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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hwk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human sepiapterin reductase in complex with sulfapyridine | ||||||
要素 | Sepiapterin reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/ANTIBIOTIC / Reductase / OXIDOREDUCTASE-ANTIBIOTIC complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sepiapterin reductase (L-erythro-7,8-dihydrobiopterin-forming) / sepiapterin reductase (NADP+) activity / aldo-keto reductase (NADPH) activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / eNOS activation / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / nitric oxide biosynthetic process / NADP binding / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Groenlund Pedersen, M. / Pojer, F. / Johnsson, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2013 タイトル: Tetrahydrobiopterin biosynthesis as an off-target of sulfa drugs. 著者: Haruki, H. / Pedersen, M.G. / Gorska, K.I. / Pojer, F. / Johnsson, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hwk.cif.gz | 220.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hwk.ent.gz | 177 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hwk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4hwk_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4hwk_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4hwk_validation.xml.gz | 43.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4hwk_validation.cif.gz | 58.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/4hwk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/4hwk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 31290.029 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P35270, sepiapterin reductase (L-erythro-7,8-dihydrobiopterin-forming) |
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-非ポリマー , 6種, 364分子
#2: 化合物 | ChemComp-NAP / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-SFY / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.49 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.75 M ammonium sulphate, 0.1 M HEPES, 2 % w/v PEG 1000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月16日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 173391 / Num. obs: 172478 / % possible obs: 99.47 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.54 Å / % possible all: 97.14 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1OAA 解像度: 2.4→46.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 5.19 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.746 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.399→2.461 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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