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- PDB-4hy0: Crystal structure of XIAP BIR3 with T3256336 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hy0
タイトルCrystal structure of XIAP BIR3 with T3256336
要素E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / BIR3 / Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 / Apoptotic suppressor. Inhibitor of caspase-3 / -7 and -9. / Interacts with SMAC and with PRSS25 / XIAP / BIRC4 / X-linked inhibitor of apoptosis / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase regulator activity / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / regulation of BMP signaling pathway / copper ion homeostasis / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response ...endopeptidase regulator activity / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / regulation of BMP signaling pathway / copper ion homeostasis / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / regulation of innate immune response / positive regulation of type I interferon production / protein K63-linked ubiquitination / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / protein serine/threonine kinase binding / Regulation of PTEN localization / : / positive regulation of protein ubiquitination / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / positive regulation of JNK cascade / Regulation of TNFR1 signaling / RING-type E3 ubiquitin transferase / Regulation of necroptotic cell death / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / neuron apoptotic process / regulation of cell cycle / defense response to bacterium / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. ...XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(3S,7R,8AR)-2-{(2S)-2-(4,4-DIFLUOROCYCLOHEXYL)-2-[(N-METHYL-L-ALANYL)AMINO]ACETYL}-N-[(4R)-3,4-DIHYDRO-2H-CHROMEN-4-YL]-7-ETHOXYOCTAHYDROPYRROLO[1,2-A]PYRAZINE-3-CARBOXAMIDE / Chem-1AQ / E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Snell, G.S. / Dougan, D.R.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Design and Synthesis of Potent Inhibitor of Apoptosis (IAP) Proteins Antagonists Bearing an Octahydropyrrolo[1,2-a]pyrazine Scaffold as a Novel Proline Mimetic.
著者: Hashimoto, K. / Saito, B. / Miyamoto, N. / Oguro, Y. / Tomita, D. / Shiokawa, Z. / Asano, M. / Kakei, H. / Taya, N. / Kawasaki, M. / Sumi, H. / Yabuki, M. / Iwai, K. / Yoshida, S. / ...著者: Hashimoto, K. / Saito, B. / Miyamoto, N. / Oguro, Y. / Tomita, D. / Shiokawa, Z. / Asano, M. / Kakei, H. / Taya, N. / Kawasaki, M. / Sumi, H. / Yabuki, M. / Iwai, K. / Yoshida, S. / Yoshimatsu, M. / Aoyama, K. / Kosugi, Y. / Kojima, T. / Morishita, N. / Dougan, D.R. / Snell, G.P. / Imamura, S. / Ishikawa, T.
履歴
登録2012年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月27日Group: Database references
改定 1.22013年8月7日Group: Non-polymer description / Structure summary
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
B: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
C: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
D: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
E: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
F: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
G: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
H: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,42330
ポリマ－113,6628
非ポリマー5,76122
水59433
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
B: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8888
ポリマ－28,4152
非ポリマー1,4736
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area10300 Å2
手法PISA
2
C: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
H: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7586
ポリマ－28,4152
非ポリマー1,3424
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area10400 Å2
手法PISA
3
D: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
E: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8888
ポリマ－28,4152
非ポリマー1,4736
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area10440 Å2
手法PISA
4
F: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
G: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8888
ポリマ－28,4152
非ポリマー1,4736
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area10410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.336, 100.840, 184.583
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
E3 ubiquitin-protein ligase XIAP / Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 / IAP-like protein / ILP / hILP / Inhibitor of ...Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 / IAP-like protein / ILP / hILP / Inhibitor of apoptosis protein 3 / IAP-3 / hIAP-3 / hIAP3 / X-linked inhibitor of apoptosis protein / X-linked IAP


分子量: 14207.711 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: API3, BIRC4, IAP3, XIAP / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P98170, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-1AQ / (3S,7R,8aR)-2-{(2S)-2-(4,4-difluorocyclohexyl)-2-[(N-methyl-L-alanyl)amino]acetyl}-N-[(4R)-3,4-dihydro-2H-chromen-4-yl]-7-ethoxyoctahydropyrrolo[1,2-a]pyrazine-3-carboxamide / T-3256336


タイプ: Peptide-like / クラス: Antagonist / 分子量: 605.716 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H45F2N5O5
参照: (3S,7R,8AR)-2-{(2S)-2-(4,4-DIFLUOROCYCLOHEXYL)-2-[(N-METHYL-L-ALANYL)AMINO]ACETYL}-N-[(4R)-3,4-DIHYDRO-2H-CHROMEN-4-YL]-7-ETHOXYOCTAHYDROPYRROLO[1,2-A]PYRAZINE-3-CARBOXAMIDE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 18.5% PEG 4000, 0.08M Tris_base, 0.02M Tris Cl, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月19日
放射モノクロメーター: Single Si(220) crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→50 Å / Num. all: 25173 / Num. obs: 24921 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 2.84→2.9 Å / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ALS-BOSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.84→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 26.381 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.394 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26221 1331 5.1 %RANDOM
Rwork0.20841 ---
obs0.21111 24921 98.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.622 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.18 Å2-0 Å20 Å2
2--1.42 Å20 Å2
3----5.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6311 0 358 33 6702
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.026895
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024498
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1381.9869380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.821310921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2265765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.13324.336339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.142151040
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2261524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2917
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021429
LS精密化 シェル解像度: 2.84→2.913 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 99 -
Rwork0.284 1646 -
obs--97.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.29771.27381.83916.32820.38756.27830.11150.2321-0.4299-0.16530.192-0.7452-0.00720.4852-0.30350.0601-0.06220.00920.2512-0.10840.196-2.129912.205-34.2807
27.93550.03041.74675.36491.5667.97620.09760.9106-0.1261-0.15-0.23921.0038-0.3901-1.39670.14160.1781-0.0411-0.10650.7769-0.06210.295-28.021912.695-41.322
33.84630.62670.25957.05763.58867.91260.1455-0.29980.4216-0.214-0.0531-0.2091-0.5019-0.081-0.09240.25620.12480.09880.17310.09940.2697-20.767411.305713.8219
45.60692.73540.67768.75491.61358.79330.6094-0.28320.13570.7727-0.3314-0.4652-0.44060.5424-0.2780.3601-0.17690.05560.21690.02020.1894-11.304416.8891-9.8686
57.16493.17460.526310.0589-0.25628.2387-0.34680.1705-0.1121-1.0090.77251.19491.0642-1.0139-0.42570.3842-0.2955-0.19090.29140.21910.3052-29.458-0.3346-19.0396
67.3418-2.28870.27547.4434-1.920410.2224-0.236-0.7833-0.04070.83530.1923-0.83850.30941.33220.04360.34030.1391-0.16180.5022-0.180.2612-0.69720.0622-56.6949
74.5714-0.15740.56587.002-1.25029.55290.3369-0.12290.5602-0.6906-0.28510.5776-1.1639-0.7949-0.05180.78120.2375-0.0350.2685-0.19670.3409-18.60417.7417-65.7072
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A254 - 349
2X-RAY DIFFRACTION2B254 - 349
3X-RAY DIFFRACTION3C254 - 350
4X-RAY DIFFRACTION4D254 - 351
5X-RAY DIFFRACTION5E254 - 349
6X-RAY DIFFRACTION6F254 - 349
7X-RAY DIFFRACTION7G254 - 351

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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