PDB-4hwp: Crystal structure of E. coli Threonyl-tRNA synthetase bound to a ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hwp

タイトル

Crystal structure of E. coli Threonyl-tRNA synthetase bound to a novel inhibitor

要素

Threonine--tRNA ligase

キーワード

Ligase/Ligase Inhibitor / aminoacyl-tRNA synthetase / protein-inhibitor complex / antibacterial / Ligase-Ligase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA ligase activity / threonine-tRNA ligase / threonyl-tRNA aminoacylation / threonine-tRNA ligase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / aminoacyl-tRNA editing activity / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / mRNA 5'-UTR binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.807 Å

データ登録者

Hilgers, M.T.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Identification of bacteria-selective threonyl-tRNA synthetase substrate inhibitors by structure-based design.
著者: Teng, M. / Hilgers, M.T. / Cunningham, M.L. / Borchardt, A. / Locke, J.B. / Abraham, S. / Haley, G. / Kwan, B.P. / Hall, C. / Hough, G.W. / Shaw, K.J. / Finn, J.

履歴

登録	2012年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hwp.cif.gz	346.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hwp.ent.gz	282.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hwp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4hwp_validation.pdf.gz	1020.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hwp_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	4hwp_validation.xml.gz	38.5 KB	表示
CIF形式データ	4hwp_validation.cif.gz	56 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/4hwp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/4hwp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4hwoC 4hwrC 4hwsC 4hwtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hwo-d 4hws-d 1fyf-d 1evl-2 7cbi-d 1evl-1 4hwr-d 7cbh-d 4p3o-d 1evk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (22) #117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (22)
#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Threonine--tRNA ligase

B: Threonine--tRNA ligase

ヘテロ分子

97 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.160, 110.140, 115.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 242 - 638 / Label seq-ID: 3 - 399

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Threonine--tRNA ligase / Threonyl-tRNA synthetase / ThrRS 分子量: 47998.594 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 242-642 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: thrS, b1719, JW1709 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: P0A8M3, threonine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-X16 / N-{[3-(4-amino-2-methylquinazolin-7-yl)phenyl]sulfonyl}-L-threoninamide 分子量: 415.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₁N₅O₄S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 580 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.89 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: PEG 4000, MPD, sodium citrate, pH 5.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Mar345

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.807→79.692 Å / Num. all: 99965 / Num. obs: 99965 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 12.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.807-1.9	3.4	0.442	1.7	42867	12646	0.442	85.6
1.9-2.01	3.5	0.272	2.8	48580	13824	0.272	98.8
2.01-2.15	3.6	0.184	4.2	47152	13102	0.184	99.5
2.15-2.32	3.7	0.125	6.1	45418	12274	0.125	99.8
2.32-2.54	3.8	0.087	8.7	43078	11328	0.087	100
2.54-2.84	3.9	0.064	11.7	39697	10294	0.064	100
2.84-3.28	3.9	0.046	15.1	35450	9119	0.046	100
3.28-4.02	3.9	0.035	18	30371	7782	0.035	100
4.02-5.69	3.9	0.029	20.7	23681	6096	0.029	100
5.69-43.08	3.6	0.038	7.7	12754	3500	0.038	99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	43.08 Å
Translation	2.5 Å	43.08 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.807→43.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 5.09 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2129	4988	5 %	RANDOM
R_work	0.1937	-	-	-
obs	0.1947	99755	98.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 63.96 Å² / B_iso mean: 29.604 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.03 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.807→43.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6605	0	60	580	7245

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	6815
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.529	1.956	9186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.242	5	805
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.743	23.501	357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.431	15	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.773	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	953
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	5240

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 488 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.807→1.854 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.443	325	-
R_work	0.413	5869	-
all	-	6194	-
obs	-	-	87.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.695	-0.0912	-0.0791	0.5234	-0.0201	0.2581	0.0456	0.0611	0.026	0.0112	-0.0275	-0.0443	0.0216	0.028	-0.018	0.1894	-0.0074	-0.0044	0.2014	0.008	0.1785	-18.108	-27.9165	17.4789
2	0.6216	1.0015	-0.3453	2.2945	0.6677	2.4046	-0.0597	0.0532	0.0281	-0.0652	0.0825	0.0548	0.0643	-0.0671	-0.0228	0.1769	0.0166	-0.0385	0.2011	-0.0076	0.1977	-23.9441	-36.5771	13.1281
3	2.0803	0.3982	0.7238	0.5865	0.1156	0.6959	-0.1074	-0.0222	-0.0127	-0.0585	0.0282	-0.0528	-0.053	0.0111	0.0792	0.1884	0.0007	-0.0052	0.206	0.0029	0.195	-14.651	-32.5731	19.3269
4	1.3807	0.9755	-0.7736	1.2266	-0.4907	0.818	0.075	-0.1598	-0.1262	0.1644	-0.1104	-0.1352	-0.0035	0.1339	0.0354	0.207	0.0154	-0.0425	0.2272	0.0352	0.192	-8.1369	-38.849	32.2568
5	3.7261	1.7138	-0.9717	3.2408	-0.454	3.6874	-0.1682	0.2375	-0.2486	-0.28	0.1141	-0.1156	0.1614	-0.0685	0.0541	0.2015	0.0424	-0.0003	0.1767	0.0008	0.2164	-1.3583	-44.5939	11.6184
6	0.9482	0.0029	-0.7857	1.2471	0.3586	1.7229	0.004	-0.0744	-0.0995	-0.0315	-0.0069	-0.0877	-0.0105	0.0794	0.003	0.1792	0.0402	-0.0175	0.1924	0.0367	0.2307	-2.013	-44.9799	21.5087
7	0.3308	0.0958	-0.1546	0.7316	0.0294	0.2778	0.0033	0.0267	-0.0734	-0.0162	-0.0348	-0.0854	0.0981	0.0844	0.0315	0.1869	0.0155	-0.012	0.2091	0.0186	0.2206	-9.2854	-38.2831	19.9115
8	16.9557	8.9987	-0.3181	4.9213	1.2364	13.7485	-0.1107	-0.3168	-0.3142	-0.0662	-0.0392	-0.1548	0.0719	1.3167	0.1498	0.0915	0.047	0.0157	0.3494	0.0402	0.3196	11.6205	-22.653	19.3937
9	0.6091	0.0521	-0.4963	0.5869	-0.1289	0.4951	0.04	-0.0114	-0.0119	0.1891	-0.0192	0.1317	-0.0731	0.0014	-0.0208	0.2478	0.0013	0.0333	0.1945	0.0031	0.2107	-36.9621	-31.7156	37.0038
10	1.9956	0.3796	-0.9598	3.1566	1.7052	4.108	0.0076	0.025	-0.0351	0.4289	0.0033	0.6046	0.0432	-0.2109	-0.0109	0.2635	0.0034	0.1164	0.1997	0.0468	0.2922	-45.6381	-35.0065	43.3368
11	3.4568	-1.9848	-5.0813	13.6927	10.8039	12.4678	-0.5134	-0.5001	-0.4213	0.1662	-0.0886	0.5266	0.4065	0.4694	0.6019	0.8033	0.3213	0.5321	0.3621	0.2307	0.3678	-42.6095	-36.36	50.8964
12	2.9773	-1.9066	-0.8861	3.9912	0.1009	2.5446	-0.1273	-0.5004	-0.1412	0.6644	0.1032	0.0667	-0.0718	0.1625	0.0241	0.3468	-0.0337	0.0004	0.2482	0.005	0.1062	-30.922	-32.149	48.5865
13	0.8669	-0.1803	0.0982	0.4409	-0.0283	0.703	0.0854	0.0306	0.0056	0.0401	-0.0459	-0.0756	0.0047	-0.0098	-0.0395	0.1886	0.0031	0.0188	0.1723	0.0038	0.1829	-23.8685	-14.9677	17.6484
14	2.2798	-0.2709	0.004	4.2637	0.7921	0.1952	0.1387	0.2322	0.0471	-0.6714	-0.1979	-0.077	-0.0921	-0.0896	0.0592	0.3165	0.032	-0.005	0.2909	-0.0068	0.1648	-29.4018	-24.616	0.323
15	1.4397	-0.1136	-0.3827	0.5401	0.0461	0.9699	0.0172	0.0282	-0.0382	0.0106	-0.0071	0.0715	0.0936	-0.1238	-0.0101	0.1942	-0.0151	0.0081	0.2199	0.0056	0.2006	-40.9831	-22.5299	18.0673
16	2.1674	0.7136	-0.3389	1.7363	-0.1277	1.7624	0.03	0.0821	0.082	-0.0418	-0.026	-0.1415	-0.1372	-0.0697	-0.004	0.1962	0.019	0.0474	0.2048	0.0275	0.2011	-22.2125	-10.0525	8.215
17	1.0726	0.3564	-0.1034	1.0778	-0.1763	0.2494	0.071	-0.0364	0.1286	0.139	-0.0229	0.0758	-0.1073	-0.13	-0.0481	0.2199	0.0254	0.0393	0.2153	0.0063	0.1985	-39.2837	-5.6137	24.0383
18	1.0873	1.3611	1.1621	4.2446	3.1472	5.3057	0.0329	0.0363	0.1116	-0.3706	-0.2774	0.1363	-0.3017	-0.4351	0.2445	0.2129	0.09	0.015	0.23	-0.007	0.1436	-47.2953	-3.4718	8.3304
19	0.7935	-0.6646	-0.1619	3.6901	3.1804	3.9796	0.0799	0.0093	0.0637	-0.1569	-0.0823	-0.1274	-0.1313	-0.0468	0.0025	0.2172	0.0484	0.0457	0.1871	0.0262	0.1993	-41.8145	0.5741	13.3649
20	0.6007	0.1891	-0.2297	1.2763	-0.3863	0.5458	0.0489	0.1689	0.2189	-0.0473	-0.0535	0.0716	-0.0961	-0.1301	0.0046	0.1879	0.0272	0.0303	0.2243	0.0194	0.2054	-37.413	-7.4129	14.1685
21	53.4862	-8.7405	-49.3201	27.9384	4.4568	46.1357	-0.2283	2.0611	0.8284	0.1348	1.5333	2.2287	0.0838	-2.5264	-1.305	0.0508	0.0532	0.0363	1.1994	0.3645	0.5272	-60.829	-22.1494	19.7881
22	2.1956	0.6002	-0.0396	0.7924	-0.1736	0.2818	0.0257	-0.0066	0.0887	-0.0418	-0.0407	-0.0341	-0.1393	-0.0696	0.0149	0.2281	0.0197	0.0267	0.1888	-0	0.2223	-29.0365	-7.1365	20.3454
23	0.956	0.3062	0.0265	1.4438	0.1577	0.9044	0.019	-0.0883	0.0304	0.1543	-0.0391	-0.1447	0.0583	-0.0223	0.0201	0.2241	-0.0383	-0.0364	0.1862	-0.0128	0.2149	-5.3506	-7.4569	41.8619
24	8.2622	4.2573	3.4003	13.1226	5.0145	9.0459	-0.0596	-0.4114	0.2479	-0.4404	-0.182	0.1191	-0.8131	-0.075	0.2416	0.2393	-0.045	0.016	0.2301	-0.0675	0.1767	-22.0599	-2.9393	38.9567

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	242 - 357
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	358 - 373
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	374 - 389
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	390 - 418
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	419 - 432
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	433 - 465
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	466 - 499
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	500 - 507
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	508 - 582
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	583 - 601
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	602 - 619
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	620 - 642
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	242 - 312
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	313 - 326
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	327 - 360
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	361 - 380
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	381 - 418
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	419 - 445
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	446 - 466
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	467 - 498
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	499 - 505
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	506 - 531
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	532 - 632
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	633 - 639

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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