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- PDB-4hxd: Diversity of ubiquitin and ISG15 specificity amongst nairoviruses... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hxd
タイトルDiversity of ubiquitin and ISG15 specificity amongst nairoviruses viral ovarian tumor domain proteases
要素
  • Polyubiquitin-C
  • RNA-directed RNA polymerase L
キーワードhydrolase/viral protein / OTU-like Cysteine protease / Dugbe virus / deubiquitinase / 3-AMINOPROPANE / ubiquitin hydrolase / viral protein / hydrolase / ubiquitin. / hydrolase-viral protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type deubiquitinase activity => GO:0004843 / RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex ...cysteine-type deubiquitinase activity => GO:0004843 / RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Regulation of FZD by ubiquitination / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / p75NTR recruits signalling complexes / Downregulation of ERBB4 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / VLDLR internalisation and degradation / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NF-kB is activated and signals survival / NRIF signals cell death from the nucleus / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Regulation of BACH1 activity / Translesion synthesis by REV1 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Translesion synthesis by POLK / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Josephin domain DUBs / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Asymmetric localization of PCP proteins / TCF dependent signaling in response to WNT / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / Regulation of NF-kappa B signaling / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Degradation of DVL / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of signaling by CBL / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Fanconi Anemia Pathway / Hh mutants are degraded by ERAD / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Negative regulation of FGFR3 signaling / Peroxisomal protein import / Degradation of AXIN / Degradation of GLI1 by the proteasome / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Activation of NF-kappaB in B cells / Regulation of TNFR1 signaling / Termination of translesion DNA synthesis / Negative regulation of FGFR2 signaling / Hedgehog ligand biogenesis / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Stabilization of p53 / EGFR downregulation / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Iron uptake and transport / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Negative regulation of FGFR1 signaling
類似検索 - 分子機能
Cathepsin B; Chain A - #80 / OTU-like cysteine protease / OTU domain / OTU domain profile. / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Cathepsin B; Chain A / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 ...Cathepsin B; Chain A - #80 / OTU-like cysteine protease / OTU domain / OTU domain profile. / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Cathepsin B; Chain A / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1.7.6 3-bromanylpropan-1-amine / Polyubiquitin-C / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Dugbe virus
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Capodagli, G.C. / Pegan, S.D.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Diversity of Ubiquitin and ISG15 Specificity among Nairoviruses' Viral Ovarian Tumor Domain Proteases.
著者: Capodagli, G.C. / Deaton, M.K. / Baker, E.A. / Lumpkin, R.J. / Pegan, S.D.
履歴
登録2012年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月24日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02024年4月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyubiquitin-C
B: RNA-directed RNA polymerase L
C: Polyubiquitin-C
D: RNA-directed RNA polymerase L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6279
ポリマ－57,0624
非ポリマー5645
水82946
1
A: Polyubiquitin-C
B: RNA-directed RNA polymerase L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7654
ポリマ－28,5312
非ポリマー2342
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area10790 Å2
手法PISA
2
C: Polyubiquitin-C
D: RNA-directed RNA polymerase L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8615
ポリマ－28,5312
非ポリマー3303
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area10920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.508, 39.991, 114.189
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.330, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Polyubiquitin-C / Ubiquitin


分子量: 8519.778 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBC / プラスミド: pTyB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) CodonPlus / 参照: UniProt: P0CG48, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase L / Protein L / Large structural protein / Replicase / Transcriptase / Ubiquitin thioesterase / RNA- ...Protein L / Large structural protein / Replicase / Transcriptase / Ubiquitin thioesterase / RNA-directed RNA polymerase


分子量: 20011.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dugbe virus (isolate ArD44313) (ウイルス)
遺伝子: L / プラスミド: pet11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q66431, ubiquitinyl hydrolase 1, RNA-directed RNA polymerase
#3: 化合物 ChemComp-4LJ / 1.7.6 3-bromanylpropan-1-amine / 3-ブロモプロピルアミン


分子量: 138.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8BrN
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細3-AMINOPROPANE WAS COVALENTLY ADDED TO THE C-TERMINUS OF UBIQUITIN THROUGH USE OF INTERN CHEMISTRY ...3-AMINOPROPANE WAS COVALENTLY ADDED TO THE C-TERMINUS OF UBIQUITIN THROUGH USE OF INTERN CHEMISTRY BY COMPLEXING THE THIOESTERIFIED UBIQUITIN PROTEIN TOGETHER WITH 3-BROMOPROPYLAMINE AS PER WILKINSON, K. D., T. GAN-ERDENE, AND N. KOLLI. 2005. DERIVITIZATION OF THE C-TERMINUS OF UBIQUITIN AND UBIQUITIN-LIKE PROTEINS USING INTEIN CHEMISTRY: METHODS AND USES. METHODS ENZYMOL 399:37-51.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.25 M LiSO4, 0.10 M Bis-Tris, 29% PEG 3350, 40% (v/v) 1,3-butanediol , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月4日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. all: 12408 / Num. obs: 11887 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 0.958 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.85-2.92.90.1414860.686179
2.9-2.953.10.1335620.651198.1
2.95-3.013.20.1276270.667198.1
3.01-3.073.30.1165960.775197.9
3.07-3.143.20.1045960.762197.5
3.14-3.213.20.0975950.813198
3.21-3.293.20.096000.814198
3.29-3.383.20.086191.043197.3
3.38-3.483.20.0915801.777197.5
3.48-3.593.20.0746161.079197
3.59-3.723.20.0765731.686197
3.72-3.873.30.0655991.171197.1
3.87-4.043.30.0746152.057196.9
4.04-4.263.30.0525861.012196.9
4.26-4.523.40.0466080.89196.2
4.52-4.873.40.0425980.833196
4.87-5.363.40.0385890.636195.3
5.36-6.143.40.0366120.556195.5
6.14-7.733.30.0346060.551194.7
7.73-503.20.0356240.695192.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.83 Å48.02 Å
Translation2.83 Å48.02 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.817 / WRfactor Rfree: 0.2681 / WRfactor Rwork: 0.2044 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8047 / SU B: 18.255 / SU ML: 0.347 / SU Rfree: 0.4698 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.47 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 567 4.8 %RANDOM
Rwork0.2103 ---
obs0.2136 11868 95.16 %-
all-12472 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 53.61 Å2 / Biso mean: 20.821 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å20.02 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3698 0 23 46 3767
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.023792
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1541.965125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6755459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.71824.629175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.12515677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.771520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212802
LS精密化 シェル解像度: 2.833→2.906 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 29 -
Rwork0.292 621 -
all-650 -
obs-621 75.23 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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