PDB-4hud: Structure of the bacteriophage T4 tail terminator protein, gp15.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hud

タイトル

Structure of the bacteriophage T4 tail terminator protein, gp15.

要素

Tail connector protein Gp15

キーワード

VIRAL PROTEIN / Bacteriophage T4 / phage tail terminator protein / gp15

機能・相同性

Myoviridae tail sheath stabiliser / STM4215-like / Myoviridae tail sheath stabiliser / Myoviridae tail sheath stabiliser superfamily / T4-like virus Myoviridae tail sheath stabiliser / virion component / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Tail completion protein gp15

機能・相同性情報

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7001 Å

データ登録者

Fokine, A. / Zhang, Z. / Kanamaru, S. / Bowman, V.D. / Aksyuk, A. / Arisaka, F. / Rao, V.B. / Rossmann, M.G.

引用

ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2013
タイトル: The molecular architecture of the bacteriophage T4 neck.
著者: Andrei Fokine / Zhihong Zhang / Shuji Kanamaru / Valorie D Bowman / Anastasia A Aksyuk / Fumio Arisaka / Venigalla B Rao / Michael G Rossmann /

要旨: A hexamer of the bacteriophage T4 tail terminator protein, gp15, attaches to the top of the phage tail stabilizing the contractile sheath and forming the interface for binding of the independently ...

履歴

登録	2012年11月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年3月13日	Group: Database references
改定 1.2	2013年5月22日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hud.cif.gz	533.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hud.ent.gz	442.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hud.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hud_validation.pdf.gz	479.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hud_full_validation.pdf.gz	506 KB	表示
XML形式データ	4hud_validation.xml.gz	45.6 KB	表示
CIF形式データ	4hud_validation.cif.gz	61.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/4hud ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/4hud	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5528C 3j2mC 3j2nC 3j2oC 4huhSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4huh-d 4hn3-d 6076 1dlp-d 6pb3-1 1w4b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tail connector protein Gp15

B: Tail connector protein Gp15

C: Tail connector protein Gp15

D: Tail connector protein Gp15

E: Tail connector protein Gp15

F: Tail connector protein Gp15

190 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.682, 100.682, 155.891
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Tail connector protein Gp15 / Tail completion protein 15 分子量: 31587.486 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: 15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11112
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化	温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.15 M ammonium sulfate, 10.5 % isopropanol, 0.085 M Na Hepes pH 7.5, 20% PEG 4000, 15% glycerol., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 301K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月23日
放射	モノクロメーター: NA / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→33 Å / Num. all: 45176 / Num. obs: 45176 / % possible obs: 93.03 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4HUH

4huh

解像度: 2.7001→32.956 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / 位相誤差: 34.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2521	2536	5.61 %	The test set was chosen in thin resolution shells because of presence of NCS.
R_work	0.2066	-	-	-
all	0.2092	45176	-	-
obs	0.2092	45176	93.03 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7001→32.956 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10452	0	0	72	10524

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	10722
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.298	14526
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.404	3948
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	1548
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1878

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7001-2.7965	0.3796	321	0.3181	3945	X-RAY DIFFRACTION	87
2.7965-2.9084	0.3245	341	0.3024	4074	X-RAY DIFFRACTION	91
2.9084-3.0407	0.379	274	0.2876	4299	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0407-3.2009	0.2861	259	0.2516	4309	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2009-3.4013	0.2958	223	0.2274	4424	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4013-3.6636	0.2184	196	0.1951	4439	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6636-4.0316	0.2376	220	0.1928	4418	X-RAY DIFFRACTION	95
4.0316-4.6137	0.2249	235	0.1587	4276	X-RAY DIFFRACTION	94
4.6137-5.8076	0.1777	210	0.1644	4306	X-RAY DIFFRACTION	93
5.8076-32.9584	0.2192	257	0.2039	4150	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4636	-0.2789	-0.1579	2.2382	-0.2245	0.3119	-0.0813	-0.0464	-0.6051	0.2823	0.0427	-0.9772	0.0867	0.2278	0.062	0.3529	0.0416	-0.0925	0.2215	-0.0134	0.9082	31.1136	12.7075	13.091
2	1.3515	-0.0703	-0.1521	3.2065	-0.0187	1.0243	0.0182	-0.0005	-1.0178	0.1375	-0.0787	0.1553	0.2605	0.0694	0.0314	0.3734	0.0097	0.0584	0.1658	0.0653	1.193	0.0639	0.4084	13.1879
3	1.8521	0.1142	-0.172	3.2841	0.4564	0.2866	-0.0945	-0.1025	-0.5792	0.0407	0.0717	0.9739	0.1458	-0.1915	0.03	0.324	-0.0013	0.1413	0.2832	-0.0056	1.2285	-26.0464	21.1102	13.2968
4	3.3161	-0.0975	-0.0621	2.7558	0.4935	0.6645	-0.0733	-0.0658	0.2861	0.2451	0.0019	1.0366	-0.0956	-0.1666	0.0587	0.329	0.072	0.0418	0.2169	-0.0889	0.6978	-21.1693	54.0986	13.3021
5	3.0487	-0.3157	-0.1161	2.2334	0.2804	0.6222	-0.0368	0.0269	0.9522	0.041	-0.1564	0.0489	-0.193	0.0475	0.0864	0.4134	0.0255	-0.15	0.1851	-0.2072	0.1473	9.8262	66.3613	13.0912
6	2.161	0.1735	0.5248	3.6335	0.2043	0.7941	-0.2149	0.0633	0.3003	-0.1128	0.0149	-1.0411	0.0091	0.2639	-0.1856	0.2846	-0.0074	-0.2141	0.2411	-0.1127	0.3099	35.9643	45.6611	12.9616

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A'
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B'
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C'
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D'
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E'
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F'

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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