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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4huj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a hypothetical protein SMa0349 from Sinorhizobium meliloti | ||||||
![]() | Uncharacterized protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-Biology / NYSGRC / New York Structural Genomics Research Consortium / dinucleotide-binding / NAD(P)+ binding | ||||||
機能・相同性 | Pyrroline-5-carboxylate reductase, catalytic, N-terminal / NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / F420_oxidored domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rice, S. / Eswaramoorthy, S. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, F. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / LaFleur, J. / Seidel, R. ...Rice, S. / Eswaramoorthy, S. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, F. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / LaFleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. / Zencheck, W. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a hypothetical protein SMa0349 from Sinorhizobium meliloti 著者: Rice, S. / Eswaramoorthy, S. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 68.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22992.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.37 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M TRIS, 30% PEG4000 and tert-Butanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.77→50 Å / Num. all: 46300 / Num. obs: 46300 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.77→1.82 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Num. unique all: 3763 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.322 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.77→42.614 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.767→1.812 Å / Total num. of bins used: 20
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