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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hut | ||||||
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タイトル | Structure of ATP:co(I)rrinoid adenosyltransferase (CobA) from Salmonella enterica in complex with four and five-coordinate cob(II)alamin and ATP | ||||||
要素 | Cob(I)yrinic acid a,c-diamide adenosyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 corrinoid adenosyltransferase / corrinoid adenosyltransferase activity / porphyrin-containing compound biosynthetic process / cobalamin biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Moore, T.C. / Newmister, S.A. / Rayment, I. / Escalante-Semerena, J.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012 タイトル: Structural Insights into the Mechanism of Four-Coordinate Cob(II)alamin Formation in the Active Site of the Salmonella enterica ATP:Co(I)rrinoid Adenosyltransferase Enzyme: Critical ...タイトル: Structural Insights into the Mechanism of Four-Coordinate Cob(II)alamin Formation in the Active Site of the Salmonella enterica ATP:Co(I)rrinoid Adenosyltransferase Enzyme: Critical Role of Residues Phe91 and Trp93. 著者: Moore, T.C. / Newmister, S.A. / Rayment, I. / Escalante-Semerena, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hut.cif.gz | 100.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hut.ent.gz | 74.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hut.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4hut_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4hut_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4hut_validation.xml.gz | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4hut_validation.cif.gz | 30.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/4hut ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/4hut | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1g5rS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 21134.049 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / 遺伝子: btuR, cobA, STM1718 / プラスミド: pCOBA15 発現宿主: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株 (発現宿主): JE2884 / 参照: UniProt: P31570, corrinoid adenosyltransferase |
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-非ポリマー , 5種, 331分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.34 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 19.6% PEG4000, 320 mM NaCl, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月25日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 30567 / Num. obs: 30078 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 2.469 / Net I/σ(I): 11.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1G5R 解像度: 1.95→29.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.975 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.34 Å2 / Biso mean: 34.4362 Å2 / Biso min: 18.74 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.951→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
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