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- PDB-4hvt: Structure of a Post-proline cleaving enzyme from Rickettsia typhi -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hvt
タイトルStructure of a Post-proline cleaving enzyme from Rickettsia typhi
要素Post-proline cleaving enzyme
キーワードHYDROLASE / SSGCID / Post-proline cleaving enzyme / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / post-proline cleavage protein
機能・相同性
機能・相同性情報


prolyl oligopeptidase / serine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Post-proline cleaving enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Rickettsia typhi (発疹熱リケッチア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散, 分子置換 / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a Post-proline cleaving enzyme from Rickettsia typhi
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Sankaran, B. / Fox III, D. / Edwards, T.E. / Staker, B.L.
履歴
登録2012年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_diffrn_reflns_shell / Item: _pdbx_diffrn_reflns_shell.percent_possible_obs
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Post-proline cleaving enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6709
ポリマ－82,2271
非ポリマー4438
水13,439746
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.590, 73.280, 55.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.520, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1386-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Post-proline cleaving enzyme / RityA.17583.b


分子量: 82226.664 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal truncation (UNP residues 19-720) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rickettsia typhi (発疹熱リケッチア)
株: ATCC VR-144 / Wilmington / 遺伝子: ppcE, RT0165 / プラスミド: RityA.17583.b.B2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q68XJ3, prolyl oligopeptidase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 746 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.4450
22.2846
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2901蒸気拡散法, シッティングドロップ法8.5Microlyic MCSG1 screen b10: 24% PEG 4000, 20% Glycerol, 160mM Magnesium Chloride, 80mM Tris:HCl pH 8.5; RityA17583bB2.PS01616 at 26.6mg/ml, cryo: EG; SG C2; for phasing crystal 2 was used SG P21, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
2902蒸気拡散法, シッティングドロップ法7.5Microlyic MCSG1 screen c5: 20% PEG 3350, 200mM Magnesium acetate; RityA17583bB2.PS01616 at 26.6mg/ml, for phasing a crystal was soaked in reservoir + 20% EG with 2.5M sodium iodide (final 500mM NaI) for 1 minute, this sample is from a differet space group (P21) than crystal 1, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.110.9774
回転陽極RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT21.5418
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2012年10月14日
RIGAKU SATURN 944+2CCD2012年10月17日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Single crystal, cylindrically bent, Si(220)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2RIGAKU VariMaxSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97741
21.54181
Reflection数: 305759 / Rmerge(I) obs: 0.05 / D res high: 2.1 Å / Num. obs: 84077 / % possible obs: 99.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
9.395091095.510.03
6.649.39170298.710.033
5.426.64219798.910.037
4.75.42267499.610.033
4.24.7300599.810.032
3.834.2332899.910.037
3.553.83361999.810.039
3.323.55387799.910.042
3.133.32417210010.041
2.973.13436810010.047
2.832.97461799.910.053
2.712.83475710010.062
2.62.71508499.910.078
2.512.6515210010.072
2.422.51541410010.081
2.352.42562299.910.084
2.282.35577099.910.097
2.212.28583999.510.126
2.152.21615699.910.11
2.12.1558149310.111
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 87031 / Num. obs: 86126 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 23.221 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 16.86
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.7-1.740.4933.423080663481,298
1.74-1.790.3994.222969561291,298.5
1.79-1.840.325.152912559851,298.6
1.84-1.90.2526.532822557921,298.6
1.9-1.960.1968.32736456391,298.7
1.96-2.030.15710.122652454581,298.6
2.03-2.110.12912.082566952861,299
2.11-2.190.10414.412468751081,299.1
2.19-2.290.08916.322370048991,298.8
2.29-2.40.07917.892256546691,299.3
2.4-2.530.07119.622148744671,299
2.53-2.690.06222.092039142361,299.7
2.69-2.870.05524.671900439781,299.4
2.87-3.10.04528.471755636941,299.6
3.1-3.40.03833.061617534241,299.5
3.4-3.80.03337.541439831031,299.5
3.8-4.390.03238.851233527371,299.3
4.39-5.380.02841.761117323351,299.7
5.38-7.60.0338.87871218181,299.5
7.6-500.02542.91475110211,298.7

-
位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換
Phasing MADD res high: 2.1 Å / D res low: 46.03 Å / FOM : 0.416 / FOM acentric: 0.429 / FOM centric: 0.128 / 反射: 43000 / Reflection acentric: 41043 / Reflection centric: 1776
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å20 Å
Translation3.5 Å20 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
JDirectorデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換
開始モデル: An initial model was obtained from iodide SAD phasing using crystal 2 (P21). The initial model was then used as search model for C2 high resolution data set, crystal 1.

解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / WRfactor Rfree: 0.1996 / WRfactor Rwork: 0.1636 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8714 / SU B: 3.886 / SU ML: 0.067 / SU R Cruickshank DPI: 0.099 / SU Rfree: 0.1011 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2093 4322 5 %RANDOM
Rwork0.1704 ---
all0.1723 87031 --
obs0.1723 81804 98.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 54.98 Å2 / Biso mean: 19.2341 Å2 / Biso min: 7.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å20.54 Å2
2--0.79 Å20 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5510 0 26 746 6282
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.025739
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025324
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6831.9517804
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85312259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6875712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.67324.583264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.87915945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9971519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2852
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0216514
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021357
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 331 -
Rwork0.228 5994 -
all-6325 -
obs-6348 98.03 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.725 Å / Origin y: 61.672 Å / Origin z: 16.053 Å
111213212223313233
T0.0536 Å20.0113 Å2-0.0666 Å2-0.0092 Å2-0.0115 Å2--0.085 Å2
L0.4637 °20.0058 °20.2563 °2-0.529 °2-0.0524 °2--0.5823 °2
S-0.0773 Å °-0.0259 Å °0.0877 Å °-0.015 Å °0.027 Å °0.0072 Å °-0.0651 Å °-0.0668 Å °0.0504 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 710
2X-RAY DIFFRACTION1A801 - 808

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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