phosphoglycerate oxidoreductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / PSI-BIOLOGY / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / Amino acid transport and metabolism / NAD binding domain. / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / ROSSMANN FOLD / phosphoglycerate oxidoreductase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhizobium etli (根粒菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Kumaran, D. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / Lafleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. ...Kumaran, D. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / Lafleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. / Zencheck, W. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of a phosphoglycerate oxidoreductase from rhizobium etli 著者: Kumaran, D. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hy3.cif.gz | 248.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hy3.ent.gz | 208.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hy3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/4hy3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/4hy3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | TETRAMER |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40455.066 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium etli (根粒菌) / 株: CFN 42 / 遺伝子: RHE_PB00144 / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2K273 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.07 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 30% PEG 6000, 0.1M HEPES, 0.1M MgCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月16日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: Si III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→104.55 Å / Num. all: 37449 / Num. obs: 37449 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.8 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 3663 / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→104.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 16.25 / SU ML: 0.325 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.438 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.009 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→104.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.802→2.874 Å / Total num. of bins used: 20
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