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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hvj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a putative uncharacterized protein from Mycobacterium tuberculosis in complex with AMP | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / SSGCID / Mycobacterium tuberculosis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / adenosine monophosphate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / nucleic acid binding / magnesium ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014 タイトル: Mycobacterium tuberculosis Rv2179c Protein Establishes a New Exoribonuclease Family with Broad Phylogenetic Distribution. 著者: Abendroth, J. / Ollodart, A. / Andrews, E.S. / Myler, P.J. / Staker, B.L. / Edwards, T.E. / Arcus, V.L. / Grundner, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hvj.cif.gz | 149.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hvj.ent.gz | 115.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hvj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4hvj_validation.pdf.gz | 782.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4hvj_full_validation.pdf.gz | 783.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4hvj_validation.xml.gz | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4hvj_validation.cif.gz | 21.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/4hvj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/4hvj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21934.709 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37RV / 遺伝子: MT2234.1, Rv2179c / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O53513, UniProt: P9WJ73*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-AMP / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: EMBio JCSG+ G1 opt: 25% Jeffamine ED2003 pH 7.0, 100mM HEPES pH 7.0; MytuD.18400.a.A1.PS01434 at 25.6mg/m, soak and cryo: 35% Jeffamine ED2003, 100mM HEPES pH 7.0, 2.5M AMP, 2.5mM MgCl2 for 1 ...詳細: EMBio JCSG+ G1 opt: 25% Jeffamine ED2003 pH 7.0, 100mM HEPES pH 7.0; MytuD.18400.a.A1.PS01434 at 25.6mg/m, soak and cryo: 35% Jeffamine ED2003, 100mM HEPES pH 7.0, 2.5M AMP, 2.5mM MgCl2 for 1 hour, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月13日 / 詳細: Rigaku Varimax | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Rigaku Varimax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 20831 / Num. obs: 20675 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 31.062 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 20.87 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4HEC 解像度: 2.1→43.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / WRfactor Rfree: 0.1852 / WRfactor Rwork: 0.1483 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8616 / SU B: 8.925 / SU ML: 0.122 / SU R Cruickshank DPI: 0.2214 / SU Rfree: 0.1843 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 75.79 Å2 / Biso mean: 27.7637 Å2 / Biso min: 11.77 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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