PDB-4hum: MATE transporter NorM-NG in complex with ethidium and monobody

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hum

タイトル

MATE transporter NorM-NG in complex with ethidium and monobody

要素

Multidrug efflux protein
Protein B

キーワード

TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

cell-substrate junction assembly / proteoglycan binding / extracellular matrix structural constituent / cell-matrix adhesion / integrin binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria gonorrhoeae (淋菌)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 3.49 Å

データ登録者

Lu, M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structures of a Na+-coupled, substrate-bound MATE multidrug transporter.
著者: Lu, M. / Symersky, J. / Radchenko, M. / Koide, A. / Guo, Y. / Nie, R. / Koide, S.

履歴

登録	2012年11月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年3月6日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hum.cif.gz	232 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hum.ent.gz	188.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hum.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hum_validation.pdf.gz	708 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hum_full_validation.pdf.gz	773.8 KB	表示
XML形式データ	4hum_validation.xml.gz	29.9 KB	表示
CIF形式データ	4hum_validation.cif.gz	39.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/4hum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/4hum	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hukC 4hulC 4hunC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hul-d 4hun-d 4huk-d 5c6p-d 6spn-d 6wq6-d 1pfv-d 6wqs-d 3h9b-d 3h99-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Multidrug efflux protein

B: Protein B

ヘテロ分子

60.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.026, 119.026, 227.476
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Multidrug efflux protein 分子量: 49717.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: NGTW08_0430 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E8SM44
#2: タンパク質	Protein B 分子量: 10916.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M1E1G6*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-ET / ETHIDIUM / エチジウム分子量: 314.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₀N₃

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 7.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 83.96 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: PEG, pH 8, VAPOR DIFFUSION, temperature 300K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日
放射	モノクロメーター: 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.49→60 Å / Num. all: 25000 / Num. obs: 24111 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SHARP		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 3.49→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.912 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 86.677 / SU ML: 0.563 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.947 / ESU R Free: 0.508
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.33134	1231	5.1 %	RANDOM
R_work	0.31413	-	-	-
obs	0.31499	22889	99.1 %	-
all	-	23000	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 194.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.15 Å²	4.08 Å²	0 Å²
2-	-	8.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-12.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.49→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4215	0	24	0	4239

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.02	4361
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.126	1.96	5941
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	12.591	5	548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.011	21.788	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	26.187	15	658
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.639	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.155	0.2	670
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	3252
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.493→3.581 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.45	74	-
R_work	0.482	1330	-
obs	-	-	89.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2512	0.5544	1.5708	0.3926	1.0635	3.5501	-0.0464	0.432	-0.0844	-0.0006	-0.0054	0.0198	-0.1778	0.2878	0.0517	0.0513	-0.11	-0.0248	0.5153	-0.0151	0.3006	7.8419	-49.507	27.0258
2	1.1824	-0.9421	-2.1538	3.5069	-0.4667	5.6857	-0.07	-0.4322	-0.1034	-0.0196	0.2044	0.2779	0.024	0.8723	-0.1344	0.0347	0.1125	-0.0286	0.5236	-0.0916	0.3229	-32.1993	-60.3044	8.666

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 463
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 91

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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